4q66

Structure of Exomer bound to Arf1.

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chs5p

Saccharomyces cerevisiae R008

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein BCH1 × 2 （Q05029） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P11076） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Protein BCH1 × 2 （Q05029） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P11076） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	W7PD87_YEASX
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 6–368； UniProt 2–364 作者链 D； PDB构建体 6–368； UniProt 2–364 作者链 G； PDB构建体 6–368； UniProt 2–364 作者链 J； PDB构建体 6–368； UniProt 2–364

Protein BCH1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q05029

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chs5p × 2 （W7PD87） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P11076） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chs5p × 2 （W7PD87） ADP-ribosylation factor 1 × 2 （P11076） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	BCH1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724 作者链 E； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724 作者链 H； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724 作者链 K； PDB构建体 1–724； UniProt 1–724

ADP-ribosylation factor 1

Saccharomyces cerevisiae

UniProt P11076

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chs5p × 2 （W7PD87） Protein BCH1 × 2 （Q05029） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	Chs5p × 2 （W7PD87） Protein BCH1 × 2 （Q05029） PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER × 2 MAGNESIUM ION × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	ARF1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 12–175； UniProt 18–181 作者链 F； PDB构建体 12–175； UniProt 18–181 作者链 I； PDB构建体 12–175； UniProt 18–181 作者链 L； PDB构建体 12–175； UniProt 18–181

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q66
沉积日期 deposition_date	2014-04-21
结构标题 title	Structure of Exomer bound to Arf1.
关键词 keywords	Cargo adaptor, secretory vesicle, small GTP-ase Arf1-binding, trans-Golgi Network, PROTEIN TRANSPORT; PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4q66__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4q66__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4q66__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	49.84 Å
Rg（电子密度）	50.54 Å
总 Rg	50.61 Å
原子数	12262
残基数	1525
排除体积	221510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4q66__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4q66__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Chs5p
分子量 formula_weight	41010.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,J,G,D
原子数 atom_count	26303

MDPEFSSVDVLLTVGKLDASLALLTTQDHHVIEFPTVLLPENVKAGSIIKMQVSQNLEEEKKQRNHFKSIQAKILEKYGTHKPESPVLKIVNVTQTSCVLAWDPLKLGSAKLKSLILYRKGIRSMVIPNPFKVTTTKISGLSVDTPYEFQLKLITTSGTLWSEKVILRTHKMTDMSGITVCLGPLDPLKEISDLQISQCLSHIGARPLQRHVAIDTTHFVCNDLDNEESNEELIRAKHNNIPIVRPEWVRACEVEKRIVGVRGFYLDADQSILKSYTFPPVNEEELSYSKENEPVAEVADENKMPEDTTDVEQVASHNDNEGNPSEAKEQGEKSGHEAAPVSPAEDPLHASTALENETTIETVNPSVR

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae R008
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1182966
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein BCH1
分子量 formula_weight	83972.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	K,E,B,H

MLSQTSIPEVKEDVIGYALHQRRARVGQFQDLGPPDLITLIKSLPSSSSTTTATASANDNGATSNINGQDPTTIVTELHSHDKLKGQIGTFFYCMGIDTSDPTSITIFAKKITDLFLDTPQIWFGKKKHFHVSKISISSWNAFRKYDVNIIVHIPGTVQTYIINSDGEQSQLPSVAEASSGRNSQDLNVNMIWAETFMSGIVRDIMIMKDNRADGESQNLVETLIFNPFTSGELEDVANNFIKLFPLVYEKGVYLDAPTHVLNPSLTNNYLVETLVEIVRLTKSLEACRKMLKKLIEIHPEAVIILIRVYFACDLEIDAVDLINEQLNSPSSFLADDSKTSHIQLIFKSELLSIQSEFLLDVKRDYKLAKEVAMEAVNCAPNEFKTWYLLTRIYIKLNDMSNALLSLNACPMSQVKEKYVLRRIAPITSDENLHLPLPLDASIEEISSLNPMDVQLEQKSADPNLVNLSASSLKSTFQLAYKLLTEIVQITGWEQLLKYRSKIFVMEDEYQGSTSSIDEAEVRGNDISKMRSKRLCERWLDNLFMLLYEDLKTYTDWQSEQLYFDAQNSKYHKLTVEWELFGLCAKRLGHLPEAAKAFQIGLSQRFSPVCAKNLLQFYIDEHKRIRRDSVSANSELTSSQILSSINDIDSSIIDLVVKICCWNHRWYIEFSIILIDALSVAVQDMGITKVHNEIASRFSDPVAQLIDDNILNFLKNFTNDTFDNGTENLYFQGHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	ADP-ribosylation factor 1
分子量 formula_weight	19878.6 kDa
突变 mutation	Q71L
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	F,L,C,I

MTENLYFQGSGMRILMVGLDGAGKTTVLYKLKLGEVITTIPTIGFNVETVQYKNISFTVWDVGGLDRIRSLWRHYYRNTEGVIFVVDSNDRSRIGEAREVMQRMLNEDELRNAAWLVFANKQDLPEAMSAAEITEKLGLHSIRNRPWFIQATCATSGEGLYEGLEWLSNSLKNST

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER
分子量 formula_weight	522.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4q66A01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	120 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4q66A02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4q66C00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4q66D01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	120 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4q66D02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4q66F00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4q66G01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	120 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4q66G02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4q66I00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4q66J01
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	20 — Other non-globular
拓扑 Topology topology	120 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	50 —

结构域编号 domain_id	4q66J02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

结构域编号 domain_id	4q66L00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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晶胞边长 a length_a	114.659 Å
晶胞边长 b length_b	208.168 Å
晶胞边长 c length_c	155.078 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	105.48 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.354 Å
最低分辨率 resolution_low	43.169 Å
R 因子 r_factor	0.2796
R_work r_work	0.2788
R_free r_free	0.3104

Structure of Exomer bound to Arf1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chs5p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Protein BCH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4q66__assembly_2__model_1

4q66__assembly_2__model_1 | I(q)

4q66__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Exomer bound to Arf1.

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Chs5p

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Protein BCH1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

ADP-ribosylation factor 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4q66__assembly_2__model_1

4q66__assembly_2__model_1 | I(q)

4q66__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)