4q7j

Complex structure of viral RNA polymerase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Ts

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTS_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–282； UniProt 2–283 作者链 E； PDB构建体 1–282； UniProt 2–283

Elongation factor Tu 1

Escherichia coli

UniProt P0CE47

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EFTU1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–393； UniProt 2–394 作者链 F； PDB构建体 1–393； UniProt 2–394

Q beta replicase

Enterobacteria phage Qbeta

UniProt Q8LTE0

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） 30S ribosomal protein S1 × 1 （P0AG67） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q8LTE0_BPQBE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–588； UniProt 2–589 作者链 G； PDB构建体 1–588； UniProt 2–589

30S ribosomal protein S1

Escherichia coli

UniProt P0AG67

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 4	Elongation factor Ts × 1 （P0A6P1） Elongation factor Tu 1 × 1 （P0CE47） Q beta replicase × 1 （Q8LTE0） SULFATE ION × 2 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	RS1_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	4
链与序列区间	作者链 D； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273 作者链 H； PDB构建体 1–273； UniProt 1–273

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q7j
沉积日期 deposition_date	2014-04-25
结构标题 title	Complex structure of viral RNA polymerase
关键词 keywords	RNA polymerase, RNA binding motif, RNA dependent RNA polymerization, TRANSLATION-TRANSFERASE complex; TRANSLATION/TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4q7j__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4q7j__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4q7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	38.95 Å
Rg（电子密度）	38.46 Å
总 Rg	38.94 Å
原子数	10552
残基数	1364
排除体积	188060 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4q7j__assembly_1__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4q7j__assembly_2__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Elongation factor Ts
分子量 formula_weight	30332.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,E
原子数 atom_count	21369

AEITASLVKELRERTGAGMMDCKKALTEANGDIELAIENMRKSGAIKAAKKAGNVAADGVIKTKIDGNYGIILEVNCQTDFVAKDAGFQAFADKVLDAAVAGKITDVEVLKAQFEEERVALVAKIGENINIRRVAALEGDVLGSYQHGARIGVLVAAKGADEELVKHIAMHVAASKPEFIKPEDVSAEVVEKEYQVQLDIAMQSGKPKEIAEKMVEGRMKKFTGEVSLTGQPFVMEPSKTVGQLLKEHNAEVTGFIRFEVGEGIEKVETDFAAEVAAMSKQS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Elongation factor Tu 1
分子量 formula_weight	43209.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,F

SKEKFERTKPHVNVGTIGHVDHGKTTLTAAITTVLAKTYGGAARAFDQIDNAPEEKARGITINTSHVEYDTPTRHYAHVDCPGHADYVKNMITGAAQMDGAILVVAATDGPMPQTREHILLGRQVGVPYIIVFLNKCDMVDDEELLELVEMEVRELLSQYDFPGDDTPIVRGSALKALEGDAEWEAKILELAGFLDSYIPEPERAIDKPFLLPIEDVFSISGRGTVVTGRVERGIIKVGEEVEIVGIKETQKSTCTGVEMFRKLLDEGRAGENVGVLLRGIKREEIERGQVLAKPGTIKPHTKFESEVYILSKDEGGRHTPFFKGYRPQFYFRTTDVTGTIELPEGVEMVMPGDNIKMVVTLIHPIAMDDGLRFAIREGGRTVGAGVVAKVLG

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Q beta replicase
分子量 formula_weight	66305.0 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,G

SKTASSRNSLSAQLRRAANTRIEVEGNLALSIANDLLLAYGQSPFNSEAECISFSPRFDGTPDDFRINYLKAEIMSKYDDFSLGIDTEAVAWEKFLAAEAECALTNARLYRPDYSEDFNFSLGESCIHMARRKIAKLIGDVPSVEGMLRHCRFSGGATTTNNRSYGHPSFKFALPQACTPRALKYVLALRASTHFDIRISDISPFNKAVTVPKNSKTDRCIAIEPGWNMFFQLGIGGILRDRLRCWGIDLNDQTINQRRAHEGSVTNNLATVDLSAASDSISLALCELLLPPGWFEVLMDLRSPKGRLPDGSVVTYEKISSMGNGYTFELESLIFASLARSVCEILDLDSSEVTVYGDDIILPSCAVPALREVFKYVGFTTNTKKTFSEGPFRESCGKHYYSGVDVTPFYIRHRIVSPADLILVLNNLYRWATIDGVWDPRAHSVYLKYRKLLPKQLQRNTIPDGYGDGALVGSVLINPFAKNRGWIRYVPVITDHTRDRERAELGSYLYDLFSRCLSESNDGLPLRGPSGCDSADLFAIDQLICRSNPTKISRSTGKFDIQYIACSSRVLAPYGVFQGTKVASLHEAHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Enterobacteria phage Qbeta
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	39803
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	30S ribosomal protein S1
分子量 formula_weight	31340.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,H

