SAXSdb — 4qxc

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

Mus musculus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 36–364 链 B； UniProt 450–517	片段：UNP residues 36-364 片段：UNP residues 450-517	Histone H3.2 × 1 （P84228） OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 36–364 链 D； UniProt 450–517	片段：UNP residues 36-364 片段：UNP residues 450-517	Histone H3.2 × 1 （P84228） OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QXC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 B 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 D 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 B 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 D 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 B 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 D 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 B 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 D 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 A 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 B 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 C 36–364（329 aa）片段：UNP residues 36-364 链 D 450–517（68 aa）片段：UNP residues 450-517	未记录	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243

共 5 个其他 PDB 条目、10 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	F6YRW4_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 36–364 作者链 C； PDB构建体 1–329； UniProt 36–364 作者链 B； PDB构建体 1–68； UniProt 450–517 作者链 D； PDB构建体 1–68； UniProt 450–517

Histone H3.2

物种未注明

UniProt P84228

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 E； UniProt 30–44	片段：UNP residues 30-44 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Lysine-specific demethylase 2A × 1 （F6YRW4） Lysine-specific demethylase 2A × 1 （F6YRW4） OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3）与蛋白拷贝数一致	链 F； UniProt 30–44	片段：UNP residues 30-44 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	Lysine-specific demethylase 2A × 1 （F6YRW4） Lysine-specific demethylase 2A × 1 （F6YRW4） OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M CITRATE NA 18% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.75 Å R-free 0.204

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4QXC	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–10（9 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINILATED AT C-TERMINUS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V86 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2aK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–10（9 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINILATED AT C-TERMINUS	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 28% PEG 20,000, 0.1M MES PH 6.5, 3% ISOPROPANOL TEMPERATURE 293K	分辨率 2.05 Å R-free 0.211
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 2–14（13 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINYLATED AT C-TERMINUS, UNP RESIDUES 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
2V87 Crystal structure of RAG2-PHD finger in complex with H3R2me2sK4me3 peptide 提交 2007-08-02	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 2–14（13 aa）片段：H3 (1-21), BIOTINYLATED AT C-TERMINUS, UNP RESIDUES 2-14	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	ZN ZINC ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；VAPOR DIFFUSION. HANGING DROP. 22% PEG 3350, 120-240 MM OF POTASSIUM FORMATE. TEMPERATURE 293K	分辨率 1.80 Å R-free 0.208
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QWN Histone demethylase KDM2A-H3K36ME1-alpha-KG complex structure 提交 2014-07-16	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；293 K；20% PEG 3350, 0.2 M Sodium citrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.10 Å R-free 0.264
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX7 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me2 with alpha-kg 提交 2014-07-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M Na citrate, 18-22% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.34 Å R-free 0.258
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QX8 Crystal structure of histone demethylase kdm2a-h3k36me3 complex with alpha-kg 提交 2014-07-19	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	NI NICKEL (II) ION × 1 AKG 2-OXOGLUTARIC ACID × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.1 M Na Citrate, 18-20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.65 Å R-free 0.227
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXB crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME3 with NOG 提交 2014-07-19	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 1.60 Å R-free 0.207
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 E 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243
4QXH Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME1 with NOG 提交 2014-07-20	实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric	链 F 30–44（15 aa）片段：UNP residues 30-44	非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点）	OGA N-OXALYLGLYCINE × 1 NI NICKEL (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293 K；0.15 M CITRATE NA, 20% PEG 3350, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K	分辨率 2.20 Å R-free 0.243

共 7 个其他 PDB 条目、14 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	H32_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–15； UniProt 30–44 作者链 F； PDB构建体 1–15； UniProt 30–44

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4qxc
沉积日期 deposition_date	2014-07-19
结构标题 title	Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME2 with NOG
关键词 keywords	cupin subfamily Fe(II)/2-OG dioxygenase, JmjC domain, Histone demethylase, Oxidoreductase-Structural Protein complex; Oxidoreductase/Structural Protein
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	31.38 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	30.33 Å
零角强度 I(0) i0	140664000.00
分子量 molecular_weight	95643.0 kDa
排除体积 excluded_volume	119930 Å³
包络体积 envelope_volume	144920 Å³
水化壳体积 shell_volume	39418 Å³
包络直径 envelope_diameter	107.7 Å
壳层 Rg shell_rg	37.92 Å
包络 Rg envelope_rg	30.25 Å
形状 Rg shape_rg	30.26 Å
总 Rg total_rg	31.16 Å
总原子数 total_atoms	6727
残基数 n_residues	814
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	100.1 Å
Rg (实空间) rg_real	31.36 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.65 Å
I(0) (实空间) i0_real	1.4070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	2.0050e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	31.37 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	140700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9015
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	34.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.296
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.524
角度范围 angular_range	— – 0.2500 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	51350000.0000
实空间数据点数 n_real_points	51
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.931; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.998; Smooth: 0.925

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 2A
分子量 formula_weight	39031.3 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	7200

RTFDLEEKLQTNKYNANFVTFMEGKDFNVEYIQRGGLRDPLIFKNSDGLGIKMPDPDFTVNDVKMCVGSRRMVDVMDVNTQKGIEMTMAQWTRYYETPEEEREKLYNVISLEFSHTRLENMVQRPSTVDFIDWVDNMWPRHLKESQTESTNAILEMQYPKVQKYCLMSVRGCYTDFHVDFGGTSVWYHIHQGGKVFWLIPPTAHNLELYENWLLSGKQGDIFLGDRVSDCQRIELKQGYTFVIPSGWIHAVYTPTDTLVFGGNFLHSFNIPMQLKIYSIEDRTRVPNKFRYPFYYEMCWYVLERYVYCITNRSHLTKDFQKESLSMDME

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Lysine-specific demethylase 2A
分子量 formula_weight	7534.8 kDa
EC 编号 ec_number	1.14.11.27
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

QVHLTHFELEGLRCLVDKLESLPLHKKCVPTGIEDEDALIADVKILLEELASSDPKLALTGVPIVQWP

来源 Source

来源生物 organism	Mus musculus
通用名 common_name	mouse
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Histone H3.2
分子量 formula_weight	1667.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

APATGGVKKPHRYRP

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	N-OXALYLGLYCINE
分子量 formula_weight	147.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	446

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4qxcA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4qxcB00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

结构域编号 domain_id	4qxcC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	120 — Jelly Rolls
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	650 — Cupin

结构域编号 domain_id	4qxcD00
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	280 — Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	250 —

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	54.603 Å
晶胞边长 b length_b	86.707 Å
晶胞边长 c length_c	170.973 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.750 Å
最低分辨率 resolution_low	85.490 Å
R 因子 r_factor	0.1760
R_work r_work	0.1745
R_free r_free	0.2035

fit	/app/data/saxs_computation/qx/4qxc/4qxc.fit
pddf	/app/data/pr_computation/qx/4qxc/4qxc.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/qx/4qxc/4qxc.dat

Crystal structure of histone demethylase KDM2A-H3K36ME2 with NOG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lysine-specific demethylase 2A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Histone H3.2

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)