SAXSdb — 4pgm

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白同源多聚体同源多聚体蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric（4）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–246 链 B； UniProt 1–246 链 C； UniProt 1–246 链 D； UniProt 1–246	未记录	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, PH 8.65, 120MM LI2SO4, AND 1MM INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE	分辨率 2.30 Å R-free 0.286

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PGM	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BQ3 SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE IN COMPLEX WITH INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE 提交 1998-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–247（246 aa）链 B 2–247（246 aa）链 C 2–247（246 aa）链 D 2–247（246 aa）	未记录	IHP INOSITOL HEXAKISPHOSPHATE × 2 SO4 SULFATE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, pH 8.65	分辨率 2.70 Å R-free 0.240
1BQ4 SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE IN COMPLEX WITH BENZENE HEXACARBOXYLATE 提交 1998-08-20	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–247（246 aa）链 B 2–247（246 aa）链 C 2–247（246 aa）链 D 2–247（246 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 3 BHC BENZENE HEXACARBOXYLIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；PROTEIN WAS CRYSTALLISED FROM 22-24% PEG 4000 60MM TRIS-HCL, pH 8.65	分辨率 2.50 Å R-free 0.254
1QHF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE-3PG COMPLEX STRUCTURE TO 1.7 A 提交 1999-05-13	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–240（240 aa）链 B 1–240（240 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.8；55% AMMONIUM SULFATE IN 10MM IMIDAZOLE BUFFER PH 6.8 WITH 1MM 3PG AND CONCENTRATION OF 10 MG ML PROTEIN	分辨率 1.70 Å R-free 0.215
3PGM THE STRUCTURE OF YEAST PHOSPHOGLYCERATE MUTASE AT 0.28 NM RESOLUTION 提交 1982-04-06	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–235（235 aa）链 B 1–235（235 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 3PG 3-PHOSPHOGLYCERIC ACID × 4	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.80 Å
5PGM SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 提交 1998-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 A 1–246（246 aa）链 B 1–246（246 aa）链 C 1–246（246 aa）链 D 1–246（246 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；pH 8.65	分辨率 2.12 Å R-free 0.228
5PGM SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 提交 1998-08-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 4 PDB 声明：tetrameric	链 E 1–246（246 aa）链 F 1–246（246 aa）链 G 1–246（246 aa）链 H 1–246（246 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 8 ALA ALANINE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.65；pH 8.65	分辨率 2.12 Å R-free 0.228

共 5 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PMG1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 B； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 C； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246 作者链 D； PDB构建体 1–246； UniProt 1–246

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pgm
沉积日期 deposition_date	1997-04-25
结构标题 title	SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE
关键词 keywords	TRANSFERASE (PHOSPHORYL), GLYCOLYTIC ENZYME, ISOMERASE; ISOMERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.56 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.49 Å
零角强度 I(0) i0	167255000.00
分子量 molecular_weight	105900.0 kDa
排除体积 excluded_volume	134020 Å³
包络体积 envelope_volume	160910 Å³
水化壳体积 shell_volume	44212 Å³
包络直径 envelope_diameter	101.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.86 Å
包络 Rg envelope_rg	29.47 Å
形状 Rg shape_rg	29.49 Å
总 Rg total_rg	30.27 Å
总原子数 total_atoms	7495
残基数 n_residues	941
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	97.1 Å
Rg (实空间) rg_real	30.39 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.6730e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.6060e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.47 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	167300000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8991
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	39.2 Å
偏度 Skewness skewness	0.161
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.443
角度范围 angular_range	— – 0.2600 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	49020000.0000
实空间数据点数 n_real_points	53
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.900; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.995; Smooth: 0.988

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4pgma_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d4pgmb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d4pgmc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

结构域编号 domain_id	d4pgmd_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.60 — Phosphoglycerate mutase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.60.1 — Phosphoglycerate mutase-like
家族 Family family	c.60.1.1 — Cofactor-dependent phosphoglycerate mutase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4pgmA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	4pgmB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	4pgmC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

结构域编号 domain_id	4pgmD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1240 — Phosphoglycerate mutase-like

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8. 引用文献 (3)

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晶胞边长 a length_a	81.467 Å
晶胞边长 b length_b	84.555 Å
晶胞边长 c length_c	88.884 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	111.72 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	25.000 Å
R 因子 r_factor	0.1920
R_work r_work	0.1920
R_free r_free	0.2860

描述 description	PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1
分子量 formula_weight	27517.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.4.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8322

SACCHAROMYCES CEREVISIAE PHOSPHOGLYCERATE MUTASE

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PHOSPHOGLYCERATE MUTASE 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (3)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	4932
宿主生物 host_organism	Saccharomyces cerevisiae

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	827

fit	/app/data/saxs_computation/pg/4pgm/4pgm.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pg/4pgm/4pgm.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pg/4pgm/4pgm.dat