MTESFAQLFEESLKEIETRPGSIVRGVVVAIDKDVVLVDAGLKSESAIPAEQFKNAQGELEIQVGDEVDVALDAVEDGFGETLLSREKAKRHEAWITLEKAYEDAETVTGVINGKVKGGFTVELNGIRAFLPGSLVDVRPVRDTLHLEGKELEFKVIKLDQKRNNVVVSRRAVIESENSAERDQLLENLQEGMEVKGIVKNLTDYGAFVDLGGVDGLLHITDMAWKRVKHPSEIVNVGDEITVKVLKFDRERTRVSLGLKQLGEDPWVAIAKRLEHHHHHH

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SULFATE ION
分子量 formula_weight	96.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	253

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

结构域编号 domain_id	d4q7ja1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.2 — TS-N domain

结构域编号 domain_id	d4q7ja2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.43 — EF-Ts domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.43.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain
家族 Family family	d.43.1.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d4q7ja3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.43 — EF-Ts domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.43.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain
家族 Family family	d.43.1.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d4q7jb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d4q7jb2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d4q7jb3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

结构域编号 domain_id	d4q7je1
类 Class class	a — All alpha proteins
折叠类型 Fold fold	a.5 — RuvA C-terminal domain-like
超家族 Superfamily superfamily	a.5.2 — UBA-like
家族 Family family	a.5.2.2 — TS-N domain

结构域编号 domain_id	d4q7je2
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.43 — EF-Ts domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.43.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain
家族 Family family	d.43.1.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d4q7je3
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.43 — EF-Ts domain-like
超家族 Superfamily superfamily	d.43.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain
家族 Family family	d.43.1.1 — Elongation factor Ts (EF-Ts), dimerisation domain

结构域编号 domain_id	d4q7jf1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.8 — G proteins

结构域编号 domain_id	d4q7jf2
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.43 — Reductase/isomerase/elongation factor common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.43.3 — Translation proteins
家族 Family family	b.43.3.1 — Elongation factors

结构域编号 domain_id	d4q7jf3
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.44 — Elongation factor/aminomethyltransferase common domain
超家族 Superfamily superfamily	b.44.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain
家族 Family family	b.44.1.1 — EF-Tu/eEF-1alpha/eIF2-gamma C-terminal domain

CATH v4.4 (14 domains)

结构域编号 domain_id	4q7jA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	4q7jA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	479 — Tetrahydropterin Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Elongation factor Ts, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	4q7jA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	479 — Tetrahydropterin Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Elongation factor Ts, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	4q7jA04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	286 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4q7jB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4q7jB02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4q7jB03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4q7jE01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	8 — Helicase, Ruva Protein; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Ubiquitin-associated (UBA) domain

结构域编号 domain_id	4q7jE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	479 — Tetrahydropterin Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Elongation factor Ts, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	4q7jE03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	479 — Tetrahydropterin Synthase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 — Elongation factor Ts, dimerisation domain

结构域编号 domain_id	4q7jE04
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	286 — GTP Cyclohydrolase I; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	20 —

结构域编号 domain_id	4q7jF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

结构域编号 domain_id	4q7jF02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

结构域编号 domain_id	4q7jF03
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	30 — Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Translation factors

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晶胞边长 a length_a	132.190 Å
晶胞边长 b length_b	150.830 Å
晶胞边长 c length_c	189.780 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.900 Å
最低分辨率 resolution_low	19.982 Å
R 因子 r_factor	0.2580
R_work r_work	0.2553
R_free r_free	0.3088

Complex structure of viral RNA polymerase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Elongation factor Ts

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Elongation factor Tu 1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Q beta replicase

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

30S ribosomal protein S1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4q7j__assembly_1__model_1

4q7j__assembly_1__model_1 | I(q)

4q7j__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 26 domains

SCOP 2.08 (12 domains)

CATH v4.4 (14 domains)

7. 引用文献 (1)