SAXSdb — 4qqb

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein sex-lethal

Drosophila melanogaster

UniProt P19339

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 A； UniProt 122–294	片段：RRM1-RRM2, UNP residues 122-294	msl2 mRNA × 1 Upstream of N-ras, isoform A × 1 （Q9VSK3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 B； UniProt 122–294	片段：RRM1-RRM2, UNP residues 122-294	msl2 mRNA × 1 Upstream of N-ras, isoform A × 1 （Q9VSK3）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1B7F SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX 提交 1999-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 82–249（168 aa）片段：2 RNP-DOMAINS	突变：F166Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
1B7F SXL-LETHAL PROTEIN/RNA COMPLEX 提交 1999-01-23	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 B 82–249（168 aa）片段：2 RNP-DOMAINS	突变：F166Y	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7；pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP	分辨率 2.60 Å R-free 0.294
1SXL RESONANCE ASSIGNMENTS AND SOLUTION STRUCTURE OF THE SECOND RNA-BINDING DOMAIN OF SEX-LETHAL DETERMINED BY MULTIDIMENSIONAL HETERONUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY 提交 1994-07-01	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 199–294（96 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR mmCIF 未提供已读取条件	分辨率未提供
2SXL SEX-LETHAL RBD1, NMR, MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE 提交 1997-07-16	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 122–209（88 aa）片段：RNA-BINDING DOMAIN 1 (RBD1), RESIDUES 122 - 209	突变：F166Y	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 4；298 K	分辨率未提供
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264
3SXL SEX-LETHAL RNA RECOGNITION DOMAINS 1 AND 2 FROM DROSOPHILA MELANOGASTER 提交 1999-04-04	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 111–294（184 aa）片段：RNA BINDING DOMAINS 1 AND 2 (RESIDUES 112-294 OF FULL LENGTH)	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7.8；pH 7.80	分辨率 2.70 Å R-free 0.264

共 4 个其他 PDB 条目、7 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SXL_DROME
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 4–176； UniProt 122–294 作者链 B； PDB构建体 4–176； UniProt 122–294

Upstream of N-ras, isoform A

Drosophila melanogaster

UniProt Q9VSK3

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 X； UniProt 185–252	片段：CSD1, UNP residues 185-252	msl2 mRNA × 1 Protein sex-lethal × 1 （P19339）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236
2	蛋白–RNA 异源复合物蛋白 × 2 RNA 1 PDB 声明：trimeric（3）与全部聚合物数一致	链 Y； UniProt 185–252	片段：CSD1, UNP residues 185-252	msl2 mRNA × 1 Protein sex-lethal × 1 （P19339）	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 6；277 K；0.1 M LiSO4, PEG3350 1-5 %, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.80 Å R-free 0.236

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QQB	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
6Y4H Solution structure of cold-shock domain 7 and 8 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr) 提交 2020-02-21	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 756–922（167 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）150；压力 1 NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dCSD78, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] dCSD78, 150 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6Y6E drosophila Unr CSD456 提交 2020-02-26	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 424–677（254 aa）	未记录	EMC ETHYL MERCURY ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M tri-sodium citrate (pH 5.5), 20% PEG2000	分辨率 2.02 Å R-free 0.251
6Y6M solution structure of cold-shock domain 1 and 2 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr) 提交 2020-02-26	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 186–344（159 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.4；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.36 mM RNA, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 50 mM sodium chloride, 20 mM sodium phosphate, 10 mM DTT, 0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 0.36 mM RNA, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
6Y96 solution structure of cold-shock domain 9 of drosophila Upstream of N-Ras (Unr) 提交 2020-03-06	构建体不同聚集状态不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 899–990（92 aa）	未记录	未记录非水小分子	SOLUTION NMR NMR测量条件 pH 6.8；298 K；离子强度（mmCIF原始值）50；压力 1 NMR样品组成 0.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O \| 95% H2O/5% D2O NMR样品组成 0.24 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] protein, 50 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O \| 100% D2O	分辨率未提供
7ZHH Complex structure of drosophila Unr CSD789 and a poly(A) RNA sequence 提交 2022-04-06	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白–RNA 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：dimeric	链 A 756–990（235 aa）	未记录	SO4 SULFATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7；293 K；0.1 M Tris-Cl (pH 7.0) 0.2 M lithium sulfate 2 M ammonium sulfate	分辨率 1.60 Å R-free 0.210
7ZHR Complex structure of drosophila Unr CSD789 and pAbp RRM3 提交 2022-04-07	构建体不同聚集状态不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 756–990（235 aa）	未记录	未记录非水小分子	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；0.2 M sodium formate 0.1 M bis-tris propane 20 % (w/v) PEG 3350	分辨率 2.99 Å R-free 0.315

