4pbw

Crystal structure of chicken receptor protein tyrosine phosphatase sigma in complex with TrkC

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NT-3 growth factor receptor

Gallus gallus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform × 1 （Q90815） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform × 1 （Q90815）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform × 1 （Q90815）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NTRK3_CHICK
Isoform	Q91044-6
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–274； UniProt 32–302 作者链 B； PDB构建体 4–274； UniProt 32–302 作者链 C； PDB构建体 4–274； UniProt 32–302

Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform

Gallus gallus

UniProt Q90815

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NT-3 growth factor receptor × 1 （Q91044） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NT-3 growth factor receptor × 1 （Q91044）	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NT-3 growth factor receptor × 1 （Q91044）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q90815_CHICK
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 4–291； UniProt 29–316 作者链 E； PDB构建体 4–291； UniProt 29–316 作者链 F； PDB构建体 4–291； UniProt 29–316

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pbw
沉积日期 deposition_date	2014-04-14
结构标题 title	Crystal structure of chicken receptor protein tyrosine phosphatase sigma in complex with TrkC
关键词 keywords	Receptor protein tyrosine phosphatase (RPTP), Synapse Cell signalling Cell surface receptor, signaling protein; SIGNALING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4pbw__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4pbw__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4pbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.05 Å
Rg（电子密度）	23.87 Å
总 Rg	24.75 Å
原子数	3579
残基数	456
排除体积	63308 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4pbw__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4pbw__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4pbw__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NT-3 growth factor receptor
分子量 formula_weight	31888.9 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.10.1
突变 mutation	yes
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,A,C
原子数 atom_count	10644

ETGCPANCLCSKTDINCKKPDDGNLFPLLEGQDSGSSNGQTSIQITDISRNITSIHIENWKNLQTLNAVDMELYTGLQRLTIRNSGLRNIQPRAFAKNPHLRYIDLSGNRLTTLSWQLFQTLRLFDLRLERNPFQCSCDIRWIQLWQEKGEANLQSQQLHCMNLDTAVILLRNMNITQCDLPEISVSHVNLTVREGENAVITCQGSGSPLPDVDWTVADLHSINTHQTNLQWTNVHAIQLTLVNVTSEDNGFLLTCIAENVVGMSQASVLLTVYGTKHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform
分子量 formula_weight	32721.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,E,F

ETGESPPVFIKKPVDQIGVSGGVASFVCQATGDPKPRVTWNKKGKKVNSQRFETIEFDESAGAVLRIQPLRTPRDENIYECVAQNPHGEVTVHAKLTVLREDQLPPGFPNIDMGPQLKVVERTRTATMLCAASGNPDPEITWFKDFLPVDPSTSNGRIKQLRSGGLQIESSEETDQGKYECVASNSAGVRYSSPANLYVRVRRVAPRFSILPVSHEIMPGGNVNITCVAVGSPMPYVKWMQGAEDLTPEDDMPVGRNVLELTDVKDSANYTCVAMSSLGVIEAVAQITVKSKGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Gallus gallus
通用名 common_name	Chicken
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9031
宿主生物 host_organism	Homo sapiens

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4pbwd1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pbwd2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pbwe1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pbwe2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pbwf1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4pbwf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4pbwD01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pbwD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pbwE01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pbwE02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pbwF01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4pbwF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	84.420 Å
晶胞边长 b length_b	93.120 Å
晶胞边长 c length_c	99.380 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	73.37 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.45 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	74.23 °
晶胞分子数 Z z_pdb	3

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.050 Å
最低分辨率 resolution_low	94.960 Å
R 因子 r_factor	0.2268
R_work r_work	0.2261
R_free r_free	0.2399

Crystal structure of chicken receptor protein tyrosine phosphatase sigma in complex with TrkC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NT-3 growth factor receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pbw__assembly_1__model_1

4pbw__assembly_1__model_1 | I(q)

4pbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of chicken receptor protein tyrosine phosphatase sigma in complex with TrkC

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NT-3 growth factor receptor

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein-tyrosine phosphatase CRYPalpha1 isoform

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pbw__assembly_1__model_1

4pbw__assembly_1__model_1 | I(q)

4pbw__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (6 domains)

7. 引用文献 (1)