4p69

Acek (D477A) ICDH complex

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 174.6 Å Quality: GOOD

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

Escherichia coli O157:H7

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 4–571 链 B； UniProt 4–571	片段：residues 4-571 突变：D477A	Isocitrate dehydrogenase [NADP] × 2 （P08200） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2mM DTT, 10% glycerol, 0.1M MES pH 6.0, 25%~30% PEG 300	分辨率 3.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4P69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3EPS The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase from E. coli 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–578（577 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268
3EPS The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase from E. coli 提交 2008-09-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–578（577 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；298 K；12% PEG8000, 0.2M magnesium chloride, 0.1M MES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 2.80 Å R-free 0.268

共 1 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ACEK_ECO57
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–568； UniProt 4–571 作者链 B； PDB构建体 1–568； UniProt 4–571

Isocitrate dehydrogenase [NADP]

Escherichia coli

UniProt P08200

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 2–416 链 D； UniProt 2–416	未记录	Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase × 2 （Q8X607） AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 2 ADP ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；298 K；2mM DTT, 10% glycerol, 0.1M MES pH 6.0, 25%~30% PEG 300	分辨率 3.30 Å R-free 0.247

数据库中的同蛋白其他状态

其他 PDB	相对当前条目 4P69	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AI2 ISOCITRATE DEHYDROGENASE COMPLEXED WITH ISOCITRATE, NADP+, AND CALCIUM (FLASH-COOLED) 提交 1997-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICA ISOCITRATE CALCIUM COMPLEX × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.215
1AI3 ORBITAL STEERING IN THE CATALYTIC POWER OF ENZYMES: SMALL STRUCTURAL CHANGES WITH LARGE CATALYTIC CONSEQUENCES 提交 1997-04-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	NDO NICOTINAMIDE-(6-DEAMINO-6-HYDROXY-ADENINE)-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1BL5 ISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM E. COLI SINGLE TURNOVER LAUE STRUCTURE OF RATE-LIMITED PRODUCT COMPLEX, 10 MSEC TIME RESOLUTION 提交 1998-07-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 3–416（414 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.5；pH 7.5	分辨率 2.50 Å R-free 0.271
1CW1 CRYSTAL STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE MUTANT K230M BOUND TO ISOCITRATE AND MN2+ 提交 1999-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：K230M	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；AMMONIUM SULFATE, DTT, NAN3, MN-ISOCITRATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.233
1CW4 CRYSTAL STRUCTURE OF K230M ISOCITRATE DEHYDROGENASE IN COMPLEX WITH ALPHA-KETOGLUTARATE 提交 1999-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：K230M	MN MANGANESE (II) ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；AMMONIUM SULFATE, DTT, NAN3, MN-ALPHA-KETOGLUTARATE, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.10 Å R-free 0.226
1CW7 LOW TEMPERATURE STRUCTURE OF WILD-TYPE IDH COMPLEXED WITH MG-ISOCITRATE 提交 1999-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.8；298 K；MG-ISOCITRATE, AMMONIUM SULFATE, DTT, NAN3, pH 5.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K	分辨率 2.60 Å R-free 0.226
1GRO REGULATORY AND CATALYTIC MECHANISMS IN ESCHERICHIA COLI ISOCITRATE DEHYDROGENASE: MULTIPLE ROLES FOR N115 提交 1995-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：S113E, N115L	MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1GRP REGULATORY AND CATALYTIC MECHANISMS IN ESCHERICHIA COLI ISOCITRATE DEHYDROGENASE: MULTIPLE ROLES FOR N115 提交 1995-10-12	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：N115L	MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1HJ6 ISOCITRATE DEHYDROGENASE S113E MUTANT COMPLEXED WITH ISOPROPYLMALATE, NADP+ AND MAGNESIUM (FLASH-COOLED) 提交 2001-01-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：YES	GOL GLYCEROL × 4 IPM 3-ISOPROPYLMALIC ACID × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.3；34-44% (NH4)2SO4, 35MM NA2HPO4, 9 MM CITRIC ACID, 100 MM NACL, 0.2 MM DTT, PH 5.4	分辨率 2.00 Å R-free 0.246
