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4q8s

Crystal structure of mammalian Peptidoglycan recognition protein PGRP-S with paranitrophenyl palmitate and N-acetyl glucosamine at 2.09 A resolution

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Peptidoglycan recognition protein 1

物种未注明

UniProt Q9GK12

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 4-nitrophenyl hexadecanoate × 1 water × 2 与蛋白数一致
2 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 2 4-nitrophenyl hexadecanoate × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 GLYCEROL × 1 L(+)-TARTARIC ACID × 1 water × 2 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

单体
5dwf 5dwf 5dwf 5dwf 6a89 6a89 6a89 6a89

共 8 个 assembly

同源二聚体
3c2x 3c2x 3cxa 4orv 4orv 4oug 4oug 4q8s 4q8s 5e0b 5e0b 6a89

共 25 个 assembly，这里只显示前 12 个

同源四聚体
2r90 2z9n 3cg9 3cor 3nno 3nw3 3o4k 3qj1 3qs0 3rt4 3t2v 3t39

共 22 个 assembly，这里只显示前 12 个

其他同源多聚体

暂无

异源或核酸复合物
2r2k 3cxa 3cxa 3cxa 3ng4 3ogx 3qv4

共 7 个 assembly

查看构建体与数据证据
UniProt名称 PGRP1_CAMDR
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 B； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 C； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193 作者链 D； PDB构建体 1–171； UniProt 23–193

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4q8s
沉积日期 deposition_date2014-04-28
结构标题 titleCrystal structure of mammalian Peptidoglycan recognition protein PGRP-S with paranitrophenyl palmitate and N-acetyl glucosamine at 2.09 A resolution
关键词 keywordsIMMUNE RESPONSE, SECRETED, ANTIMICROBIAL, PGRP-S, ANTIBIOTIC, PEPTIDOGLYCAN BINDING, IMMUNE SYSTEM; IMMUNE SYSTEM
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4q8s__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4q8s__assembly_1__model_1 | I(q)

10-2 10-1 105 106 107 q (1/Angstrom) I(q)
100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4q8s__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

新版 assembly/model P(r) 尚未计算 此处仅保留位置，不展示旧数据 r (Angstrom) P(r)
P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。
Rg（Guinier）21.88 Å
Rg（电子密度）20.88 Å
总 Rg21.67 Å
原子数2701
残基数342
排除体积47345 ų
最大 q0.500 Å⁻¹
Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4q8s__assembly_1__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
2 1 4q8s__assembly_2__model_1 dimeric （2） 成功 4.1.3-1-20251215 (887e7ef) 查看 下载
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4q8sa_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4q8sb_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4q8sc_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
结构域编号 domain_idd4q8sd_
类 Class classd — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold foldd.118 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
超家族 Superfamily superfamilyd.118.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like
家族 Family familyd.118.1.1 — N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4q8sA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4q8sB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4q8sC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
结构域编号 domain_id4q8sD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology80 — Lysozyme-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Peptidoglycan recognition protein-like
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7. 引用文献 (1)