4qlw

Azurin mutant M121E with iron

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 75.8 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Azurin

Pseudomonas aeruginosa

UniProt P00282

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 突变:M121E SO4 SULFATE ION × 2 NO3 NITRATE ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;278 K;(NH4)2SO4 (3.25 M), LiNO3 (0.1 M), NaOAc (0.1 M), pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.00 Å R-free 0.262
2 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 21–148 突变:M121E NO3 NITRATE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;278 K;(NH4)2SO4 (3.25 M), LiNO3 (0.1 M), NaOAc (0.1 M), pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.00 Å R-free 0.262
3 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 C; UniProt 21–148 突变:M121E SO4 SULFATE ION × 1 NO3 NITRATE ION × 4 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;278 K;(NH4)2SO4 (3.25 M), LiNO3 (0.1 M), NaOAc (0.1 M), pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.00 Å R-free 0.262
4 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明:monomeric(1) 与蛋白拷贝数一致 链 D; UniProt 21–148 突变:M121E NO3 NITRATE ION × 2 FE FE (III) ION × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;278 K;(NH4)2SO4 (3.25 M), LiNO3 (0.1 M), NaOAc (0.1 M), pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.00 Å R-free 0.262
5 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 21–148 链 B; UniProt 21–148 链 C; UniProt 21–148 链 D; UniProt 21–148 突变:M121E SO4 SULFATE ION × 3 NO3 NITRATE ION × 10 FE FE (III) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP;pH 5.3;278 K;(NH4)2SO4 (3.25 M), LiNO3 (0.1 M), NaOAc (0.1 M), pH 5.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K 分辨率 2.00 Å R-free 0.262

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 110 个其他 PDB 条目、266 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 AZUR_PSEAE
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 B; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 C; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148 作者链 D; PDB构建体 1–128; UniProt 21–148

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4qlw

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4qlw
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4qlw
沉积日期 deposition_date2014-06-13
结构标题 titleAzurin mutant M121E with iron
关键词 keywordsazurin, M121E, iron, Electron transport; ELECTRON TRANSPORT
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier23.72
回转半径 Rg (电子) rg_electron22.66
零角强度 I(0) i059996900.00
分子量 molecular_weight56779.0 kDa
排除体积 excluded_volume69542 ų
包络体积 envelope_volume83841 ų
水化壳体积 shell_volume29791 ų
包络直径 envelope_diameter83.0
壳层 Rg shell_rg30.86
包络 Rg envelope_rg22.98
形状 Rg shape_rg22.63
总 Rg total_rg23.61
总原子数 total_atoms3957
残基数 n_residues512
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax75.8
Rg (实空间) rg_real23.56
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.48
I(0) (实空间) i0_real6.0000e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error8.5360e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal23.60
I(0) (倒空间) i0_reciprocal60000000.0000
解质量估计 total_estimate0.8053
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks3
主峰位置 r_peak_primary29.6
偏度 Skewness skewness0.158
峰度 Kurtosis kurtosis-0.352
角度范围 angular_range— – 0.3350 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha11720000.0000
实空间数据点数 n_real_points65
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.828; Stabil: 0.996; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.993; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 8 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4qlwa_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4qlwb_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4qlwc_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like
结构域编号 domain_idd4qlwd_
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.6 — Cupredoxin-like
超家族 Superfamily superfamilyb.6.1 — Cupredoxins
家族 Family familyb.6.1.1 — Plastocyanin/azurin-like

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4qlwA00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4qlwB00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4qlwC00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins
结构域编号 domain_id4qlwD00
类 Class class2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture60 — Sandwich
拓扑 Topology topology40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily420 — Cupredoxins - blue copper proteins

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)