4re6

Acylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylamino-acid-releasing enzyme

Aeropyrum pernix

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide × 1 CHLORIDE ION × 4 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide × 1 CHLORIDE ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 4	N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide × 2 CHLORIDE ION × 6 water × 4	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	APEH_AERPE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–582； UniProt 1–582 作者链 B； PDB构建体 1–582； UniProt 1–582 作者链 C； PDB构建体 1–582； UniProt 1–582 作者链 D； PDB构建体 1–582； UniProt 1–582

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4re6
沉积日期 deposition_date	2014-09-22
结构标题 title	Acylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor
关键词 keywords	beta-propeller, alpha-beta-hydrolase fold, chloromethyl-ketone inhibitor, HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex; HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4re6__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4re6__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4re6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	35.75 Å
Rg（电子密度）	35.24 Å
总 Rg	35.60 Å
原子数	8655
残基数	1151
排除体积	153510 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4re6__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4re6__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4re6__assembly_3__model_1`	tetrameric （4）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Acylamino-acid-releasing enzyme
分子量 formula_weight	63108.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.4.19.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	18074

MRIIMPVEFSRIVRDVERLIAVEKYSLQGVVDGDKLLVVGFSEGSVNAYLYDGGETVKLNREPINSVLDPHYGVGRVILVRDVSKGAEQHALFKVNTSRPGEEQRLEAVKPMRILSGVDTGEAVVFTGATEDRVALYALDGGGLRELARLPGFGFVSDIRGDLIAGLGFFGGGRVSLFTSNLSSGGLRVFDSGEGSFSSASISPGMKVTAGLETAREARLVTVDPRDGSVEDLELPSKDFSSYRPTAITWLGYLPDGRLAVVARREGRSAVFIDGERVEAPQGNHGRVVLWRGKLVTSHTSLSTPPRIVSLPSGEPLLEGGLPEDLRRSIAGSRLVWVESFDGSRVPTYVLESGRAPTPGPTVVLVHGGPFAEDSDSWDTFAASLAAAGFHVVMPNYRGSTGYGEEWRLKIIGDPCGGELEDVSAAARWARESGLASELYIMGYSYGGYMTLCALTMKPGLFKAGVAGASVVDWEEMYELSDAAFRNFIEQLTGGSREIMRSRSPINHVDRIKEPLALIHPQNDSRTPLKPLLRLMGELLARGKTFEAHIIPDAGHAINTMEDAVKILLPAVFFLATQRERR

来源 Source

来源生物 organism	Aeropyrum pernix
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	272557
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	N-[(benzyloxy)carbonyl]glycyl-N-[(2S,3R)-4-chloro-3-hydroxy-1-phenylbutan-2-yl]glycinamide
分子量 formula_weight	447.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	CHLORIDE ION
分子量 formula_weight	35.5 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	674

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4re6a1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain
家族 Family family	b.69.7.2 — Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6a2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.33 — Acylamino-acid-releasing enzyme, C-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6b1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain
家族 Family family	b.69.7.2 — Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6b2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.33 — Acylamino-acid-releasing enzyme, C-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6c1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain
家族 Family family	b.69.7.2 — Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6c2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.33 — Acylamino-acid-releasing enzyme, C-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6d1
类 Class class	b — All beta proteins
折叠类型 Fold fold	b.69 — 7-bladed beta-propeller
超家族 Superfamily superfamily	b.69.7 — Peptidase/esterase 'gauge' domain
家族 Family family	b.69.7.2 — Acylamino-acid-releasing enzyme, N-terminal donain

结构域编号 domain_id	d4re6d2
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.69 — alpha/beta-Hydrolases
超家族 Superfamily superfamily	c.69.1 — alpha/beta-Hydrolases
家族 Family family	c.69.1.33 — Acylamino-acid-releasing enzyme, C-terminal donain

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4re6A01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Peptidase/esterase 'gauge' domain

结构域编号 domain_id	4re6A02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4re6B01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Peptidase/esterase 'gauge' domain

结构域编号 domain_id	4re6B02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4re6C01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Peptidase/esterase 'gauge' domain

结构域编号 domain_id	4re6C02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

结构域编号 domain_id	4re6D01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	150 — Peptidase/esterase 'gauge' domain

结构域编号 domain_id	4re6D02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1820 — Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain

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晶胞边长 a length_a	71.580 Å
晶胞边长 b length_b	97.300 Å
晶胞边长 c length_c	99.160 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	105.15 °
晶胞夹角 β angle_beta	103.96 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	100.26 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.550 Å
最低分辨率 resolution_low	19.850 Å
R 因子 r_factor	0.2140
R_work r_work	0.2115
R_free r_free	0.2596

Acylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylamino-acid-releasing enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4re6__assembly_1__model_1

4re6__assembly_1__model_1 | I(q)

4re6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Acylaminoacyl peptidase complexed with a chloromethylketone inhibitor

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Acylamino-acid-releasing enzyme

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4re6__assembly_1__model_1

4re6__assembly_1__model_1 | I(q)

4re6__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)