4r3h

The crystal structure of an apo RNA binding protein

Method: X-RAY DIFFRACTION
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

YTH domain-containing protein 1

Homo sapiens

UniProt Q96MU7

当前结构中的状态

Assembly 物理组成 蛋白状态 分子拷贝数 共同组分 数据核对
1 蛋白单体 单体 蛋白 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 5 water × 1 与蛋白数一致
2 蛋白单体 单体 蛋白 1 UNKNOWN ATOM OR ION × 6 SULFATE ION × 1 water × 1 与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 YTDC1_HUMAN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–166; UniProt 345–509 作者链 B; PDB构建体 2–166; UniProt 345–509

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4r3h
沉积日期 deposition_date2014-08-15
结构标题 titleThe crystal structure of an apo RNA binding protein
关键词 keywordsstructural genomics, Structural Genomics Consortium, SGC, RNA BINDING PROTEIN; RNA BINDING PROTEIN
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

Assembly Model 结构单元 聚集说明 状态 CRYSOL 操作
1 1 4r3h__assembly_1__model_1 monomeric (1) 排除 — —
排除原因: 来源记录无法明确判定原子或离子的元素,因此不能可靠计算。
2 1 4r3h__assembly_2__model_1 monomeric (1) 排除 — —
排除原因: 来源记录无法明确判定原子或离子的元素,因此不能可靠计算。
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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_idd4r3ha1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.122.1 — PUA domain-like
家族 Family familyb.122.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4r3ha2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags
结构域编号 domain_idd4r3hb1
类 Class classb — All beta proteins
折叠类型 Fold foldb.122 — PUA domain-like
超家族 Superfamily superfamilyb.122.1 — PUA domain-like
家族 Family familyb.122.1.0 — automated matches
结构域编号 domain_idd4r3hb2
类 Class classl — Artifacts
折叠类型 Fold foldl.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamilyl.1.1 — Tags
家族 Family familyl.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id4r3hA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology590 — ph1033 like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ph1033 like domains
结构域编号 domain_id4r3hB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture10 — Roll
拓扑 Topology topology590 — ph1033 like fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — ph1033 like domains
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7. 引用文献 (1)