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4rla

ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 96.6 Å Quality: EXCELLENT
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ARGINASE

Rattus norvegicus

UniProt P07824

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白同源多聚体 同源多聚体 蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric（3） 与蛋白拷贝数一致 链 A； UniProt 1–323 链 B； UniProt 1–323 链 C； UniProt 1–323 突变：H101N MN MANGANESE (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 8.5；12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2 SOAKED FOR 1 WEEK IN 15MM EDTA + DPA 分辨率 2.94 Å R-free 0.246

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4RLA Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
1D3V CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID, AN L-ARGININE ANALOG 提交 1999-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 ABH 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.1；pH 8.10
分辨率 1.70 Å R-free 0.179
1D3V CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID, AN L-ARGININE ANALOG 提交 1999-10-01 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 ABH 2(S)-AMINO-6-BORONOHEXANOIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.1；pH 8.10
分辨率 1.70 Å R-free 0.179
1HQ5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH S-(2-BORONOETHYL)-L-CYSTEINE, AN L-ARGININE ANALOGUE 提交 2000-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 S2C S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 1500, BICINE, manganese chloride, 2-(boronoethyl)-L-cysteine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.194
1HQ5 CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH S-(2-BORONOETHYL)-L-CYSTEINE, AN L-ARGININE ANALOGUE 提交 2000-12-14 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 S2C S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 1500, BICINE, manganese chloride, 2-(boronoethyl)-L-cysteine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.30 Å R-free 0.194
1HQF CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH N-HYDROXY-L-ARGININE 提交 2000-12-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 HAR N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, BICINE, manganese chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.289
1HQG CRYSTAL STRUCTURE OF THE H141C ARGINASE VARIANT COMPLEXED WITH PRODUCTS ORNITHINE AND UREA 提交 2000-12-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：H141C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：H141C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：H141C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 6 ORN L-ornithine × 3 URE UREA × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, BICINE, manganese chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.00 Å R-free 0.232
1HQH CRYSTAL STRUCTURE OF THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME ARGINASE COMPLEXED WITH NOR-N-HYDROXY-L-ARGININE 提交 2000-12-16 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 NNH NOR-N-OMEGA-HYDROXY-L-ARGININE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, BICINE, manganese chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.259
1HQX R308K ARGINASE VARIANT 提交 2000-12-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：R308K 突变：R308K 突变：R308K MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, BICINE, manganese chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.00 Å R-free 0.296
1P8M Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–314（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 1–314（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 1–314（314 aa） 片段：Arginase I
突变：D128E 突变：D128E 突变：D128E MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.84 Å R-free 0.298
1P8N Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
突变：D232A 突变：D232A 突变：D232A MN MANGANESE (II) ION × 3 GOL GLYCEROL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.90 Å R-free 0.305
1P8O Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
突变：D128N 突变：D128N 突变：D128N MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.96 Å R-free 0.297
1P8P Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
突变：H101N 突变：H101N 突变：H101N MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 9；298 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.263
1P8Q Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
突变：D234E 突变：D234E 突变：D234E MN MANGANESE (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.95 Å R-free 0.287
1P8R Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–313（308 aa） 片段：Arginase I
突变：H101E CL CHLORIDE ION × 6 MN MANGANESE (II) ION × 6 S2C S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；HEPES-NaOH, isopropanol, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.201
1P8R Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 B 6–313（308 aa） 片段：Arginase I
突变：H101E CL CHLORIDE ION × 6 MN MANGANESE (II) ION × 6 S2C S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；277 K；HEPES-NaOH, isopropanol, PEG 4000, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.50 Å R-free 0.201
1P8S Structural and Functional Importance of First-Shell Metal Ligands in the Binuclear Manganese Cluster of Arginase I. 提交 2003-05-07 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 B 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
链 C 6–319（314 aa） 片段：Arginase I
突变：D232C 突变：D232C 突变：D232C MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, Bicine, Manganese Chloride, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.20 Å R-free 0.315
1R1O Amino Acid Sulfonamides as Transition-State Analogue Inhibitors of Arginase 提交 2003-09-24 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 SDC S-[2-(AMINOSULFONYL)ETHYL]-D-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；PEG 8000, bicine, manganese chloride, SDC, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.290
1RLA THREE-DIMENSIONAL STRUCTURE OF RAT LIVER ARGINASE, THE BINUCLEAR MANGANESE METALLOENZYME OF THE UREA CYCLE 提交 1996-08-15 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件 分辨率 2.10 Å R-free 0.229
1T4P Arginase-dehydro-ABH complex 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 2BH [(1E,5S)-5-AMINO-5-CARBOXYPENT-1-ENYL](TRIHYDROXY)BORATE(1-) × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；278 K；bicine, PEG8000, MnCl2, dehydro-ABH, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K
分辨率 2.60 Å R-free 0.292
1T4R arginase-descarboxy-nor-NOHA complex 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 AHI 3-{[(E)-AMINO(HYDROXYIMINO)METHYL]AMINO}PROPAN-1-AMINIUM × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, MnCl2, descarboxy-nor-NOHA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.60 Å R-free 0.291
1T4S arginase-L-valine complex 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 VAL VALINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, L-valine, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.292
1T4T arginase-dinor-NOHA complex 提交 2004-04-30 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 DIR 3-{[(E)-AMINO(HYDROXYIMINO)METHYL]AMINO}ALANINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, dinor-NOHA, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.281
1T5F arginase I-AOH complex 提交 2004-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 6 DHH (S)-2-AMINO-7,7-DIHYDROXYHEPTANOIC ACID × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, AOH, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.20 Å R-free 0.241
1T5G Arginase-F2-L-Arginine complex 提交 2004-05-04 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
未记录 F FLUORIDE ION × 6 MN MANGANESE (II) ION × 6 ARG ARGININE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, L-arginine, NaF, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.40 Å R-free 0.254
1TA1 H141C mutant of rat liver arginase I 提交 2004-05-19 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：H141C 突变：H141C 突变：H141C MN MANGANESE (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；bicine, PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.50 Å R-free 0.248
1TBH H141D mutant of rat liver arginase I 提交 2004-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：H141D 突变：H141D 突变：H141D MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；298 K；bicine, PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 2.70 Å R-free 0.296
1TBJ H141A mutant of rat liver arginase I 提交 2004-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：H141A 突变：H141A 突变：H141A MN MANGANESE (II) ION × 6 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 2.80 Å R-free 0.299
1TBL H141N mutant of rat liver arginase I 提交 2004-05-20 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：H141N 突变：H141N 突变：H141N MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.5；277 K；bicine, PEG8000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 3.10 Å R-free 0.306
1ZPE Arginase I covalently modified with butylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1ZPE Arginase I covalently modified with butylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1ZPE Arginase I covalently modified with butylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1ZPE Arginase I covalently modified with butylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19(BBC) 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.70 Å R-free 0.233
1ZPG Arginase I covalently modified with propylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1ZPG Arginase I covalently modified with propylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1ZPG Arginase I covalently modified with propylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 3 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 C 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
1ZPG Arginase I covalently modified with propylamine at Q19C 提交 2005-05-16 构建体不同 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 4 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 6–319（314 aa）
链 B 6–319（314 aa）
链 C 6–319（314 aa）
突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） 突变：C119A, C168A, C303A, H141A, Q19C 非标准单体：是（mmCIF未提供具体位点） MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.4；277 K；Bicine, PEG 8000, MnCl2, pH 8.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
分辨率 1.90 Å R-free 0.220
2RLA ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION 提交 1997-05-07 突变/修饰不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
未记录 MN MANGANESE (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2 SOAKED FOR 1 WEEK WITH 20 MM EDTA + DPA
分辨率 3.00 Å R-free 0.299
3E8Q X-ray structure of rat arginase I-T135A: the unliganded complex 提交 2008-08-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：T135A 突变：T135A 突变：T135A MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；drops containing 3 microL of protein solution [5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM BEC, 2 mM MnCl2] and 3 microL of precipitant solution [0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 3350, 0.2 M NaCl] were equilibrated over a 1 mL reservoir of precipitant solution, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.90 Å R-free 0.296
3E8Z X-ray structure of rat arginase I-N130A mutant: the unliganded complex 提交 2008-08-20 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：N130A 突变：N130A 突变：N130A MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；drops containing 3 microL of protein solution [5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM BEC, 2 mM MnCl2] and 3 microL of precipitant solution [0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 3350, 0.2 M NaCl] were equilibrated over a 1 mL reservoir of precipitant solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.00 Å R-free 0.280
3E9B X-ray structure of rat arginase I-T135A mutant: the complex with BEC 提交 2008-08-21 突变/修饰不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：T135A 突变：T135A 突变：T135A MN MANGANESE (II) ION × 6 S2C S-2-(BORONOETHYL)-L-CYSTEINE × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；drops containing 3 microL of protein solution [5 mg/mL protein, 50 mM bicine (pH 8.5), 2 mM BEC, 2 mM MnCl2] and 3 microL of precipitant solution [0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 8000] were equilibrated over a 1 mL reservoir of precipitant solution. , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
分辨率 2.15 Å R-free 0.274
3RLA ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION 提交 1997-05-07 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：H101N 突变：H101N 突变：H101N MN MANGANESE (II) ION × 6 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2
分辨率 2.54 Å R-free 0.282
5RLA ALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION 提交 1997-05-07 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 3 PDB 声明：trimeric
链 A 1–323（323 aa）
链 B 1–323（323 aa）
链 C 1–323（323 aa）
突变：H101N 突变：H101N 突变：H101N MN MANGANESE (II) ION × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 pH 8.5；12 - 18% PEG 8000, 50 MM BICINE PH = 8.5, 0.05% AZIDE, 1 MM MNCL2 SOAKED FOR 1 WEEK IN 15MM EDTA + DPA
分辨率 2.74 Å R-free 0.270

