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4q0z

The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III)

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 131.7 Å Quality: REASONABLE
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Rad2p

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P07276

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 A； UniProt 2–111 链 A； UniProt 732–986 链 B； UniProt 2–111 链 B； UniProt 732–986 片段：Rad2 catalytic core ;DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.40 Å R-free 0.235
2 蛋白–DNA 同源多聚体 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4） 与全部聚合物数一致 链 E； UniProt 2–111 链 E； UniProt 732–986 链 F； UniProt 2–111 链 F； UniProt 732–986 片段：Rad2 catalytic core ;DNA (5'-D(*TP*GP*CP*TP*CP*CP*CP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*CP*AP*GP*T)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(*TP*CP*TP*GP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*CP*T)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 2.40 Å R-free 0.235

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4Q0Z Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
2LOX NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad2 提交 2012-01-27 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验方法不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白异源复合物 异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 B 642–690（49 aa） 片段：UNP residues 642-690
未记录 未记录非水小分子 SOLUTION NMR
NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 ambient
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O | 100% D2O
NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O | 90% H2O/10% D2O
分辨率未提供
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric
链 A 2–111（110 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 A 732–986（255 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 2–111（110 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B 732–986（255 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 未记录非水小分子 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0W he catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex II) 提交 2014-04-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–111（110 aa） 片段：Rad2
链 A 732–986（255 aa） 片段：Rad2
链 B 2–111（110 aa） 片段：Rad2
链 B 732–986（255 aa） 片段：Rad2
未记录 CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；9% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4Q10 The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex IV) 提交 2014-04-02 构建体不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric
链 A 2–111（110 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 A 732–986（255 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B 2–111（110 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
链 B 732–986（255 aa） 片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986
未记录 CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；8% (w/v) PEG 8000, 18% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
分辨率 2.70 Å R-free 0.284

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 RAD2_YEAST
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 A； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 B； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986 作者链 E； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 E； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986 作者链 F； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 F； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4q0z

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4q0z
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4q0z
沉积日期 deposition_date2014-04-02
结构标题 titleThe catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III)
关键词 keywordsba Rossmann-like, DNA repair, TFIIH, Hydrolase-DNA complex; Hydrolase/DNA
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier40.82 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron41.43 Å
零角强度 I(0) i0430389000.00
分子量 molecular_weight160730.0 kDa
排除体积 excluded_volume197070 ų
包络体积 envelope_volume282120 ų
水化壳体积 shell_volume58227 ų
包络直径 envelope_diameter140.8 Å
壳层 Rg shell_rg45.86 Å
包络 Rg envelope_rg40.17 Å
形状 Rg shape_rg41.45 Å
总 Rg total_rg41.57 Å
总原子数 total_atoms11234
残基数 n_residues1308
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax131.7 Å
Rg (实空间) rg_real40.81 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.88 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3040e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error6.7960e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal40.82 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal430400000.0000
解质量估计 total_estimate0.6689
解质量评级 solution_quality REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary54.0 Å
偏度 Skewness skewness0.323
峰度 Kurtosis kurtosis-0.260
角度范围 angular_range— – 0.1950 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha84840000.0000
实空间数据点数 n_real_points40
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.906; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.107; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.659
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)