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4pid

Crystal structure of human adenovirus 2 protease with a weak pyrimidine nitrile inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 57.8 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

Human adenovirus 2

UniProt P03252

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–204 未记录 Pre-protein VI × 1 （P03274） ACT ACETATE ION × 1 2UQ N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 分辨率 1.59 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4PID Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AVP STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR 提交 1996-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–204（204 aa） 片段：MAIN
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
1NLN CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION 提交 2003-01-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–204（204 aa） 片段：adenovirus proteinase
未记录 ACY ACETIC ACID × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；cacodylate, sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.60 Å R-free 0.179
4EKF Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution 提交 2012-04-09 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 1–204（204 aa）
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） NA SODIUM ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；0.3M sodium citrate, pH 5.6, 0.8 M sodium acetate, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
分辨率 0.98 Å R-free 0.168
4PIE Crystal structure of human adenovirus 2 protease a substrate based nitrile inhibitor 提交 2014-05-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–204（204 aa）
未记录 3FO N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1mM peptide-nitrile inhibitor was added to the protein and incubated for 30 minutes. 0.8M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6
分辨率 1.94 Å R-free 0.260
5FGY Structure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC 提交 2015-12-21 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 1–204（204 aa）
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277.15 K；Grew over one week at 4 degrees Celsius in 0.1 M sodium citrate pH 6.4, 1.7 M sodium acetate, 1 mM DTT
分辨率 2.10 Å R-free 0.197

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PRO_ADE02
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Pre-protein VI

物种未注明

UniProt P03274

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2） 与蛋白拷贝数一致 链 B； UniProt 240–250 片段：UNP residues 240-250 Protease × 1 （P03252） ACT ACETATE ION × 1 2UQ N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M HEPES pH 7.5 分辨率 1.59 Å R-free 0.189

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4PID Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1AVP STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR 提交 1996-04-04 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 240–250（11 aa） 片段：PEPT
未记录 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5
分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4PIE Crystal structure of human adenovirus 2 protease a substrate based nitrile inhibitor 提交 2014-05-08 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 240–250（11 aa） 片段：UNP residues 240-250
未记录 3FO N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1mM peptide-nitrile inhibitor was added to the protein and incubated for 30 minutes. 0.8M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6
分辨率 1.94 Å R-free 0.260

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAP6_ADE02
Isoform —
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 240–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4pid

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4pid
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4pid
沉积日期 deposition_date2014-05-08
结构标题 titleCrystal structure of human adenovirus 2 protease with a weak pyrimidine nitrile inhibitor
关键词 keywordsAdenain, cysteine protease, adenovirus, pVIc cofactor, virus maturation, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier17.74 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron16.48 Å
零角强度 I(0) i011604200.00
分子量 molecular_weight24746.0 kDa
排除体积 excluded_volume30687 ų
包络体积 envelope_volume34033 ų
水化壳体积 shell_volume17088 ų
包络直径 envelope_diameter58.7 Å
壳层 Rg shell_rg22.85 Å
包络 Rg envelope_rg16.80 Å
形状 Rg shape_rg16.44 Å
总 Rg total_rg17.59 Å
总原子数 total_atoms1737
残基数 n_residues215
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax57.8 Å
Rg (实空间) rg_real17.62 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.40 Å
I(0) (实空间) i0_real1.1600e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error1.4510e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal17.64 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal11600000.0000
解质量估计 total_estimate0.8002
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary23.1 Å
偏度 Skewness skewness0.169
峰度 Kurtosis kurtosis-0.339
角度范围 angular_range— – 0.4500 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha2826000.0000
实空间数据点数 n_real_points76
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.804; Stabil: 0.995; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.000
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id4pidA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Adenoviral Proteinase; Chain A
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)