4p2r

Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class II E-beta-k × 1 （Q31163） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class II E-beta-k × 1 （Q31163） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class II E-beta-k × 1 （Q31163） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	MHC class II E-beta-k × 1 （Q31163） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HA22_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–194； UniProt 26–216 作者链 F； PDB构建体 4–194； UniProt 26–216 作者链 K； PDB构建体 4–194； UniProt 26–216 作者链 P； PDB构建体 4–194； UniProt 26–216

MHC class II E-beta-k

Mus musculus

UniProt Q31163

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain × 1 （P04224） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain × 1 （P04224） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain × 1 （P04224） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 5	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain × 1 （P04224） 5c1 peptide × 1 5cc7 T-cell receptor alpha chain × 1 5cc7 T-cell receptor beta chain × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q31163_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 7–202； UniProt 29–224 作者链 G； PDB构建体 7–202； UniProt 29–224 作者链 L； PDB构建体 7–202； UniProt 29–224 作者链 Q； PDB构建体 7–202； UniProt 29–224

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p2r
沉积日期 deposition_date	2014-03-04
结构标题 title	Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek
关键词 keywords	T cell receptor, peptide-MHC complex, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p2r__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p2r__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p2r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	36.46 Å
Rg（电子密度）	36.80 Å
总 Rg	36.91 Å
原子数	6413
残基数	805
排除体积	112780 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p2r__assembly_1__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p2r__assembly_2__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4p2r__assembly_3__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4p2r__assembly_4__model_1`	pentameric （5）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain
分子量 formula_weight	23618.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,F,K,P
原子数 atom_count	25651

ADPIKEEHTIIQAEFYLLPDKRGEFMFDFDGDEIFHVDIEKSETIWRLEEFAKFASFEAQGALANIAVDKANLDVMKERSNNTPDANVAPEVTVLSRSPVNLGEPNILICFIDKFSPPVVNVTWLRNGRPVTEGVSETVFLPRDDHLFRKFHYLTFLPSTDDFYDCEVDHWGLEEPLRKHWEFEEKTLLPETKESRGGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	MHC class II E-beta-k
分子量 formula_weight	24433.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,G,L,Q

GSGGGGSRPWFLEYCKSECHFYNGTQRVRLLVRYFYNLEENLRFDSDVGEFRAVTELGRPDAENWNSQPEFLEQKRAEVDTVCRHNYEIFDNFLVPRRVEPTVTVYPTKTQPLEHHNLLVCSVSDFYPGNIEVRWFRNGKEEKTGIVSTGLVRNGDWTFQTLVMLETVPQSGEVYTCQVEHPSLTDPVTVEWKAQSTSAQNKSRGGLEVLFQ

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	Mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	5c1 peptide
分子量 formula_weight	1383.6 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,H,M,R

ANGVAFFLTPFKA

来源 Source

来源生物 organism	synthetic construct
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	32630
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	5cc7 T-cell receptor alpha chain
分子量 formula_weight	22765.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,I,N,S

MRGDQVEQSPSALSLHEGTGSALRCNFTTTMRAVQWFRKNSRGSLINLFYLASGTKENGRLKSAFDSKERYSTLHIRDAQLEDSGTYFCAAEASNTNKVVFGTGTRLQVLPNIQNPDPAVYQLRDSKSSDKSVCLFTDFDSQTNVSQSKDSDVYITDKCVLDMRSMDFKSNSAVAWSNKSDFACANAFNNSIIPEDTFFPSPESS

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 5 Entity 5 polymer

描述 description	5cc7 T-cell receptor beta chain
分子量 formula_weight	29610.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,J,O,T

MANGVAFFLTPFKAGGGGSGGSGGKVIQTPRYLVKGQGQKAKMRCIPEKGHPVVFWYQQNKNNEFKFLINFQNQEVLQQIDMTEKRFSAECPSNSPCSLEIQSSEAGDSALYLCASSLNNANSDYTFGSGTRLLVIEDLKNVFPPEVAVFEPSEAEISHTQKATLVCLATGFYPDHVELSWWVNGKEVHSGVCTDPQPLKEQPALNDSRYALSSRLRVSATFWQNPRNHFRCQVQFYGLSENDEWTQDRAKPVTQIVSAEAWGRAD

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

结构域编号 domain_id	4p2rA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rK01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rL01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rP01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rP02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rQ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	320 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1

结构域编号 domain_id	4p2rQ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rS01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rS02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rT01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p2rT02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

▶

晶胞边长 a length_a	261.601 Å
晶胞边长 b length_b	101.867 Å
晶胞边长 c length_c	214.642 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	94.89 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.295 Å
最低分辨率 resolution_low	39.454 Å
R 因子 r_factor	0.2133
R_work r_work	0.2117
R_free r_free	0.2431

Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

MHC class II E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p2r__assembly_2__model_1

4p2r__assembly_2__model_1 | I(q)

4p2r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the 5cc7 TCR in complex with 5c1/I-Ek

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

H-2 class II histocompatibility antigen, E-K alpha chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

MHC class II E-beta-k

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p2r__assembly_2__model_1

4p2r__assembly_2__model_1 | I(q)

4p2r__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 6 Entity 6 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 32 domains

CATH v4.4 (32 domains)

7. 引用文献 (1)