4ogr

crystal structure of P-TEFb complex with AFF4 and Tat

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 3–332； UniProt 1–330 作者链 E； PDB构建体 3–332； UniProt 1–330 作者链 I； PDB构建体 3–332； UniProt 1–330

Cyclin-T1

Homo sapiens

UniProt O60563

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 F； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264 作者链 K； PDB构建体 1–264； UniProt 1–264

AF4/FMR2 family member 4

Homo sapiens

UniProt Q9UHB7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P69698） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AFF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 4–75； UniProt 2–73 作者链 G； PDB构建体 4–75； UniProt 2–73 作者链 L； PDB构建体 4–75； UniProt 2–73

Protein Tat

Human immunodeficiency virus type 1 (HXB3 ISOLATE)

UniProt P69698

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） ADENOSINE × 1 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAT_HV1H3
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 2–58； UniProt 1–57 作者链 H； PDB构建体 2–58； UniProt 1–57 作者链 M； PDB构建体 2–58； UniProt 1–57

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ogr
沉积日期 deposition_date	2014-01-16
结构标题 title	crystal structure of P-TEFb complex with AFF4 and Tat
关键词 keywords	;P-TEFb, cyclin-dependent kinase 9, cyclin fold, intrinsically unstructured AFF4, transcriptional regulation at HIV promoter, binds TAR, N-terminal acetylation of Tat, transferase-viral protein complex ;; transferase/viral protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ogr__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ogr__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ogr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.42 Å
Rg（电子密度）	28.45 Å
总 Rg	29.24 Å
原子数	10377
残基数	650
排除体积	93444 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ogr__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ogr__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4ogr__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 9
分子量 formula_weight	38226.3 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22, 2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E,I
原子数 atom_count	32026

GHMAKQYDSVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLST

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-T1
分子量 formula_weight	30619.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F,K

MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTINTAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAA

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	AF4/FMR2 family member 4
分子量 formula_weight	8789.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G,L

SNANREDRNVLRMKERERRNQEIQQGEDAFPPSSPLFAEPYKVTSKEDKLSSRIQSMLGNYDEMKDFIGDRSIPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	Protein Tat
分子量 formula_weight	6784.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H,M

XMEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTNCYCKKCCFHCQVCFITKALGISYGRKKRRQRRR

来源 Source

来源生物 organism	Human immunodeficiency virus type 1 (HXB3 ISOLATE)
通用名 common_name	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11707
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ADENOSINE
分子量 formula_weight	267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	37

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

结构域编号 domain_id	d4ogra_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d4ogrb1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4ogrb2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4ogre_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d4ogrf1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4ogrf2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4ogri_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d4ogrk1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4ogrk2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	4ogrA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrB01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrB02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrC00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2670 —

结构域编号 domain_id	4ogrE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrE02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrF01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrF02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrI01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrI02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4ogrK01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrK02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4ogrL00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	250 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2670 —

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晶胞边长 a length_a	184.908 Å
晶胞边长 b length_b	184.908 Å
晶胞边长 c length_c	360.399 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	36

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.015 Å
R 因子 r_factor	0.2056
R_work r_work	0.2047
R_free r_free	0.2323

crystal structure of P-TEFb complex with AFF4 and Tat

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-T1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AF4/FMR2 family member 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Tat

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ogr__assembly_2__model_1

4ogr__assembly_2__model_1 | I(q)

4ogr__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 23 domains

SCOP 2.08 (9 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)