4p3y

Crystal structure of Acinetobacter baumannii DsbA in complex with EF-Tu

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu 1

物种未注明

UniProt P0CE47

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Thiol:disulfide interchange protein × 1 (B0V5X3) MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EFTU1_ECOLI
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–394; UniProt 1–394

Thiol:disulfide interchange protein

Acinetobacter baumannii AYE

UniProt B0V5X3

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 2 Elongation factor Tu 1 × 1 (P0CE47) MAGNESIUM ION × 1 GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 1 GLYCEROL × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 B0V5X3_ACIBY
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 4–182; UniProt 27–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4p3y
沉积日期 deposition_date2014-03-10
结构标题 titleCrystal structure of Acinetobacter baumannii DsbA in complex with EF-Tu
关键词 keywords;Thioredoxin related, Disulfide oxidase DsbA, Multidrug resistance, disulfide bond formation, Anti-biofilm formation, Antivirulence, bacterial infection, Translation-OXIDOREDUCTASE complex ;; TRANSLATION/OXIDOREDUCTASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p3y__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p3y__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点;横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p3y__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置,不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg(Guinier)27.98 Å
Rg(电子密度)27.28 Å
总 Rg28.07 Å
原子数8873
残基数567
排除体积79284 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4p3y__assembly_1__model_1 dimeric (2) 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 9 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_idd4p3ya1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamilyc.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family familyc.37.1.8 — G proteins
结构域编号 domain_idd4p3ya2
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.43.3 — Translation proteins
家族 Family familyb.43.3.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4p3ya3
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamilyb.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family familyb.44.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4p3yb1
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamilyc.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family familyc.47.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4p3yb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4p3yA01
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases
结构域编号 domain_id4p3yA02
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id4p3yA03
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Translation factors
结构域编号 domain_id4p3yB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Glutaredoxin
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7. 引用文献 (1)