4or5

Crystal structure of HIV-1 Tat complexed with human P-TEFb and AFF4

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P04608） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P04608） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CDK9_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–326； UniProt 7–332 作者链 F； PDB构建体 1–326； UniProt 7–332

Cyclin-T1

Homo sapiens

UniProt O60563

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Protein Tat × 1 （P04608） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Protein Tat × 1 （P04608） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CCNT1_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266 作者链 G； PDB构建体 1–266； UniProt 1–266

Protein Tat

HIV-1

UniProt P04608

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） AF4/FMR2 family member 4 × 1 （Q9UHB7） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TAT_HV1H2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48 作者链 H； PDB构建体 1–48； UniProt 1–48

AF4/FMR2 family member 4

Homo sapiens

UniProt Q9UHB7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P04608） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Cyclin-dependent kinase 9 × 1 （P50750） Cyclin-T1 × 1 （O60563） Protein Tat × 1 （P04608） YTTRIUM (III) ION × 8 SULFATE ION × 2 ZINC ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AFF4_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 6–43； UniProt 32–69 作者链 J； PDB构建体 6–43； UniProt 32–69

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4or5
沉积日期 deposition_date	2014-02-10
结构标题 title	Crystal structure of HIV-1 Tat complexed with human P-TEFb and AFF4
关键词 keywords	Cdk9, Tat, AFF4, Zinc Finger, Transcription, RNA binding, Phosphorylation, Transferase-Transcription complex; Transferase/Transcription
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4or5__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4or5__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4or5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.72 Å
Rg（电子密度）	28.77 Å
总 Rg	29.60 Å
原子数	5379
残基数	661
排除体积	96574 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4or5__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4or5__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Cyclin-dependent kinase 9
分子量 formula_weight	37544.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.22, 2.7.11.23
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F
原子数 atom_count	10895

SVECPFCDEVSKYEKLAKIGQGTFGEVFKARHRKTGQKVALKKVLMENEKEGFPITALREIKILQLLKHENVVNLIEICRTKASPYNRCKGSIYLVFDFCEHDLAGLLSNVLVKFTLSEIKRVMQMLLNGLYYIHRNKILHRDMKAANVLITRDGVLKLADFGLARAFSLAKNSQPNRYTNRVVTLWYRPPELLLGERDYGPPIDLWGAGCIMAEMWTRSPIMQGNTEQHQLALISQLCGSITPEVWPNVDNYELYEKLELVKGQKRKVKDRLKAYVRDPYALDLIDKLLVLDPAQRIDSDDALNHDFFWSDPMPSDLKGMLSTHL

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Cyclin-T1
分子量 formula_weight	30877.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G

MEGERKNNNKRWYFTREQLENSPSRRFGVDPDKELSYRQQAANLLQDMGQRLNVSQLTINTAIVYMHRFYMIQSFTQFPGNSVAPAALFLAAKVEEQPKKLEHVIKVAHTCLHPQESLPDTRSEAYLQQVQDLVILESIILQTLGFELTIDHPHTHVVKCTQLVRASKDLAQTSYFMATNSLHLTTFSLQYTPPVVACVCIHLACKWSNWEIPVSTDGKHWWEYVDATVTLELLDELTHEFLQILEKTPNRLKRIWNWRACEAAKK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Protein Tat
分子量 formula_weight	5428.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H

MEPVDPRLEPWKHPGSQPKTACTNCYCKKCCFHCQVCFITKALGISYG

来源 Source

来源生物 organism	HIV-1
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	11706

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	AF4/FMR2 family member 4
分子量 formula_weight	4887.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J

EQIGGSPLFAEPYKVTSKEDKLSSRIQSMLGNYDEMKDFIGDR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	YTTRIUM (III) ION
分子量 formula_weight	88.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	16

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	100

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4or5a_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d4or5b1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4or5b2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4or5f_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.144 — Protein kinase-like (PK-like)
超家族 Superfamily superfamily	d.144.1 — Protein kinase-like (PK-like)
家族 Family family	d.144.1.7 — Protein kinases, catalytic subunit

结构域编号 domain_id	d4or5g1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

结构域编号 domain_id	d4or5g2
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.74 — Cyclin-like
超家族 Superfamily superfamily	a.74.1 — Cyclin-like
家族 Family family	a.74.1.1 — Cyclin

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4or5A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4or5A02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4or5B01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4or5B02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4or5F01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	200 — Phosphorylase Kinase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Phosphorylase Kinase; domain 1

结构域编号 domain_id	4or5F02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	510 — Transferase(Phosphotransferase); domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Transferase(Phosphotransferase) domain 1

结构域编号 domain_id	4or5G01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

结构域编号 domain_id	4or5G02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	472 — Cyclin A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cyclin-like

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晶胞边长 a length_a	166.862 Å
晶胞边长 b length_b	186.739 Å
晶胞边长 c length_c	108.661 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	120.24 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	41.900 Å
R 因子 r_factor	0.2250
R_work r_work	0.2250
R_free r_free	0.2670

Crystal structure of HIV-1 Tat complexed with human P-TEFb and AFF4

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Cyclin-dependent kinase 9

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Cyclin-T1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein Tat

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

AF4/FMR2 family member 4

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4or5__assembly_1__model_1

4or5__assembly_1__model_1 | I(q)

4or5__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (8)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 14 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)