SAXSdb — 4p3c

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-14

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric（6）与蛋白拷贝数一致	链 M； UniProt 215–227	未记录	Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15 × 2 Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15 × 2 CL CHLORIDE ION × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 12 ACT ACETATE ION × 6 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.94 Å R-free 0.200

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4P3C	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQQ CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP--TIMP-2 COMPLEX 提交 1998-08-18	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 114–287（174 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.60	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
1BUV CRYSTAL STRUCTURE OF THE MT1-MMP-TIMP-2 COMPLEX 提交 1998-09-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 M 114–287（174 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.75 Å R-free 0.248
2MQS Transient Collagen Triple Helix Binding to a Key Metalloproteinase in Invasion and Development: Spin Labels to Structure 提交 2014-06-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 316–511（196 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 5；310 K；离子强度（mmCIF原始值）10；压力 ambient NMR测量条件 pH 5；298 K；离子强度（mmCIF原始值）10 mM；压力 ambient NMR样品组成 300 uM [U-13C; U-15N; U-2H] Hemopexin-like (HPX) of MT1-MMP, 10 mM Sodium acetate, 1 mM EDTA, 1 mM Sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O NMR样品组成 0.85 mM THP, 10 mM Sodium acetate, 1 mM EDTA, 1 mM Sodium azide, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3C7X Hemopexin-like domain of matrix metalloproteinase 14 提交 2008-02-08	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：UNP residues 316-511	未记录	NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6；289 K；2.1M malic acid, 0.1M HCl, 40% acetone, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K	分辨率 1.70 Å R-free 0.207
3MA2 Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2010-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 112–292（181 aa）片段：Residues 112-292	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
3MA2 Complex membrane type-1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) with tissue inhibitor of metalloproteinase-1 (TIMP-1) 提交 2010-03-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 112–292（181 aa）片段：Residues 112-292	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；292 K；100 mM Bis-Tris pH 5.5, 20% PEG 3350, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K	分辨率 2.05 Å R-free 0.247
3X23 Radixin complex 提交 2014-12-09	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 563–582（20 aa）片段：cytoplasmic tail, UNP residues 563-582	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；297 K；12% polyethylene glycol 4000, 100mM MOPS (pH 7.0), 100mM NaCl, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 297K	分辨率 2.40 Å R-free 0.237
4P3D MT1-MMP:Fab complex (Form II) 提交 2014-03-07	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 6 PDB 声明：hexameric	链 C 215–227（13 aa）片段：MT1-MMP V-B loop 链 M 215–227（13 aa）片段：MT1-MMP V-B loop	未记录	CL CHLORIDE ION × 2 GOL GLYCEROL × 2 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 2 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 3 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；293 K；25% PEG 3350, 0.2M MgCl.hexahydrate, 0.1M Hepes	分辨率 1.95 Å R-free 0.210
4QXU Novel Inhibition Mechanism of Membrane Metalloprotease by an Exosite-Swiveling Conformational antibody 提交 2014-07-22	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 K 218–228（11 aa）片段：peptide (unp residues 218-228)	未记录	SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；0.1M (NH4)2SO4, 0.01M MgCl2 0.05M MES, 16% PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.30 Å R-free 0.293
5H0U Crystal structure of the catalytic domain of membrane type 1 matrix metalloproteinase 提交 2016-10-07	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 116–285（170 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 ZN ZINC ION × 3 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；277 K；Ammonium nitrate, PEG3350	分辨率 2.24 Å R-free 0.254
6CLZ MT1-MMP HPX domain with Blade 4 Loop Bound to Nanodiscs 提交 2018-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：residues 316-511	未记录	PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 218 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 20 mM Tris-HCl, 300 mM NaCl, 0.02 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 90 uM 2H, 13C, 15N MT1-MMP hemopexin-like domain, 180 uM MSP1D1, 14.4 mM PX4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供
6CM1 MT1-MMP HPX Domain with Blade 2 Loop Bound to Nanodiscs 提交 2018-03-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 316–511（196 aa）片段：residues 316-511	未记录	PX4 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE × 218 NA SODIUM ION × 1 CL CHLORIDE ION × 1	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 7.2；303 K；离子强度（mmCIF原始值）300；压力 1 NMR样品组成 20 mM Tri-HCl, 300 mM NaCl, 0.02 % sodium azide, 93 % H2O, 7 % [U-100% 2H] D2O, 90 uM 2H, 13C, 15N MT1-MMP hemopexin-like domain, 180 uM MSP1D1, 14.4 mM PX4, 93% H2O/7% D2O \| 93% H2O/7% D2O	分辨率未提供

