4p5h

Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-2

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heat-labile enterotoxin B chain × 3 （P01558）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heat-labile enterotoxin B chain × 3 （P01558）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heat-labile enterotoxin B chain × 3 （P01558）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heat-labile enterotoxin B chain × 3 （P01558）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Heat-labile enterotoxin B chain × 3 （P01558）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CLD2_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 1； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 2； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 3； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 4； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 P； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 Q； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 R； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 S； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 T； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 U； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 V； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 W； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 X； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 Y； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160 作者链 Z； PDB构建体 1–20； UniProt 141–160

Heat-labile enterotoxin B chain

Clostridium perfringens

UniProt P01558

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Claudin-2 × 3 （O88552）	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Claudin-2 × 3 （O88552）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Claudin-2 × 3 （O88552）	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Claudin-2 × 3 （O88552）	与蛋白数一致
5	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Claudin-2 × 3 （O88552）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ELTB_CLOPF
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 B； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 C； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 D； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 E； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 F； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 G； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 H； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 I； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 J； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 K； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 L； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 M； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 N； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319 作者链 O； PDB构建体 5–286； UniProt 38–319

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p5h
沉积日期 deposition_date	2014-03-17
结构标题 title	Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2
关键词 keywords	TOXIN-CELL ADHESION COMPLEX, BETA PORE-FORMING TOXIN, RECEPTOR BINDING; Toxin/CELL Adhesion
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4p5h__assembly_4__model_1

Assembly 4 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4p5h__assembly_4__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4p5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	33.32 Å
Rg（电子密度）	32.50 Å
总 Rg	32.98 Å
原子数	6810
残基数	885
排除体积	120570 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4p5h__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4p5h__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4p5h__assembly_3__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4p5h__assembly_4__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
5	1	`4p5h__assembly_5__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Claudin-2
分子量 formula_weight	2378.8 kDa
突变 mutation	S149N, S155A
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	1,2,3,4,P,Q,R,S,T,U,V,W,X,Y,Z
原子数 atom_count	34251

HGILRDFYNPLVPDAMKFEI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Heat-labile enterotoxin B chain
分子量 formula_weight	31524.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	15

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D,E,F,G,H,I,J,K,L,M,N,O

GAMGSDGLYVIDKGDGWILGEPSVVSSQILNPNETGTFSQSLTKSKEVSINVNFSVGFTSEFIQASVEYGFGITIGEQNTIERSVSTTAGPNEYVYYKVYATYRKYQAIRISHGNISDDGSIYKLTGIWLSKTSADSLGNIDQGSLIETGERCVLTVPSTDIEKEILDLAAATERLNLTDALNSNPAGNLYDWRSSNSYPWTQKLNLHLTITATGQKYRILASKIVDFNIYSNNFNNLVKLEQSLGDGVKDHYVDISLDAGQYVLVMKANSSYSGNYPYSILFQKF

来源 Source

来源生物 organism	Clostridium perfringens
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1502
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

结构域编号 domain_id	4p5hA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hA02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hB01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hC02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hG01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hG02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hH01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hH02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hI01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hI02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hJ01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hJ02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hK01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hK02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hL01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hL02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hM01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hM02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hN01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hN02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

结构域编号 domain_id	4p5hO01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	15 — Proaerolysin; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4p5hO02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1050 —

▶

晶胞边长 a length_a	369.600 Å
晶胞边长 b length_b	100.260 Å
晶胞边长 c length_c	265.360 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	119.74 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	60

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.380 Å
最低分辨率 resolution_low	48.980 Å
R 因子 r_factor	0.2062
R_work r_work	0.2044
R_free r_free	0.2400

Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p5h__assembly_4__model_1

4p5h__assembly_4__model_1 | I(q)

4p5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of Clostridium perfringens Enterotoxin with a peptide derived from a modified version of ECL-2 of Claudin 2

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Claudin-2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Heat-labile enterotoxin B chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4p5h__assembly_4__model_1

4p5h__assembly_4__model_1 | I(q)

4p5h__assembly_4__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 30 domains

CATH v4.4 (30 domains)

7. 引用文献 (2)