SAXSdb — 4p23

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8) × 1 J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2) × 1 3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain × 1 （P14483） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA2B_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–179； UniProt 27–205

3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain

Mus musculus

UniProt P14483

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8) × 1 J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2) × 1 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain × 1 （P14434） water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HB2A_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 30–218； UniProt 31–219

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p23
沉积日期 deposition_date	2014-02-28
结构标题 title	J809.B5 TCR bound to IAb/3K
关键词 keywords	TCR MHC peptide, Immune system; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p23__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p23__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p23__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	37.08 Å
Rg（电子密度）	37.49 Å
总 Rg	37.69 Å
原子数	6377
残基数	818
排除体积	112210 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p23__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	J809.B5 TCR V alpha chain (Va2.8)
分子量 formula_weight	22311.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6736

QVRQSPQSLTVWEGETAILNCSYENSAFDYFPWYQQFPGEGPALLIAIRSVSDKKEDGRFTIFFNKREKKLSLHITDSQPGDSATYFCAASKGADRLTFGKGTQLIIQPYIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSETNVSESKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKAAFACANAFNNSIIPEDTFFPS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	J809.B5 TCR V beta chain (Vb8.2)
分子量 formula_weight	26758.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

AVTQSPRNKVAVTGGKVTLSCDQTNNHNNMYWYRQDTGHGLRLIHYSYGAGSTEKGDIPDGYKASRPSQEDFSLILELATPSQTSVYFCASGDFWGDTLYFGAGTRLSVLEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRA

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
分子量 formula_weight	20242.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

IEADHVGTYGISVYQSPGDIGQYTFEFDGDELFYVDLDKKETVWMLPEFGQLASFDPQGGLQNIAVVKHNLGVLTKRSNSTPATNEAPQATVFPKSPVLLGQPNTLICFVDNIFPPVINITWLRNSKSVADGVYETSFFVNRDYSFHKLSYLTFIPSDDDIYDCKVEHWGLEEPVLKHW

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
分子量 formula_weight	25096.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

FEAQKAKANKAVDGGGGSLVPRGSGGGGSERHFVYQFMGECYFTDGTQRIRYVTRYIYNREEYVRYDSDVGEHRAVTELGRPDAEYWNSQPEILERTRAELDTVCRHNYEGPETHTSLRRLEQPNVVISLSRTEALNHHNTLVCSVTDFYPAKIKVRWFRNGQEETVGVSSTQLIRNGDWTFQVLVMLEMTPRRGEVYTCHVEHPSLKSPITVEWRAQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	359

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	House mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4p23A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p23A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p23B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p23B02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p23C01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p23C02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p23D01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p23D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	239.121 Å
晶胞边长 b length_b	73.514 Å
晶胞边长 c length_c	65.730 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.58 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.250 Å
最低分辨率 resolution_low	39.851 Å
R 因子 r_factor	0.1668
R_work r_work	0.1643
R_free r_free	0.2121

J809.B5 TCR bound to IAb/3K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p23__assembly_1__model_1

4p23__assembly_1__model_1 | I(q)

4p23__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

J809.B5 TCR bound to IAb/3K

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

3K peptide and MHC IAb beta chain,H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p23__assembly_1__model_1

4p23__assembly_1__model_1 | I(q)

4p23__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 water

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)