1IDC ISOCITRATE DEHYDROGENASE FROM E.COLI (MUTANT K230M), STEADY-STATE INTERMEDIATE COMPLEX DETERMINED BY LAUE CRYSTALLOGRAPHY 提交 1995-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：K230M	MG MAGNESIUM ION × 2 OXS 2-OXALOSUCCINIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1IDD ISOCITRATE DEHYDROGENASE Y160F MUTANT APO ENZYME 提交 1995-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：Y160F	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 DATA WAS COLLECTED FROM TWO SEPARATE CRYSTALS AND MERGED TOGETHER WITH PROTSYS. THE MERGING R VALUE GIVEN ABOVE IS CRYSTAL TO CRYSTAL. THE MERGING R VALUE FOR INDIVIDUAL CRYSTALS IS 0.064, 0.061	分辨率 2.50 Å R-free 0.246
1IDE ISOCITRATE DEHYDROGENASE Y160F MUTANT STEADY-STATE INTERMEDIATE COMPLEX (LAUE DETERMINATION) 提交 1995-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：Y160F	MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
1IDF ISOCITRATE DEHYDROGENASE K230M MUTANT APO ENZYME 提交 1995-01-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：K230M	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å R-free 0.262
1IKA STRUCTURE OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE WITH ALPHA-KETOGLUTARATE AT 2.7 ANGSTROMS RESOLUTION: CONFORMATIONAL CHANGES INDUCED BY DECARBOXYLATION OF ISOCITRATE 提交 1993-06-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	CA CALCIUM ION × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.70 Å
1ISO ISOCITRATE DEHYDROGENASE: STRUCTURE OF AN ENGINEERED NADP+--> NAD+ SPECIFICITY-REVERSAL MUTANT 提交 1996-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：C201M, C332Y, K344D, Y345I, V351A, Y391K, R395S	SO4 SULFATE ION × 6 NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；pH 5.8	分辨率 1.90 Å R-free 0.218
1P8F A four location model to explain the stereospecificity of proteins. 提交 2003-05-07	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）片段：Full Length	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；295 K；IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was crystallized from hanging drops using 5 l each of these IDH solutions and 5 l each of 34, 36, 38, 40, 42, and 44 % (NH4)2SO4 solutions in crystallization buffer (35mM Na2HPO4 , 9 mM citric acid, 100 mM NaCl, 0.2 mM DTT at pH 6.1, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.85 Å R-free 0.225
1PB1 A four location model to explain the stereospecificity of proteins. 提交 2003-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.2；295 K；IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was crystallized from hanging drops using 5 l each of these IDH solutions and 5 l each of 34, 36, 38, 40, 42, and 44 % (NH4)2SO4 solutions in crystallization buffer (35mM Na2HPO4 , 9 mM citric acid, 100 mM NaCl, 0.2 mM DTT at pH 5.4). , pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.70 Å R-free 0.211
1PB3 Sites of binding and orientation in a four location model for protein stereospecificity. 提交 2003-05-14	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 4 GOL GLYCEROL × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.8；295 K；IDH, stored in metal-free final buffer, was diluted to 25, 30, 35 and 40 mg/ml using metal-free 2X buffer; (70mM Na2HPO4 , 18 mM citric acid, 200 mM NaCl, 0.4 mM DTT, pH 5.4). and was crystallized from hanging drops using 5 l each of these IDH solutions and 5 l each of 34, 36, 38, 40, 42, and 44 % (NH4)2SO4 solutions in crystallization buffer (35mM Na2HPO4 , 9 mM citric acid, 100 mM NaCl, 0.2 mM DTT at pH 5.4). , pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K	分辨率 1.70 Å R-free 0.216
1SJS ACCESS TO PHOSPHORYLATION IN ISOCITRATE DEHYDROGENASE MAY OCCUR BY DOMAIN SHIFTING 提交 1997-07-08	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.4；pH 7.4	分辨率 2.42 Å R-free 0.230
3ICD STRUCTURE OF A BACTERIAL ENZYME REGULATED BY PHOSPHORYLATION, ISOCITRATE DEHYDROGENASE 提交 1989-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
3LCB The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase in complex with its substrate, isocitrate dehydrogenase, from Escherichia coli. 提交 2010-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–416（416 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；25% PEG 300, 0.1M MES, 0.05M magnesium chloride, 0.002M DTT,10% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
3LCB The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase in complex with its substrate, isocitrate dehydrogenase, from Escherichia coli. 提交 2010-01-10	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 1–416（416 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 1 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；25% PEG 300, 0.1M MES, 0.05M magnesium chloride, 0.002M DTT,10% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
