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4ou7

Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a novel single-stranded DNA binding mode

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 83.2 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Primosomal protein 1

Escherichia coli

UniProt P0A8J2

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 5 DNA 1 PDB 声明：hexameric（6） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 84–154 链 B； UniProt 84–154 链 C； UniProt 84–154 链 D； UniProt 84–154 链 E； UniProt 84–154 片段：UNP RESIDUES 84-154 ;DNA (5'-D(P*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3') ; × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP 分辨率 2.83 Å R-free 0.238

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4OU7 Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2RU8 DnaT C-terminal domain 提交 2014-01-29 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 89–179（91 aa） 片段：ssDNA binding domain, UNP residues 89-179
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 7；298 K；离子强度（mmCIF原始值）0；压力 ambient
NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DnaT-1, 20 mM HEPES-2, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 0.1 mM [U-99% 15N] DnaT-3, 20 mM HEPES-4, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4OU6 Crystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex form 1 提交 2014-02-15 构建体不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 5 PDB 声明：hexameric
链 A 84–159（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 84-159
链 B 84–159（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 84-159
链 C 84–159（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 84-159
链 D 84–159（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 84-159
链 E 84–159（76 aa） 片段：UNP RESIDUES 84-159
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 1.96 Å R-free 0.228
9ZBT Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：heptameric
链 D 1–179（179 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.22 Å
9ZBU Visualization of PriA/PriB/DnaT complexes reveals mechanisms governing structure-specific assembly of the DNA replication restart primosome 提交 2025-11-21 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 异源复合物；蛋白 × 10 PDB 声明：tridecameric
链 C 1–154（154 aa）
链 D 1–154（154 aa）
链 E 1–154（154 aa）
链 T 1–154（154 aa）
链 W 1–154（154 aa）
链 X 1–154（154 aa）
链 Y 1–154（154 aa）
未记录 ZN ZINC ION × 2 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 8；50 mM Tris-HCl, pH 8, 2 mM dithiothreitol, 5 mM ethylenediaminetetraacetic acid, 75 mM NaCl
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.60 Å

共 4 个其他 PDB 条目、4 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 DNAT_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–71； UniProt 84–154 作者链 B； PDB构建体 1–71； UniProt 84–154 作者链 C； PDB构建体 1–71； UniProt 84–154 作者链 D； PDB构建体 1–71； UniProt 84–154 作者链 E； PDB构建体 1–71； UniProt 84–154

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4ou7

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4ou7
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4ou7
沉积日期 deposition_date2014-02-15
结构标题 titleCrystal structure of DnaT84-153-dT10 ssDNA complex reveals a novel single-stranded DNA binding mode
关键词 keywordsDNA binding, REPLICATION-DNA complex; REPLICATION/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier25.80 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron25.25 Å
零角强度 I(0) i031844100.00
分子量 molecular_weight43677.0 kDa
排除体积 excluded_volume54609 ų
包络体积 envelope_volume70869 ų
水化壳体积 shell_volume23643 ų
包络直径 envelope_diameter87.4 Å
壳层 Rg shell_rg32.05 Å
包络 Rg envelope_rg24.92 Å
形状 Rg shape_rg25.24 Å
总 Rg total_rg26.09 Å
总原子数 total_atoms3084
残基数 n_residues364
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax83.2 Å
Rg (实空间) rg_real25.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real3.1840e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error4.6850e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal25.79 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal31840000.0000
解质量估计 total_estimate0.9007
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary24.2 Å
偏度 Skewness skewness0.247
峰度 Kurtosis kurtosis-0.583
角度范围 angular_range— – 0.3100 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha26430000.0000
实空间数据点数 n_real_points63
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.913; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.973; Smooth: 0.993
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id4ou7A00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 —
结构域编号 domain_id4ou7B00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 —
结构域编号 domain_id4ou7C00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 —
结构域编号 domain_id4ou7D00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 —
结构域编号 domain_id4ou7E00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily1180 —
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)