SAXSdb — 4pie

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

Human adenovirus 2

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 1–204	未记录	Pre-protein VI × 1 （P03274） 3FO N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1mM peptide-nitrile inhibitor was added to the protein and incubated for 30 minutes. 0.8M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.94 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PIE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVP STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR 提交 1996-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）片段：MAIN	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
1NLN CRYSTAL STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR AT 1.6 ANGSTROM RESOLUTION 提交 2003-01-07	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）片段：adenovirus proteinase	未记录	ACY ACETIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6.5；298 K；cacodylate, sodium acetate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K	分辨率 1.60 Å R-free 0.179
4EKF Structure of the Inactive Adenovirus Proteinase at 0.98 Angstrom Resolution 提交 2012-04-09	突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–204（204 aa）	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NA SODIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 5.6；293 K；0.3M sodium citrate, pH 5.6, 0.8 M sodium acetate, 5 mM DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 0.98 Å R-free 0.168
4PID Crystal structure of human adenovirus 2 protease with a weak pyrimidine nitrile inhibitor 提交 2014-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）	未记录	ACT ACETATE ION × 1 2UQ N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.189
5FGY Structure of human adenovirus 2 protease with cofactor pVIC 提交 2015-12-21	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–204（204 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.4；277.15 K；Grew over one week at 4 degrees Celsius in 0.1 M sodium citrate pH 6.4, 1.7 M sodium acetate, 1 mM DTT	分辨率 2.10 Å R-free 0.197

共 5 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PRO_ADE02
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–204； UniProt 1–204

Pre-protein VI

物种未注明

UniProt P03274

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 240–250	片段：UNP residues 240-250	Protease × 1 （P03252） 3FO N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide × 1 SO4 SULFATE ION × 2 ZN ZINC ION × 1 ACT ACETATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；1mM peptide-nitrile inhibitor was added to the protein and incubated for 30 minutes. 0.8M lithium sulphate, 0.1 M sodium acetate, pH 4.6	分辨率 1.94 Å R-free 0.260

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4PIE	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1AVP STRUCTURE OF HUMAN ADENOVIRUS 2 PROTEINASE WITH ITS 11 AMINO ACID COFACTOR 提交 1996-04-04	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 240–250（11 aa）片段：PEPT	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6.5；pH 6.5	分辨率 2.60 Å R-free 0.233
4PID Crystal structure of human adenovirus 2 protease with a weak pyrimidine nitrile inhibitor 提交 2014-05-08	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 240–250（11 aa）片段：UNP residues 240-250	未记录	ACT ACETATE ION × 1 2UQ N-benzyl-2-[(Z)-iminomethyl]pyrimidine-5-carboxamide × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；0.8 M sodium/potassium tartrate, 0.1 M HEPES pH 7.5	分辨率 1.59 Å R-free 0.189

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	CAP6_ADE02
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–11； UniProt 240–250

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4pie
沉积日期 deposition_date	2014-05-08
结构标题 title	Crystal structure of human adenovirus 2 protease a substrate based nitrile inhibitor
关键词 keywords	Adenain, adenovirus, cofactor, pVIc, cysteine protease, Hydrolase-Hydrolase inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	17.59 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	16.30 Å
零角强度 I(0) i0	11918200.00
分子量 molecular_weight	24802.0 kDa
排除体积 excluded_volume	30563 Å³
包络体积 envelope_volume	33264 Å³
水化壳体积 shell_volume	16895 Å³
包络直径 envelope_diameter	54.3 Å
壳层 Rg shell_rg	22.67 Å
包络 Rg envelope_rg	16.55 Å
形状 Rg shape_rg	16.25 Å
总 Rg total_rg	17.38 Å
总原子数 total_atoms	1734
残基数 n_residues	213
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.2 Å
Rg (实空间) rg_real	17.47 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.34 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.1920e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4400e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	17.48 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	11920000.0000
解质量估计 total_estimate	0.7889
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	3
主峰位置 r_peak_primary	23.3 Å
偏度 Skewness skewness	0.147
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.352
角度范围 angular_range	— – 0.4500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	2772000.0000
实空间数据点数 n_real_points	76
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.760; Stabil: 0.991; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Protease
分子量 formula_weight	23114.3 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.22.39
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	1771

MGSSEQELKAIVKDLGCGPYFLGTYDKRFPGFVSPHKLACAIVNTAGRETGGVHWMAFAWNPRSKTCYLFEPFGFSDQRLKQVYQFEYESLLRRSAIASSPDRCITLEKSTQSVQGPNSAACGLFCCMFLHAFANWPQTPMDHNPTMNLITGVPNSMLNSPQVQPTLRRNQEQLYSFLERHSPYFRSHSAQIRSATSFCHLKNM

来源 Source

来源生物 organism	Human adenovirus 2
通用名 common_name	HAdV-2
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10515
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Pre-protein VI
分子量 formula_weight	1353.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GVQSLKRRRCF

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	N-{(2S)-2-(3-chlorophenyl)-2-[(methylsulfonyl)amino]acetyl}-L-phenylalanyl-N-[(2Z)-2-iminoethyl]glycinamide
分子量 formula_weight	508.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	ACETATE ION
分子量 formula_weight	59.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	33

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4pieA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	395 — Adenoviral Proteinase; Chain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Adenoviral Proteinase; Chain A

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	41.312 Å
晶胞边长 b length_b	44.437 Å
晶胞边长 c length_c	98.921 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.940 Å
最低分辨率 resolution_low	40.530 Å
R 因子 r_factor	0.2096
R_work r_work	0.2069
R_free r_free	0.2603

fit	/app/data/saxs_computation/pi/4pie/4pie.fit
pddf	/app/data/pr_computation/pi/4pie/4pie.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/pi/4pie/4pie.dat

Crystal structure of human adenovirus 2 protease a substrate based nitrile inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protease

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Pre-protein VI

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)