共 11 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MMP14_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 M； PDB构建体 1–13； UniProt 215–227

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p3c
沉积日期 deposition_date	2014-03-06
结构标题 title	MT1-MMP:Fab complex (Form I)
关键词 keywords	IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	25.61 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	24.51 Å
零角强度 I(0) i0	40969200.00
分子量 molecular_weight	48972.0 kDa
排除体积 excluded_volume	60925 Å³
包络体积 envelope_volume	73795 Å³
水化壳体积 shell_volume	25333 Å³
包络直径 envelope_diameter	82.2 Å
壳层 Rg shell_rg	31.47 Å
包络 Rg envelope_rg	24.32 Å
形状 Rg shape_rg	24.50 Å
总 Rg total_rg	25.34 Å
总原子数 total_atoms	3445
残基数 n_residues	449
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	80.0 Å
Rg (实空间) rg_real	25.60 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.58 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.0970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	5.6610e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	25.61 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	40970000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9103
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	27.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.289
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.533
角度范围 angular_range	— – 0.3100 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	7350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	63
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.958; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.991; Smooth: 0.964

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Heavy Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
分子量 formula_weight	23492.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	H
原子数 atom_count	3992

EVKLVESGGGLVKPGGSLKLSCAASGFIFSNYAMSWVRQTPEKRLEWVATISGGGRNIYSLDSVKGRFTFFRDNARNTLYLQMSSLRSEDTAMYFCSRENYGSSFTYWGQGTLVTVSSAKTTPPSVYPLAPGSAAQTNSMVTLGCLVKGYFPEPVTVTWNSGSLSSGVHTFPAVLQSDLYTLSSSVTVPSSTWPSETVTCNVAHPASSTKVDKKIVPR

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Light Chain Fab fragment of antibody LEM-2/15
分子量 formula_weight	23963.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	L

DVLMTQTPLSLPVGLGDQASISCRSSQSIVHSNGNTYLEWYLQKPGQSPKLLIYKVSNRFSGVPDRFSGSGSGTDFTLKISRVEAEDLGVYYCFQGSHAPYTFGGGTKLEIKRAADAAPTVSIFPPSSEQLTSGGASVVCFLNNFYPKDINVKWKIDGSERQNGVLNSWTDQDSKDSTYSMSSTLTLTKDEYERHNSYTCEATHKTSTSPIVKSFNRN

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Matrix metalloproteinase-14
分子量 formula_weight	1566.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.24.80
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	M

FDSAEPWTVRNED

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 9 Entity 9 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	378

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4p3ch_
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.1 — V set domains (antibody variable domain-like)

结构域编号 domain_id	d4p3cl1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4p3cl2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4p3cH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3cH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3cL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4p3cL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	52.314 Å
晶胞边长 b length_b	80.975 Å
晶胞边长 c length_c	95.568 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 2 21 21
空间群编号 int_tables_number	18
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.943 Å
最低分辨率 resolution_low	37.280 Å
R 因子 r_factor	0.1556
R_work r_work	0.1525
R_free r_free	0.2001

fit	/app/data/saxs_computation/p3/4p3c/4p3c.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p3/4p3c/4p3c.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p3/4p3c/4p3c.dat

MT1-MMP:Fab complex (Form I)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Matrix metalloproteinase-14

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 7 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)