4qiy

Crystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 115.4 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Carbonic anhydrase 2

Homo sapiens

UniProt P00918

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 1–260 未记录 ZN ZINC ION × 1 WWX 2,3,6-trifluoro-5-{[(1R,2S)-2-hydroxy-1,2-diphenylethyl]amino}-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2M ammonium sulfate, 2M sodium malonate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.30 Å R-free 0.192
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 1–260 未记录 ZN ZINC ION × 1 WWX 2,3,6-trifluoro-5-{[(1R,2S)-2-hydroxy-1,2-diphenylethyl]amino}-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2M ammonium sulfate, 2M sodium malonate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.30 Å R-free 0.192
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 1–260 未记录 ZN ZINC ION × 1 WWX 2,3,6-trifluoro-5-{[(1R,2S)-2-hydroxy-1,2-diphenylethyl]amino}-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2M ammonium sulfate, 2M sodium malonate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.30 Å R-free 0.192
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 1–260 未记录 ZN ZINC ION × 1 WWX 2,3,6-trifluoro-5-{[(1R,2S)-2-hydroxy-1,2-diphenylethyl]amino}-4-[(2-hydroxyethyl)sulfonyl]benzenesulfonamide × 1 DMS DIMETHYL SULFOXIDE × 1 BCN BICINE × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP;pH 7;291 K;0.1M sodium BICINE, pH 9, 0.2M ammonium sulfate, 2M sodium malonate pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K 分辨率 1.30 Å R-free 0.192

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 1239 个其他 PDB 条目、1269 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 CAH2_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 B; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 C; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260 作者链 D; PDB构建体 1–260; UniProt 1–260

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qiy

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qiy
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qiy
沉积日期 deposition_date2014-06-03
结构标题 titleCrystal structure of human carbonic anhydrase isozyme II with inhibitor
关键词 keywordsdrug design, carbonic anhydrase, benzenesulfonamide, metal-binding, LYASE-LYASE INHIBITOR complex; LYASE/LYASE INHIBITOR
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier34.75
回转半径 Rg (电子) rg_electron34.44
零角强度 I(0) i0213223000.00
分子量 molecular_weight118780.0 kDa
排除体积 excluded_volume148840 ų
包络体积 envelope_volume184430 ų
水化壳体积 shell_volume45033 ų
包络直径 envelope_diameter123.3
壳层 Rg shell_rg40.45
包络 Rg envelope_rg34.17
形状 Rg shape_rg34.43
总 Rg total_rg34.91
总原子数 total_atoms8395
残基数 n_residues1031
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax115.4
Rg (实空间) rg_real34.76
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.94
I(0) (实空间) i0_real2.1320e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.5880e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal34.76
I(0) (倒空间) i0_reciprocal213200000.0000
解质量估计 total_estimate0.8762
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary47.7
偏度 Skewness skewness0.334
峰度 Kurtosis kurtosis-0.296
角度范围 angular_range— – 0.2300 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha138300000.0000
实空间数据点数 n_real_points47
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.863; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.994; Smooth: 0.804

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4qiya_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_idd4qiyb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_idd4qiyc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase
结构域编号 domain_idd4qiyd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.74 — Carbonic anhydrase
超家族 Superfamily superfamilyb.74.1 — Carbonic anhydrase
家族 Family familyb.74.1.1 — Carbonic anhydrase

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4qiyA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id4qiyB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id4qiyC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase
结构域编号 domain_id4qiyD00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology200 — Carbonic Anhydrase II
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Alpha carbonic anhydrase

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)