SAXSdb — 4q7m

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

Thermotoga maritima

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 353–598	片段：unp residues 353-598	无其他共同聚合物	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；100 mM Sodium acetate, 6 % PEG550 MME, 6 % PEG20000, 200 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.30 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4Q7M	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
3QF4 Crystal structure of a heterodimeric ABC transporter in its inward-facing conformation 提交 2011-01-21	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–598（598 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；29% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM Na-cacodylate, 100mM CaCl2, 2.5mM AMP-PNP, 3mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.90 Å R-free 0.263
4Q4A Improved model of AMP-PNP bound TM287/288 提交 2014-04-14	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–598（598 aa）	未记录	ANP PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION；pH 5.5；293.15 K；29% (w/v) polyethylene glycol 400, 50mM Na-cacodylate, 100mM CaCl2, 2.5mM AMP-PNP, 3mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.15K	分辨率 2.60 Å R-free 0.268
4Q4H TM287/288 in its apo state 提交 2014-04-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–598（598 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5.5；293.15 K；26 % (w/v) polyethylene glycol (PEG) 400, 50 mM Na-cacodylate, 50 mM CaCl2, 2.5 mM ADP and 3 mM MgCl2, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.53 Å R-free 0.290
4Q4J Structure of crosslinked TM287/288_S498C_S520C mutant 提交 2014-04-14	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 1–598（598 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 5；293.15 K；32 % PEG 400, 50 mM Na-Acetate pH 5 and 500 mM KCl, 2.5 mM AMP-PNP, 3 mM MgCl2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 3.20 Å R-free 0.287
4Q7L Structure of NBD288 of TM287/288 提交 2014-04-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 353–598（246 aa）片段：unp residues 353-598	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；100 mM Tris-HAOAc pH 7.5, 200 mM MgCl2, 8 % PEG550 MME, 8 % PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.236
4Q7L Structure of NBD288 of TM287/288 提交 2014-04-25	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 353–598（246 aa）片段：unp residues 353-598	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；100 mM Tris-HAOAc pH 7.5, 200 mM MgCl2, 8 % PEG550 MME, 8 % PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.236
4Q7L Structure of NBD288 of TM287/288 提交 2014-04-25	实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 353–598（246 aa）片段：unp residues 353-598	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293.15 K；100 mM Tris-HAOAc pH 7.5, 200 mM MgCl2, 8 % PEG550 MME, 8 % PEG20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K	分辨率 2.35 Å R-free 0.236
6QUZ Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 0.035M NaCl, 11.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.21 Å R-free 0.263
6QUZ Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 0.035M NaCl, 11.5% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.21 Å R-free 0.263
6QV0 Structure of ATP-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 0.025M NaCl, 12% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.12 Å R-free 0.264
6QV0 Structure of ATP-bound outward-facing TM287/288 in complex with sybody Sb_TM35 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	ATP ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 4.6；293 K；0.1M Sodium acetate, 0.025M NaCl, 12% (w/v) PEG 6000	分辨率 3.12 Å R-free 0.264
6QV1 Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with nanobody Nb_TM1 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.05M Glycine, 0.225M NaCl, 21% (w/v) PEG 550MME	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
6QV1 Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with nanobody Nb_TM1 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 9.5；293 K；0.05M Glycine, 0.225M NaCl, 21% (w/v) PEG 550MME	分辨率 3.48 Å R-free 0.303
6QV2 Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with nanobody Nb_TM#2 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 B 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS, 0.1M NaCl, 30% (v/v) PEG 400	分辨率 4.23 Å R-free 0.330
6QV2 Structure of ATPgS-bound outward-facing TM287/288 in complex with nanobody Nb_TM#2 提交 2019-03-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 D 1–598（598 aa）片段：ABC transporter	突变：D65A, E517A	AGS PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER × 2 MG MAGNESIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.5；293 K；0.1M TRIS, 0.1M NaCl, 30% (v/v) PEG 400	分辨率 4.23 Å R-free 0.330

共 9 个其他 PDB 条目、15 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Y288_THEMA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 3–248； UniProt 353–598

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4q7m
沉积日期 deposition_date	2014-04-25
结构标题 title	Structure of NBD288-Avi of TM287/288
关键词 keywords	ABC-type Nucleotide Binding Domain (NBD), METAL BINDING PROTEIN; METAL BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	23.23 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	22.95 Å
零角强度 I(0) i0	13594500.00
分子量 molecular_weight	28646.0 kDa
排除体积 excluded_volume	36345 Å³
包络体积 envelope_volume	47327 Å³
水化壳体积 shell_volume	18947 Å³
包络直径 envelope_diameter	102.4 Å
壳层 Rg shell_rg	26.54 Å
包络 Rg envelope_rg	25.88 Å
形状 Rg shape_rg	23.00 Å
总 Rg total_rg	23.30 Å
总原子数 total_atoms	2020
残基数 n_residues	255
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	58.6 Å
Rg (实空间) rg_real	20.78 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.10 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.2750e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.2300e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal	23.65 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	13590000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6890
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	1
主峰位置 r_peak_primary	23.4 Å
偏度 Skewness skewness	0.233
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.531
角度范围 angular_range	— – 0.3400 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	2.2000
最高正则化参数 α highest_alpha	2237000.0000
实空间数据点数 n_real_points	66
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.014; Oscil: 0.998; Stabil: 0.988; Sysdev: 0.000; Positv: 1.000; Valcen: 1.000; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_id	d4q7mb1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.37 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.37.1 — P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases
家族 Family family	c.37.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4q7mb2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4q7mb3
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4q7mB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	300 — P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	58.300 Å
晶胞边长 b length_b	58.300 Å
晶胞边长 c length_c	208.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 32 2 1
空间群编号 int_tables_number	154
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.300 Å
最低分辨率 resolution_low	50.489 Å
R 因子 r_factor	0.1834
R_work r_work	0.1806
R_free r_free	0.2360

描述 description	Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288
分子量 formula_weight	30691.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B
原子数 atom_count	2164

Structure of NBD288-Avi of TM287/288

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Uncharacterized ABC transporter ATP-binding protein TM_0288

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

CATH v4.4 (1 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)

来源生物 organism	Thermotoga maritima
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243274
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	128

fit	/app/data/saxs_computation/q7/4q7m/4q7m.fit
pddf	/app/data/pr_computation/q7/4q7m/4q7m.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/q7/4q7m/4q7m.dat