SAXSdb — 4pc7

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu 1

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ;(1S,2S,3E,5E,7E,10S,11S,12S)-12-[(2R,4E,6E,8Z,10R,12E,14E,16Z,18S,19Z)-10,18-DIHYDROXY-12,16,19-TRIMETHYL-11,22-DIOXOOX ACYCLODOCOSA-4,6,8,12,14,16,19-HEPTAEN-2-YL]-2,11-DIHYDROXY-1,10-DIMETHYL-9-OXOTRIDECA-3,5,7-TRIEN-1-YL 6-DEOXY-2,4-DI-O-METHYL-BETA-L-GALACTOPYRANOSIDE ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–394； UniProt 1–394

Elongation factor Ts

Escherichia coli

UniProt P0A6P1

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 1 ;(1S,2S,3E,5E,7E,10S,11S,12S)-12-[(2R,4E,6E,8Z,10R,12E,14E,16Z,18S,19Z)-10,18-DIHYDROXY-12,16,19-TRIMETHYL-11,22-DIOXOOX ACYCLODOCOSA-4,6,8,12,14,16,19-HEPTAEN-2-YL]-2,11-DIHYDROXY-1,10-DIMETHYL-9-OXOTRIDECA-3,5,7-TRIEN-1-YL 6-DEOXY-2,4-DI-O-METHYL-BETA-L-GALACTOPYRANOSIDE ; × 1 MAGNESIUM ION × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–282； UniProt 2–283

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pc7
沉积日期 deposition_date	2014-04-14
结构标题 title	Elongation factor Tu:Ts complex in a near GTP conformation.
关键词 keywords	G:GEF:Nucleotide complex, Elongation factor, Translation, Protein synthesis; TRANSLATION
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4pc7__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4pc7__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4pc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	29.01 Å
Rg（电子密度）	28.36 Å
总 Rg	29.11 Å
原子数	4887
残基数	628
排除体积	87479 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4pc7__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor Tu 1
分子量 formula_weight	43340.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	4888

MSKEKFERTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITTVLAKTYGGAARAFDQIDNAPEEKARGITINTSHVEYDTPTRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVAATDGPMPQTREHILLGRQVGVPYIIVFLNKCDMVDDEELLELVEMEVRELLSQYDFPGDDTPIVRGSALKALEGDAEWEAKILELAGFLDSYIPEPERAIDKPFLLPIEDVFSISGRGTVVTGRVERGIIKVGEEVEIVGIKETQKSTCTGVEMFRKLLDEGRAGENVGVLLRGIKREEIERGQVLAKPGTIKPHTKFESEVYILSKDEGGRHTPFFKGYRPQFYFRTTDVTGTIELPEGVEMVMPGDNIKMVVTLIHPIAMDDGLRFAIREGGRTVGAGVVAKVLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Elongation factor Ts
分子量 formula_weight	30332.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

AEITASLVKELRERTGAGMMDCKKALTEANGDIELAIENMRKSGAIKAAKKAGNVAADGVIKTKIDGNYGIILEVNCQTDFVAKDAGFQAFADKVLDAAVAGKITDVEVLKAQFEEERVALVAKIGENINIRRVAALEGDVLGSYQHGARIGVLVAAKGADEELVKHIAMHVAASKPEFIKPEDVSAEVVEKEYQVQLDIAMQSGKPKEIAEKMVEGRMKKFTGEVSLTGQPFVMEPSKTVGQLLKEHNAEVTGFIRFEVGEGIEKVETDFAAEVAAMSKQS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	;(1S,2S,3E,5E,7E,10S,11S,12S)-12-[(2R,4E,6E,8Z,10R,12E,14E,16Z,18S,19Z)-10,18-DIHYDROXY-12,16,19-TRIMETHYL-11,22-DIOXOOX ACYCLODOCOSA-4,6,8,12,14,16,19-HEPTAEN-2-YL]-2,11-DIHYDROXY-1,10-DIMETHYL-9-OXOTRIDECA-3,5,7-TRIEN-1-YL 6-DEOXY-2,4-DI-O-METHYL-BETA-L-GALACTOPYRANOSIDE ;
分子量 formula_weight	839.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	1

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

结构域编号 domain_id	4pc7A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4pc7A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4pc7A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4pc7C01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	4pc7C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	479 — Tetrahydropterin Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Elongation factor Ts, dimerisation domain

▶

晶胞边长 a length_a	122.820 Å
晶胞边长 b length_b	122.820 Å
晶胞边长 c length_c	173.330 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.600 Å
最低分辨率 resolution_low	29.500 Å
R 因子 r_factor	0.2567
R_work r_work	0.2554
R_free r_free	0.2831

Elongation factor Tu:Ts complex in a near GTP conformation.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Elongation factor Ts

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pc7__assembly_1__model_1

4pc7__assembly_1__model_1 | I(q)

4pc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)

Elongation factor Tu:Ts complex in a near GTP conformation.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Tu 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongation factor Ts

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pc7__assembly_1__model_1

4pc7__assembly_1__model_1 | I(q)

4pc7__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 5 domains

CATH v4.4 (5 domains)

7. 引用文献 (1)