4ret

Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bound magnesium

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1A1_PIG
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021 作者链 C； PDB构建体 1–1021； UniProt 1–1021

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

物种未注明

UniProt P05027

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a × 1 （Q58K79） MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	AT1B1_PIG
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303 作者链 D； PDB构建体 1–303； UniProt 1–303

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

物种未注明

UniProt Q58K79

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	其他组合	异源复合物	蛋白 3 其他聚合物 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose × 2 MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine × 3 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1 × 1 （P05024） Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1 × 1 （P05027） MAGNESIUM ION × 3 CHOLESTEROL × 2 DIGOXIN × 1 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 3 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q58K79_PIG
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 G； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ret
沉积日期 deposition_date	2014-09-23
结构标题 title	Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bound magnesium
关键词 keywords	;alpha-helical transmembrane protein, ATPase, sodium ion transport, potassium ion transport, ATP binding, sodium binding, potassium binding, receptor for cardiotonic steroids, phosphorylation, glycosylation, plasma membrane, multisubunit complex, trimeric complex, MEMBRANE PROTEIN, HYDROLASE-INHIBITOR complex ;; MEMBRANE PROTEIN, HYDROLASE/INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ret__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ret__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ret__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	47.08 Å
Rg（电子密度）	47.42 Å
总 Rg	47.19 Å
原子数	10498
残基数	1315
排除体积	188970 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ret__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ret__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1
分子量 formula_weight	112877.6 kDa
EC 编号 ec_number	3.6.3.9
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	21123

MGKGVGRDKYEPAAVSEHGDKKKAKKERDMDELKKEVSMDDHKLSLDELHRKYGTDLSRGLTPARAAEILARDGPNALTPPPTTPEWVKFCRQLFGGFSMLLWIGAILCFLAYGIQAATEEEPQNDNLYLGVVLSAVVIITGCFSYYQEAKSSKIMESFKNMVPQQALVIRNGEKMSINAEEVVVGDLVEVKGGDRIPADLRIISANGCKVDNSSLTGESEPQTRSPDFTNENPLETRNIAFFSTNCVEGTARGIVVYTGDRTVMGRIATLASGLEGGQTPIAAEIEHFIHIITGVAVFLGVSFFILSLILEYTWLEAVIFLIGIIVANVPEGLLATVTVCLTLTAKRMARKNCLVKNLEAVETLGSTSTICSDKTGTLTQNRMTVAHMWSDNQIHEADTTENQSGVSFDKTSATWLALSRIAGLCNRAVFQANQENLPILKRAVAGDASESALLKCIELCCGSVKEMRERYTKIVEIPFNSTNKYQLSIHKNPNTAEPRHLLVMKGAPERILDRCSSILIHGKEQPLDEELKDAFQNAYLELGGLGERVLGFCHLFLPDEQFPEGFQFDTDDVNFPLDNLCFVGLISMIDPPRAAVPDAVGKCRSAGIKVIMVTGDHPITAKAIAKGVGIISEGNETVEDIAARLNIPVSQVNPRDAKACVVHGSDLKDMTSEQLDDILKYHTEIVFARTSPQQKLIIVEGCQRQGAIVAVTGDGVNDSPASKKADIGVAMGIAGSDVSKQAADMILLDDNFASIVTGVEEGRLIFDNLKKSIAYTLTSNIPEITPFLIFIIANIPLPLGTVTILCIDLGTDMVPAISLAYEQAESDIMKRQPRNPKTDKLVNEQLISMAYGQIGMIQALGGFFTYFVILAENGFLPIHLLGLRVNWDDRWINDVEDSYGQQWTYEQRKIVEFTCHTPFFVTIVVVQWADLVICKTRRNSVFQQGMKNKILIFGLFEETALAAFLSYCPGMGVALRMYPLKPTWWFCAFPYSLLIFVYDEVRKLIIRRRPGGWVEKETYY

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1
分子量 formula_weight	35204.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

MARGKAKEEGSWKKFIWNSEKKEFLGRTGGSWFKILLFYVIFYGCLAGIFIGTIQVMLLTISEFKPTYQDRVAPPGLTQIPQSQKTEISFRPNDPQSYESYVVSIVRFLEKYKDLAQKDDMIFEDCGNVPSELKERGEYNNERGERKVCRFRLEWLGNCSGLNDETYGYKDGKPCVIIKLNRVLGFKPKPPKNESLETYPVMKYNPYVLPVHCTGKRDEDKEKVGTMEYFGLGGYPGFPLQYYPYYGKLLQPKYLQPLMAVQFTNLTMDTEIRIECKAYGENIGYSEKDRFQGRFDVKIEVKS

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a
分子量 formula_weight	7094.1 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	G,E

MAGLSTDDGGSPKGDVDPFYYDYETVRNGGLIFAALAFIVGLIIILSKRLRCGGKKHRPINEDEL

实体 4 Entity 4 branched

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	424.4 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 branched

描述 description	beta-D-fructofuranose-(2-1)-alpha-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	342.3 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CHOLESTEROL
分子量 formula_weight	386.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	DIGOXIN
分子量 formula_weight	780.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	O-[(S)-({(2R)-2,3-bis[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl}oxy)(hydroxy)phosphoryl]-L-serine
分子量 formula_weight	788.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
分子量 formula_weight	221.2 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

结构域编号 domain_id	4retA01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	4retA02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4retA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4retA04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	4retB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

结构域编号 domain_id	4retC01
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	70 — Distorted Sandwich
拓扑 Topology topology	150 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic transduction domain A

结构域编号 domain_id	4retC02
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, transmembrane domain

结构域编号 domain_id	4retC03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1000 — HAD superfamily/HAD-like

结构域编号 domain_id	4retC04
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1110 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Calcium-transporting ATPase, cytoplasmic domain N

结构域编号 domain_id	4retD01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	20 — Up-down Bundle
拓扑 Topology topology	5 — Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	170 —

结构域编号 domain_id	4retD02
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1660 — Na, k-atpase alpha subunit.

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晶胞边长 a length_a	118.240 Å
晶胞边长 b length_b	118.350 Å
晶胞边长 c length_c	494.090 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	4.000 Å
最低分辨率 resolution_low	49.409 Å
R 因子 r_factor	0.2229
R_work r_work	0.2213
R_free r_free	0.2531

Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bound magnesium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ret__assembly_2__model_1

4ret__assembly_2__model_1 | I(q)

4ret__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the Na,K-ATPase E2P-digoxin complex with bound magnesium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit alpha-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Sodium/potassium-transporting ATPase subunit beta-1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Na+/K+ ATPase gamma subunit transcript variant a

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ret__assembly_2__model_1

4ret__assembly_2__model_1 | I(q)

4ret__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 branched

实体 5 Entity 5 branched

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 11 domains

CATH v4.4 (11 domains)

7. 引用文献 (1)