3LCB The crystal structure of isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase in complex with its substrate, isocitrate dehydrogenase, from Escherichia coli. 提交 2010-01-10	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 12 PDB 声明：dodecameric	链 C 1–416（416 aa）链 D 1–416（416 aa）	未记录	AMP ADENOSINE MONOPHOSPHATE × 6 ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 MG MAGNESIUM ION × 6	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；295 K；25% PEG 300, 0.1M MES, 0.05M magnesium chloride, 0.002M DTT,10% Glycerol, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K	分辨率 2.90 Å R-free 0.222
4AJ3 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase in complex with Isocitrate, calcium(II) and NADP - The pseudo-Michaelis complex 提交 2012-02-15	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.85 M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4 BUFFER PH 5.8, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.224
4AJA 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase in complex with Isocitrate, calcium(II) and thioNADP 提交 2012-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 CA CALCIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.85 M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4 BUFFER PH 5.8, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT	分辨率 1.80 Å R-free 0.204
4AJB 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase K100M mutant in complex with Isocitrate, magnesium(II) and thioNADP 提交 2012-02-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：YES	TAP 7-THIONICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.85M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4 BUFFER PH 5.2, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT	分辨率 1.90 Å R-free 0.180
4AJR 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase K100M mutant in complex with alpha-ketoglutarate, magnesium(II) and NADPH - The product complex 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：YES	NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 2 NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.85 M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4 BUFFER PH 5.2, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT	分辨率 2.69 Å R-free 0.209
4AJS 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase K100M mutant in complex with isocitrate, magnesium(II), Adenosine 2',5'-biphosphate and ribosylnicotinamide-5'-phosphate 提交 2012-02-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：YES	A2P ADENOSINE-2'-5'-DIPHOSPHATE × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 NMN BETA-NICOTINAMIDE RIBOSE MONOPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 1.85 M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4 BUFFER PH 5.2, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT.	分辨率 1.80 Å R-free 0.192
4BNP 3D structure of E. coli Isocitrate Dehydrogenase K100M mutant in complex with isocitrate and magnesium(II) 提交 2013-05-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	突变：YES	ICT ISOCITRIC ACID × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.8；A SOLUTION OF THE LYS100MET MUTANT (20 MG/ML PROTEIN IN 0.9 MM CITRIC ACID, 3.5 MM NA2HPO4 PH 6.0, 100 MM NACL, 0.02% NAN3 AND 2 MM DTT) WAS MIXED 1:1 WITH A CRYSTALLIZATION SOLUTION (1.85 M NH4SO4, 50 MM CITRIC ACID/NA2HPO4, 0.1 M NACL AND 0.2 M DTT AT PH 5.8) AND 2 UL DROPS EQUILIBRATED AGAINST 500 UL OF THE CRYSTALLIZATION SOLUTION. TETRAGONAL BIPYRAMIDAL CRYSTALS, 300 UM X 150 UM X 75 UM, DEVELOPED WITHIN 5 DAYS.	分辨率 2.00 Å R-free 0.192
4ICD REGULATION OF ISOCITRATE DEHYDROGENASE BY PHOSPHORYLATION INVOLVES NO LONG-RANGE CONFORMATIONAL CHANGE IN THE FREE ENZYME 提交 1989-12-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
5ICD REGULATION OF AN ENZYME BY PHOSPHORYLATION AT THE ACTIVE SITE 提交 1990-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
6ICD REGULATION OF AN ENZYME BY PHOSPHORYLATION AT THE ACTIVE SITE 提交 1990-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
7ICD REGULATION OF AN ENZYME BY PHOSPHORYLATION AT THE ACTIVE SITE 提交 1990-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.40 Å
8ICD REGULATION OF AN ENZYME BY PHOSPHORYLATION AT THE ACTIVE SITE 提交 1990-05-30	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	MG MAGNESIUM ION × 2 ICT ISOCITRIC ACID × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å
9ICD CATALYTIC MECHANISM OF NADP+-DEPENDENT ISOCITRATE DEHYDROGENASE: IMPLICATIONS FROM THE STRUCTURES OF MAGNESIUM-ISOCITRATE AND NADP+ COMPLEXES 提交 1991-07-29	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–416（416 aa）	未记录	NAP NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.50 Å

