SAXSdb — 4pgf

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosylhomocysteinase

Homo sapiens

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–432 链 B； UniProt 1–432	突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris	分辨率 2.59 Å R-free 0.248

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PGF	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1A7A STRUCTURE OF HUMAN PLACENTAL S-ADENOSYLHOMOCYSTEINE HYDROLASE: DETERMINATION OF A 30 SELENIUM ATOM SUBSTRUCTURE FROM DATA AT A SINGLE WAVELENGTH 提交 1998-03-10	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–432（431 aa）链 B 2–432（431 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADC (1'R,2'S)-9-(2-HYDROXY-3'-KETO-CYCLOPENTEN-1-YL)ADENINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；pH 5.6	分辨率 2.80 Å R-free 0.247
1LI4 Human S-adenosylhomocysteine hydrolase complexed with neplanocin 提交 2002-04-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 NOC 3-(6-AMINO-PURIN-9-YL)-5-HYDROXYMETHYL-CYCLOPENTANE-1,2-DIOL × 4 IPA ISOPROPYL ALCOHOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.6；273 K；PEG4K, IOSPROPANOL, AMMONIUM ACETATE, CITRATE, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 273K	分辨率 2.01 Å R-free 0.236
3NJ4 Fluoro-neplanocin A in Human S-Adenosylhomocysteine Hydrolase 提交 2010-06-17	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）链 C 1–432（432 aa）链 D 1–432（432 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 AFX (4S,5S)-4-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-fluoro-5-hydroxy-2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8；293 K；0.1M HEPES pH 8.0, 22% PEG400, 100mM Lithium sulfate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.50 Å R-free 0.261
4PFJ The structure of bi-acetylated SAHH 提交 2014-04-29	结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）	突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）突变：e396c 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；298 K；PEG 3350, sodium formate, bis-tris	分辨率 2.30 Å R-free 0.245
4YVF Structure of S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase 提交 2015-03-20	突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–432（432 aa）链 B 1–432（432 aa）	未记录	NAI 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE × 4 XFA 2-{[5-chloro-2-(4-chlorophenoxy)phenyl](2-{[2-(methylamino)ethyl]amino}-2-oxoethyl)amino}-N-(1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl)-N-methylacetamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；293 K；HEPES, PEG 4000, 2-propanol, ethyl acetate	分辨率 2.70 Å R-free 0.239
5W49 The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to oxadiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–432（429 aa）链 B 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 28 9W1 (4-amino-1,2,5-oxadiazol-3-yl)[(3R)-3-{4-[(3-methoxyphenyl)amino]-6-methylpyridin-2-yl}pyrrolidin-1-yl]methanone × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.40 Å R-free 0.226
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 4–432（429 aa）链 B 4–432（429 aa）链 E 4–432（429 aa）链 F 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.240
5W4B The crystal structure of human S-adenosylhomocysteine hydrolase (AHCY) bound to benzothiazole inhibitor 提交 2017-06-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 4–432（429 aa）链 D 4–432（429 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 9W4 4-[(2,5-dioxo-2,5-dihydro-1H-imidazol-1-yl)methyl]-N-[2-(morpholin-4-yl)-1,3-benzothiazol-6-yl]benzamide × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；293 K；8-12% PEG8000, 0.12 M ethylene glycol, 0.1 M Tris(base):Bicine, pH 8.5	分辨率 2.65 Å R-free 0.240
9QYI Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–432（431 aa）链 B 2–432（431 aa）链 D 2–432（431 aa）链 E 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 4 SO4 SULFATE ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.59 Å R-free 0.214
9QYI Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase complex with adenosine 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–432（431 aa）链 F 2–432（431 aa）链 G 2–432（431 aa）链 H 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 K POTASSIUM ION × 5 SO4 SULFATE ION × 2 MPD (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.59 Å R-free 0.214
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–432（431 aa）链 B 2–432（431 aa）链 D 2–432（431 aa）链 E 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 24 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.93 Å R-free 0.244
9QYJ Crystal structure of human S-adenosyl-L-homocysteine hydrolase in complex with adenosine and cadmium ions. 提交 2025-04-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 C 2–432（431 aa）链 F 2–432（431 aa）链 G 2–432（431 aa）链 H 2–432（431 aa）	未记录	NAD NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE × 4 ADN ADENOSINE × 4 CD CADMIUM ION × 21 K POTASSIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；291 K；Morpheus D4	分辨率 1.93 Å R-free 0.244

共 9 个其他 PDB 条目、12 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAHH_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432 作者链 B； PDB构建体 1–432； UniProt 1–432

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pgf
沉积日期 deposition_date	2014-05-01
结构标题 title	The structure of mono-acetylated SAHH
关键词 keywords	hydrolyase acetylation SAHH semi-synthetic, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	29.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	28.90 Å
零角强度 I(0) i0	149328000.00
分子量 molecular_weight	96634.0 kDa
排除体积 excluded_volume	120790 Å³
包络体积 envelope_volume	146060 Å³
水化壳体积 shell_volume	40974 Å³
包络直径 envelope_diameter	98.5 Å
壳层 Rg shell_rg	37.10 Å
包络 Rg envelope_rg	29.25 Å
形状 Rg shape_rg	28.92 Å
总 Rg total_rg	29.54 Å
总原子数 total_atoms	13478
残基数 n_residues	856
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

▼

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	96.2 Å
Rg (实空间) rg_real	29.34 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.63 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4930e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.3590e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	29.35 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	149300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8850
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	33.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.344
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.271
角度范围 angular_range	— – 0.2700 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	40890000.0000
实空间数据点数 n_real_points	55
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.860; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.921

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Adenosylhomocysteinase
分子量 formula_weight	47787.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.3.1.1
突变 mutation	e396c
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	13514

MSDKLPYKVADIGLAAWGRKALDIAENEMPGLMRMRERYSASKPLKGARIAGCLHMTVETAVLIETLVTLGAEVQWSSCNIFSTQNHAAAAIAKAGIPVYAWKGETDEEYLWCIEQTLYFKDGPLNMILDDGGDLTNLIHTKYPQLLPGIRGISEETTTGVHNLYKMMANGILKVPAINVNDSVTKSKFDNLYGCRESLIDGIKRATDVMIAGKVAVVAGYGDVGKGCAQALRGFGARVIITEIDPINALQAAMEGYEVTTMDEACQEGNIFVTTTGCIDIILGRHFEQMKDDAIVCNIGHFDVEIDVKWLNENAVEKVNIKPQVDRYRLKNGRRIILLAEGRLVNLGCAMGHPSFVMSNSFTNQVMAQIELWTHPDKYPVGVHFLPKKLDEAVACAHLGKLNVKLTKLTEKQAQYLGMSCDGPFKPDHYRY

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	663.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ADENOSINE
分子量 formula_weight	267.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	24

▼

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4pgfA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	4pgfA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

结构域编号 domain_id	4pgfB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1480 — Adenosylhomocysteinase-like

结构域编号 domain_id	4pgfB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	720 — NAD(P)-binding Rossmann-like Domain

▶

8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	97.597 Å
晶胞边长 b length_b	102.740 Å
晶胞边长 c length_c	175.018 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	I 2 2 2
空间群编号 int_tables_number	23
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.590 Å
最低分辨率 resolution_low	44.000 Å
R 因子 r_factor	0.1910
R_work r_work	0.1880
R_free r_free	0.2480

fit	/app/data/saxs_computation/pg/4pgf/4pgf.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/4pgf/4pgf.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/4pgf/4pgf.dat

The structure of mono-acetylated SAHH

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Adenosylhomocysteinase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction