← 返回搜索
4p3b

Crystal structure of the mouse C5a-desArg anaphylatoxin

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 73.5 Å Quality: REASONABLE
▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Complement C5

Mus musculus

UniProt P06684

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 C； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 D； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 679–754 链 C； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 10 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224
6 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 679–754 链 D； UniProt 679–754 片段：UNP residues 679-754 FMT FORMIC ACID × 5 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4.3；277 K；0.1 M Na acetate pH 4.3, 2.4 M Na Formate, 3 % D-glucose monohydrate 分辨率 2.10 Å R-free 0.224

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4P3B Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 7 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 D 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 4 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 5 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
链 B 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 10 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4P3A Crystal structure of the mouse C5a anaphylatoxin 提交 2014-03-06 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 6 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 C 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
链 D 679–755（77 aa） 片段：UNP residues 679-755
未记录 FMT FORMIC ACID × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 3.7；277 K；0.1 M Na tri-citrate pH 3.7, 2.6 M Na formate, 0.5% (w/v) polyvinylpyrrolidone K15
分辨率 1.40 Å R-free 0.174
4WB2 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 679–755（77 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Na cacodylate pH 6.0, 8% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
4WB2 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 679–755（77 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Na cacodylate pH 6.0, 8% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
4WB2 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 679–755（77 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；292 K；0.2 M NaCl, 0.1 M Na cacodylate pH 6.0, 8% (w/v) PEG 8000
分辨率 1.80 Å R-free 0.193
4WB3 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a-desArg complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 679–754（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 ACT ACETATE ION × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Na acetate pH 4.0, 15% (w/v) PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.199
4WB3 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a-desArg complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 679–754（76 aa）
未记录 ACT ACETATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Na acetate pH 4.0, 15% (w/v) PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.199
4WB3 Crystal structure of the mirror-image L-RNA/L-DNA aptamer NOX-D20 in complex with mouse C5a-desArg complement anaphylatoxin 提交 2014-09-02 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 C 679–754（76 aa）
未记录 CA CALCIUM ION × 3 MG MAGNESIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 4；292 K；0.2 M ammonium acetate, 0.1 M Na acetate pH 4.0, 15% (w/v) PEG 4000
分辨率 2.00 Å R-free 0.199
8JZP Structure of mouse C5a-human C5aR1-Go complex 提交 2023-07-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 679–755（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.45 Å
9KWG Structure of mouse C5a bound mouse C5aR1 in complex with Go 提交 2024-12-05 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 679–755（77 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.15 Å
9KWX Structure of mouse C5a-desArg bound mouse C5aR1 in complex with Go 提交 2024-12-06 构建体不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 信息不足 异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric
链 F 679–754（76 aa）
未记录 未记录非水小分子 ELECTRON MICROSCOPY
cryo-EM缓冲液 pH 7.4
cryo-EM玻璃化条件 冷冻剂 ETHANE
分辨率 3.13 Å

共 6 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CO5_MOUSE
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 3–78； UniProt 679–754 作者链 B； PDB构建体 3–78； UniProt 679–754 作者链 C； PDB构建体 3–78； UniProt 679–754 作者链 D； PDB构建体 3–78； UniProt 679–754

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4p3b

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4p3b
下载 Download
▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4p3b
沉积日期 deposition_date2014-03-06
结构标题 titleCrystal structure of the mouse C5a-desArg anaphylatoxin
关键词 keywordscomplement anaphylatoxin, C5a, four-helix bundle, GPCR agonist, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.70 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron23.17 Å
零角强度 I(0) i020199200.00
分子量 molecular_weight32420.0 kDa
排除体积 excluded_volume40088 ų
包络体积 envelope_volume52586 ų
水化壳体积 shell_volume20078 ų
包络直径 envelope_diameter74.6 Å
壳层 Rg shell_rg28.65 Å
包络 Rg envelope_rg23.16 Å
形状 Rg shape_rg23.18 Å
总 Rg total_rg23.88 Å
总原子数 total_atoms2257
残基数 n_residues276
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax73.5 Å
Rg (实空间) rg_real23.67 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real2.0200e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.4120e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal20200000.0000
解质量估计 total_estimate0.7164
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary32.2 Å
偏度 Skewness skewness0.178
峰度 Kurtosis kurtosis-0.660
角度范围 angular_range— – 0.3350 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2701000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.968; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.154; Positv: 1.000; Valcen: 0.951; Smooth: 0.992
▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_idd4p3ba1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.50 — Anaphylotoxins (complement system)
超家族 Superfamily superfamilya.50.1 — Anaphylotoxins (complement system)
家族 Family familya.50.1.1 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_idd4p3ba2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4p3bb1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.50 — Anaphylotoxins (complement system)
超家族 Superfamily superfamilya.50.1 — Anaphylotoxins (complement system)
家族 Family familya.50.1.1 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_idd4p3bb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4p3bc1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.50 — Anaphylotoxins (complement system)
超家族 Superfamily superfamilya.50.1 — Anaphylotoxins (complement system)
家族 Family familya.50.1.1 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_idd4p3bc2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4p3bd1
类 Class classa — All alpha proteins
折叠类型 Fold folda.50 — Anaphylotoxins (complement system)
超家族 Superfamily superfamilya.50.1 — Anaphylotoxins (complement system)
家族 Family familya.50.1.1 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_idd4p3bd2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4p3bA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_id4p3bB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_id4p3bC00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Anaphylotoxins (complement system)
结构域编号 domain_id4p3bD00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology91 — Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily20 — Anaphylotoxins (complement system)
▶

8. 引用文献 (1)

▶

9. 文件与曲线 (10)