共 33 个其他 PDB 条目、35 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	IDH_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–415； UniProt 2–416 作者链 D； PDB构建体 1–415； UniProt 2–416

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4p69
沉积日期 deposition_date	2014-03-22
结构标题 title	Acek (D477A) ICDH complex
关键词 keywords	TRANSFERASE, HYDROLASE-OXIDOREDUCTASE complex; TRANSFERASE, HYDROLASE/OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	49.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	50.13 Å
零角强度 I(0) i0	705059000.00
分子量 molecular_weight	223260.0 kDa
排除体积 excluded_volume	280440 Å³
包络体积 envelope_volume	379360 Å³
水化壳体积 shell_volume	64916 Å³
包络直径 envelope_diameter	186.3 Å
壳层 Rg shell_rg	51.12 Å
包络 Rg envelope_rg	49.89 Å
形状 Rg shape_rg	50.12 Å
总 Rg total_rg	50.20 Å
总原子数 total_atoms	15734
残基数 n_residues	1945
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	174.6 Å
Rg (实空间) rg_real	50.24 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.92 Å
I(0) (实空间) i0_real	7.0510e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4230e+07
Rg (倒空间) rg_reciprocal	49.68 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	704500000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8138
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	43.6 Å
偏度 Skewness skewness	0.497
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.451
角度范围 angular_range	— – 0.1600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	108700000.0000
实空间数据点数 n_real_points	33
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.693; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.771; Smooth: 0.723

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase
分子量 formula_weight	66496.0 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.11.5,3.1.3.-
突变 mutation	D477A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15755

GLELLIAQTILQGFDAQYGRFLEVTSGAQQRFEQADWHAVQQAMKNRIHLYDHHVGLVVEQLRCITNGQSTDAEFLLRVKEHYTRLLPDYPRFEIAESFFNSVYCRLFDHRSLTPERLFIFSSQPERRFRTIPRPLAKDFHPDHGWESLLMRVISDLPLRLHWQNKSRDIHYIIRHLTETLGPENLSKSHLQVANELFYRNKAAWLVGKLITPSGTLPFLLPIHQTDDGELFIDTCLTTTAEASIVFGFARSYFMVYAPLPAALVEWLREILPGKTTAELYMAIGCQKHAKTESYREYLVYLQGCNEQFIEAPGIRGMVMLVFTLPGFDRVFKVIKDKFAPQKEMSAAHVRACYQLVKEHDRVGRMADTQEFENFVLEKRHISPALMELLLQEAAEKITDLGEQIVIRHLYIERRMVPLNIWLEQVEGQQLRDAIEEYGNAIRQLAAANIFPGDMLFKNFGVTRHGRVVFYDYAEICYMTEVNFRDIPPPRYPEDELASEPWYSVSPGDVFPEEFRHWLCADPRIGPLFEEMHADLFRADYWRALQNRIREGHVEDVYAYRRRQRFSV

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli O157:H7
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83334
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Isocitrate dehydrogenase [NADP]
分子量 formula_weight	45678.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.1.1.42
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

ESKVVVPAQGKKITLQNGKLNVPENPIIPYIEGDGIGVDVTPAMLKVVDAAVEKAYKGERKISWMEIYTGEKSTQVYGQDVWLPAETLDLIREYRVAIKGPLTTPVGGGIRSLNVALRQELDLYICLRPVRYYQGTPSPVKHPELTDMVIFRENSEDIYAGIEWKADSADAEKVIKFLREEMGVKKIRFPEHCGIGIKPCSEEGTKRLVRAAIEYAIANDRDSVTLVHKGNIMKFTEGAFKDWGYQLAREEFGGELIDGGPWLKVKNPNTGKEIVIKDVIADAFLQQILLRPAEYDVIACMNLNGDYISDALAAQVGGIGIAPGANIGDECALFEATHGTAPKYAGQDKVNPGSIILSAEMMLRHMGWTEAADLIVKGMEGAINAKTVTYDFERLMDGAKLLKCSEFGDAIIENM

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE MONOPHOSPHATE
分子量 formula_weight	347.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	21

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4p69C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4p69D00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	718 — Isopropylmalate Dehydrogenase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Isopropylmalate Dehydrogenase

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	198.160 Å
晶胞边长 b length_b	198.160 Å
晶胞边长 c length_c	156.071 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 63
空间群编号 int_tables_number	173
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	29.970 Å
R 因子 r_factor	0.1803
R_work r_work	0.1767
R_free r_free	0.2469

fit	/app/data/saxs_computation/p6/4p69/4p69.fit
pddf	/app/data/pr_computation/p6/4p69/4p69.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/p6/4p69/4p69.dat

Acek (D477A) ICDH complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Isocitrate dehydrogenase kinase/phosphatase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Isocitrate dehydrogenase [NADP]

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)