SAXSdb — 4pd1

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gephyrin

Rattus norvegicus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Glycine receptor subunit beta × 2 （P20781） GLYCEROL × 16 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GEPH_RAT
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–419； UniProt 350–768

Glycine receptor subunit beta

物种未注明

UniProt P20781

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Gephyrin × 2 （Q03555） GLYCEROL × 16 ACETATE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	GLRB_RAT
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–15； UniProt 419–433

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pd1
沉积日期 deposition_date	2014-04-17
结构标题 title	Structure of gephyrin E domain with Glycine-beta receptor peptide
关键词 keywords	;Scaffolding protein, Neurotransmitter receptor anchoring protein, Molybdenum cofactor biosynthesis, STRUCTURAL PROTEIN-SIGNALING PROTEIN complex, STRUCTURAL PROTEIN-TRANSPORT PROTEIN complex ;; STRUCTURAL PROTEIN/TRANSPORT PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4pd1__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4pd1__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4pd1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	32.86 Å
Rg（电子密度）	32.37 Å
总 Rg	32.68 Å
原子数	12968
残基数	828
排除体积	115020 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4pd1__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Gephyrin
分子量 formula_weight	45652.4 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.7.75,2.10.1.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	6703

MSPFPLTSMDKAFITVLEMTPVLGTEIINYRDGMGRVLAQDVYAKDNLPPFPASVKDGYAVRAADGPGDRFIIGESQAGEQPTQTVMPGQVMRVTTGAPIPCGADAVVQVEDTELIRESDDGTEELEVRILVQARPGQDIRPIGHDIKRGECVLAKGTHMGPSEIGLLATVGVTEVEVNKFPVVAVMSTGNELLNPEDDLLPGKIRDSNRSTLLATIQEHGYPTINLGIVGDNPDDLLNALNEGISRADVIITSGGVSMGEKDYLKQVLDIDLHAQIHFGRVFMKPGLPTTFATLDIDGVRKIIFALPGNPVSAVVTCNLFVVPALRKMQGILDPRPTIIKARLSCDVKLDPRPEYHRCILTWHHQEPLPWAQSTGNQMSSRLMSMRSANGLLMLPPKTEQYVELHKGEVVDVMVIGRL

来源 Source

来源生物 organism	Rattus norvegicus
通用名 common_name	Rat
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10116
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Glycine receptor subunit beta
分子量 formula_weight	1682.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C

DFSIVGSLPRDFELS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	174

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4pd1A01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	980 — Molybdenum Cofactor Biosythetic Enzyme; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MoaB/Mog-like domain

结构域编号 domain_id	4pd1A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	105 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 2

结构域编号 domain_id	4pd1A03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	170 — Beta Complex
拓扑 Topology topology	190 — Molybdopterin biosynthesis moeA protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	11 — Molybdopterin biosynthesis moea protein, domain 3.

结构域编号 domain_id	4pd1A04
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	340 — Beta-clip
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — MoeA, C-terminal, domain IV

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晶胞边长 a length_a	85.660 Å
晶胞边长 b length_b	100.060 Å
晶胞边长 c length_c	117.500 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.975 Å
最低分辨率 resolution_low	36.472 Å
R 因子 r_factor	0.1605
R_work r_work	0.1586
R_free r_free	0.1955

Structure of gephyrin E domain with Glycine-beta receptor peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gephyrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Glycine receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pd1__assembly_1__model_1

4pd1__assembly_1__model_1 | I(q)

4pd1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of gephyrin E domain with Glycine-beta receptor peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Gephyrin

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Glycine receptor subunit beta

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4pd1__assembly_1__model_1

4pd1__assembly_1__model_1 | I(q)

4pd1__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)