4py8

Crystal structure of Fab 3.1 in complex with the 1918 influenza virus hemagglutinin

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

Influenza A virus

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 12 其他聚合物 3	antibody 3.1 heavy chain × 3 antibody 3.1 light chain × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 6 MALONATE ION × 6	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	HEMA_I18A0
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–331； UniProt 18–344 作者链 B； PDB构建体 1–176； UniProt 345–520

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4py8
沉积日期 deposition_date	2014-03-26
结构标题 title	Crystal structure of Fab 3.1 in complex with the 1918 influenza virus hemagglutinin
关键词 keywords	;hemagglutinin glycoproteins, immunoglobulin Fab fragment, membrane fusion, neutralizing antibodies, VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex ;; VIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4py8__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4py8__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4py8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.64 Å
Rg（电子密度）	50.29 Å
总 Rg	50.43 Å
原子数	21651
残基数	2790
排除体积	381510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4py8__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA1 chain
分子量 formula_weight	36452.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	7222

ADPGDTICIGYHANNSTDTVDTVLEKNVTVTHSVNLLEDSHNGKLCKLKGIAPLQLGKCNIAGWLLGNPECDLLLTASSWSYIVETSNSENGTCYPGDFIDYEELREQLSSVSSFEKFEIFPKTSSWPNHETTKGVTAACSYAGASSFYRNLLWLTKKGSSYPKLSKSYVNNKGKEVLVLWGVHHPPTGTDQQSLYQNADAYVSVGSSKYNRRFTPEIAARPKVRDQAGRMNYYWTLLEPGDTITFEATGNLIAPWYAFALNRGSGSGIITSDAPVHDCNTKCQTPHGAINSSLPFQNIHPVTIGECPKYVRSTKLRMATGLRNIPSIQSR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59375
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Hemagglutinin HA2 chain
分子量 formula_weight	20394.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B

GLFGAIAGFIEGGWTGMIDGWYGYHHQNEQGSGYAADQKSTQNAIDGITNKVNSVIEKMNTQFTAVGKEFNNLERRIENLNKKVDDGFLDIWTYNAELLVLLENERTLDFHDSNVRNLYEKVKSQLKNNAKEIGNGCFEFYHKCDDACMESVRNGTYDYPKYSEESKLNREEIDGVSGR

来源 Source

来源生物 organism	Influenza A virus
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	59375
宿主生物 host_organism	Trichoplusia ni

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	antibody 3.1 heavy chain
分子量 formula_weight	23603.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I

QVQLVQSGGGVVQPGRSLRLSCAASEFTFRMYATHWVRQAPGKGLEWVALISYDGSNKYYADSVKGRFTISRDNSMNTVYLQMNTLRPEDTAVYYCARDLGGYFIRGIMDVWGQGTLVTVSSASTKGPSVFPLAPSSGGTAALGCLVKDYFPEPVTVSWNSGALTSGVHTFPAVLQSSGLYSLSSVVTVPSSSLGTQTYICNVNHKPSNTKVDKRVEPK

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	antibody 3.1 light chain
分子量 formula_weight	23159.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	J

ELQMTQSPSSVSASVGDRVTITCRASQGISSWLAWYQQKPGKAPKLLIYAASSLQSGVPSRFSGSGSGTDFTLTISSLQPEDFATYYCQQANSFPLTFGGGTKVEIKRTVAAPSVFIFPPSDEQLKSGTASVVCLLNNFYPREAKVQWKVDNALQSGNSQESVTEQDSKDSTYSLSSTLTLSKADYEKHKVYACEVTHQGLSSPVTKSFNRGEC

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	MALONATE ION
分子量 formula_weight	102.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

结构域编号 domain_id	d4py8a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.19 — Viral protein domain
超家族 Superfamily superfamily	b.19.1 — Viral protein domain
家族 Family family	b.19.1.2 — Influenza hemagglutinin headpiece

结构域编号 domain_id	d4py8a2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4py8b_
类 Class class	h — Coiled coil proteins
折叠类型 Fold fold	h.3 — Stalk segment of viral fusion proteins
超家族 Superfamily superfamily	h.3.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)
家族 Family family	h.3.1.1 — Influenza hemagglutinin (stalk)

结构域编号 domain_id	d4py8j1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4py8j2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.1 — Immunoglobulin-like beta-sandwich
超家族 Superfamily superfamily	b.1.1 — Immunoglobulin
家族 Family family	b.1.1.2 — C1 set domains (antibody constant domain-like)

CATH v4.4 (7 domains)

结构域编号 domain_id	4py8A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	10 — Ribbon
拓扑 Topology topology	77 — Hemagglutinin; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Hemagglutinin Chain A, Domain 2

结构域编号 domain_id	4py8A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	209 — Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain

结构域编号 domain_id	4py8B00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	20 — Hemagglutinin Ectodomain; Chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 —

结构域编号 domain_id	4py8I01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4py8I02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4py8J01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4py8J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	135.060 Å
晶胞边长 b length_b	135.060 Å
晶胞边长 c length_c	230.201 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.910 Å
最低分辨率 resolution_low	42.841 Å
R 因子 r_factor	0.1955
R_work r_work	0.1930
R_free r_free	0.2419

Crystal structure of Fab 3.1 in complex with the 1918 influenza virus hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4py8__assembly_1__model_1

4py8__assembly_1__model_1 | I(q)

4py8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of Fab 3.1 in complex with the 1918 influenza virus hemagglutinin

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Hemagglutinin HA1 chain

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4py8__assembly_1__model_1

4py8__assembly_1__model_1 | I(q)

4py8__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (5 domains)

CATH v4.4 (7 domains)

7. 引用文献 (1)