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q9VSK3_DROME
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 5–72； UniProt 185–252 作者链 Y； PDB构建体 5–72； UniProt 185–252

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qqb
沉积日期 deposition_date	2014-06-27
结构标题 title	Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex
关键词 keywords	;RNA binding domains, RNA recognition motif, RRM, cold shock domain, CSD, RNA binding, translation regulation, dosage compensation, TRANSCRIPTION-RNA complex, TRANLATION-RNA complex ;; TRANLATION/RNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	30.01 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	29.93 Å
零角强度 I(0) i0	86967100.00
分子量 molecular_weight	65459.0 kDa
排除体积 excluded_volume	78453 Å³
包络体积 envelope_volume	106060 Å³
水化壳体积 shell_volume	30637 Å³
包络直径 envelope_diameter	110.3 Å
壳层 Rg shell_rg	35.28 Å
包络 Rg envelope_rg	29.97 Å
形状 Rg shape_rg	29.94 Å
总 Rg total_rg	30.36 Å
总原子数 total_atoms	4556
残基数 n_residues	516
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.9 Å
Rg (实空间) rg_real	30.10 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.02 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.6970e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.4920e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	30.06 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	86960000.0000
解质量估计 total_estimate	0.8054
解质量评级 solution_quality	GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	38.1 Å
偏度 Skewness skewness	0.396
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.312
角度范围 angular_range	— – 0.2650 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	19730000.0000
实空间数据点数 n_real_points	54
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.848; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.923; Smooth: 0.000

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	msl2 mRNA
分子量 formula_weight	5712.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polyribonucleotide
链编号 strand_id	P,C
原子数 atom_count	4556

UUUUUUUGAGCACGUGAA

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Protein sex-lethal
分子量 formula_weight	19797.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B

GAMASNTNLIVNYLPQDMTDRELYALFRAIGPINTCRIMRDYKTGYSFGYAFVDFTSEMDSQRAIKVLNGITVRNKRLKVSYARPGGESIKDTNLYVTNLPRTITDDQLDTIFGKYGSIVQKNILRDKLTGRPRGVAFVRYNKREEAQEAISALNNVIPEGGSQPLSVRLAEEHGK

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Upstream of N-ras, isoform A
分子量 formula_weight	8205.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X,Y

GAMATRETGIIEKLLHSYGFIQCCERQARLFFHFSQFSGNIDHLKIGDPVEFEMTYDRRTGKPIASQVSKIA

来源 Source

来源生物 organism	Drosophila melanogaster
通用名 common_name	Fruit fly
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7227
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

结构域编号 domain_id	4qqbA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4qqbA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4qqbB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4qqbB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	330 — RRM (RNA recognition motif) domain

结构域编号 domain_id	4qqbX01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

结构域编号 domain_id	4qqbY01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	40 — Beta Barrel
拓扑 Topology topology	50 — OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	140 — Nucleic acid-binding proteins

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	94.360 Å
晶胞边长 b length_b	110.970 Å
晶胞边长 c length_c	139.150 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.800 Å
最低分辨率 resolution_low	19.930 Å
R 因子 r_factor	0.2001
R_work r_work	0.1982
R_free r_free	0.2356

fit	/app/data/saxs_computation/qq/4qqb/4qqb.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qq/4qqb/4qqb.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qq/4qqb/4qqb.dat

Structural basis for the assembly of the SXL-UNR translation regulatory complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Protein sex-lethal

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Upstream of N-ras, isoform A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

CATH v4.4 (6 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)