SAXSdb — 4p3h

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KSHV protease

Human herpesvirus 8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白单体	单体	蛋白 1	N-[2-benzyl-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carboxamide × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	N-[2-benzyl-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carboxamide × 2 GLYCEROL × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 2 water × 1	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	N-[2-benzyl-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carboxamide × 6 GLYCEROL × 2 DIMETHYL SULFOXIDE × 4 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	O36607_HHV8
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–193； UniProt 4–196 作者链 B； PDB构建体 1–193； UniProt 4–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p3h
沉积日期 deposition_date	2014-03-07
结构标题 title	Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with dimer disruptor
关键词 keywords	protein-protein interaction inhibition, serine protease, inhibitor complex, beta barrel and alpha helices, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p3h__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p3h__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p3h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	17.95 Å
Rg（电子密度）	16.56 Å
总 Rg	17.64 Å
原子数	2985
残基数	190
排除体积	26866 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p3h__assembly_1__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p3h__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4p3h__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	KSHV protease
分子量 formula_weight	21193.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6470

GLYVGGFVDVVSCPKLEQELYLDPDQVTDYLPVTEPLPITIEHLPETEVGWTLGLFQVSHGIFCTGAITSPAFLELASRLADTSHVARAPVKNLPKEPLLEILHTWLPGLSLSSIHPRELSQTPSGPVFQHVSLCALGRRRGTVAVYGHDAEWVVSRFSSVSKSERAHILQHVSSCRLEDLSTPNFVSPLETL

来源 Source

来源生物 organism	Human herpesvirus 8
通用名 common_name	HHV-8
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	37296
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[2-benzyl-4-(1H-tetrazol-5-yl)phenyl]-6-(cyclohexylmethyl)pyridine-2-carboxamide
分子量 formula_weight	452.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	314

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4p3hA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

结构域编号 domain_id	4p3hB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	20 — Alpha-Beta Barrel
拓扑 Topology topology	16 — Serine Protease, Human Cytomegalovirus Protease; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Herpesvirus/Caudovirus protease domain

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晶胞边长 a length_a	69.120 Å
晶胞边长 b length_b	95.892 Å
晶胞边长 c length_c	119.342 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.450 Å
最低分辨率 resolution_low	59.812 Å
R 因子 r_factor	0.1741
R_work r_work	0.1729
R_free r_free	0.1948

Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with dimer disruptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KSHV protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p3h__assembly_1__model_1

4p3h__assembly_1__model_1 | I(q)

4p3h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Kaposi's sarcoma-associated herpesvirus (KSHV) protease in complex with dimer disruptor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

KSHV protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p3h__assembly_1__model_1

4p3h__assembly_1__model_1 | I(q)

4p3h__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)