SAXSdb — 4q10

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD2

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–DNA 同源多聚体蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明：tetrameric（4）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 2–111 链 A； UniProt 732–986 链 B； UniProt 2–111 链 B； UniProt 732–986	片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	;DNA (5'-D(TPTPTPTPGPCPTPCPCPCPTPTPGPTPCPTPCPAPGPTPTPTPT)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(TPTPTPTPCPTPGPAPGPAPCPAPAPGPGPGPAPGPCPTPTPTPT)-3') ; × 1 CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；8% (w/v) PEG 8000, 18% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.70 Å R-free 0.284

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q10	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2LOX NMR structure of the complex between the PH domain of the Tfb1 subunit from TFIIH and Rad2 提交 2012-01-27	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 642–690（49 aa）片段：UNP residues 642-690	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.5；300 K；压力 ambient NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1 mM [U-100% 15N] Tfb1, 1.25 mM Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O NMR样品组成 1.25 mM Tfb1, 1 mM [U-100% 15N] Rad2, 20 mM sodium phosphate, 1 mM EDTA, 1 mM DTT, 90% H2O/10% D2O \| 90% H2O/10% D2O	分辨率未提供
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 A 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0R The catalytic core of Rad2 (complex I) 提交 2014-04-02	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 2–111（110 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986 链 B 732–986（255 aa）片段：enzyme catalytic core, unp residues 2-111, unp residues 732-986	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；291 K；20% (v/v) ethylene glycol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.75 Å R-free 0.310
4Q0W he catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex II) 提交 2014-04-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–111（110 aa）片段：Rad2 链 A 732–986（255 aa）片段：Rad2 链 B 2–111（110 aa）片段：Rad2 链 B 732–986（255 aa）片段：Rad2	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；291 K；9% (w/v) PEG 20000, 20% (v/v) PEG MME 550, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MOPS/HEPES-Na, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.10 Å R-free 0.230
4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 A 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 A 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 B 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 B 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235
4Q0Z The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex III) 提交 2014-04-02	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–DNA 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：tetrameric	链 E 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 E 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 F 2–111（110 aa）片段：Rad2 catalytic core 链 F 732–986（255 aa）片段：Rad2 catalytic core	未记录	CA CALCIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；291 K；10% (w/v) PEG 8000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.2 M D-glucose, 0.2 M D-mannose, 0.2 M D-galactose, 0.2 M L-fructose, 0.2 M D-xylose, 0.2 M N-acetyl-D-glucosamine, and 0.1 M MES/imidazole, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K	分辨率 2.40 Å R-free 0.235

共 4 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RAD2_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 A； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986 作者链 B； PDB构建体 1–110； UniProt 2–111 作者链 B； PDB构建体 111–365； UniProt 732–986

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q10
沉积日期 deposition_date	2014-04-02
结构标题 title	The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex IV)
关键词 keywords	ba Rossmann-like, DNA repair, TFIIH, nucleus, Hydrolase-DNA complex; Hydrolase/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	32.40 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	33.23 Å
零角强度 I(0) i0	103007000.00
分子量 molecular_weight	76387.0 kDa
排除体积 excluded_volume	93485 Å³
包络体积 envelope_volume	126990 Å³
水化壳体积 shell_volume	33443 Å³
包络直径 envelope_diameter	113.0 Å
壳层 Rg shell_rg	38.02 Å
包络 Rg envelope_rg	32.56 Å
形状 Rg shape_rg	33.29 Å
总 Rg total_rg	33.44 Å
总原子数 total_atoms	5337
残基数 n_residues	629
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	111.3 Å
Rg (实空间) rg_real	32.64 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.19 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.0300e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.8750e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	32.54 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	103000000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8530
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	31.8 Å
偏度 Skewness skewness	0.477
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.391
角度范围 angular_range	— – 0.2450 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	16510000.0000
实空间数据点数 n_real_points	50
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.770; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.860; Smooth: 0.913

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA repair protein RAD2
分子量 formula_weight	42189.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.-.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6126

GVHSFWDIAGPTARPVRLESLEDKRMAVDASIWIYQFLKAVRDQEGNAVKNSHITGFFRRICKLLYFGIRPVFVFDGGVPVLKRETIRQRKERRQGKRESAKSTARKLLANTTLSTSAERNVAENAFVEDELFEQQMKDKRDSDEVTMDMIKEVQELLSRFGIPYITAPMEAEAQCAELLQLNLVDGIITDDSDVFLFGGTKIYKNMFHEKNYVEFYDAESILKLLGLDRKNMIELAQLLGSDYTNGLKGMGPVSSIEVIAEFGNLKNFKDWYNNGQFDKRKQETENKFEKDLRKKLVNNEIILDDDFPSVMVYDAYMRPEVDHDTTPFVWGVPDLDMLRSFMKTQLGWPHEKSDEILIPLIRDV

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPGPCPTPCPCPCPTPTPGPTPCPTPCPAPGPTPTPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	6945.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	C

TTTTGCTCCCTTGTCTCAGTTTT

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(TPTPTPTPCPTPGPAPGPAPCPAPAPGPGPGPAPGPCPTPTPTP*T)-3') ;
分子量 formula_weight	7101.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	D

TTTTCTGAGACAAGGGAGCTTTT

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	POTASSIUM ION
分子量 formula_weight	39.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	126

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	98.680 Å
晶胞边长 b length_b	97.958 Å
晶胞边长 c length_c	112.038 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	96.41 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.700 Å
最低分辨率 resolution_low	43.133 Å
R 因子 r_factor	0.2344
R_work r_work	0.2316
R_free r_free	0.2841

fit	/app/data/saxs_computation/q1/4q10/4q10.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q1/4q10/4q10.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q1/4q10/4q10.dat

The catalytic core of Rad2 in complex with DNA substrate (complex IV)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA repair protein RAD2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)