共 33 个其他 PDB 条目、42 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 ARGI1_RAT
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 B； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323 作者链 C； PDB构建体 1–323； UniProt 1–323

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4rla

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4rla
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4rla
沉积日期 deposition_date1997-05-07
结构标题 titleALTERING THE BINUCLEAR MANGANESE CLUSTER OF ARGINASE DIMINISHES THERMOSTABILITY AND CATALYTIC FUNCTION
关键词 keywordsHYDROLASE, UREA CYCLE, ARGININE METABOLISM; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier31.14 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron30.31 Å
零角强度 I(0) i0155404000.00
分子量 molecular_weight101790.0 kDa
排除体积 excluded_volume128560 ų
包络体积 envelope_volume154270 ų
水化壳体积 shell_volume41671 ų
包络直径 envelope_diameter95.4 Å
壳层 Rg shell_rg38.13 Å
包络 Rg envelope_rg30.23 Å
形状 Rg shape_rg30.33 Å
总 Rg total_rg30.91 Å
总原子数 total_atoms7167
残基数 n_residues942
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax96.6 Å
Rg (实空间) rg_real31.02 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.54 Å
I(0) (实空间) i0_real1.5540e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error2.0270e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal31.07 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal155400000.0000
解质量估计 total_estimate0.9091
解质量评级 solution_quality EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary34.1 Å
偏度 Skewness skewness0.168
峰度 Kurtosis kurtosis-0.661
角度范围 angular_range— – 0.2550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha74860000.0000
实空间数据点数 n_real_points52
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.950; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.999; Smooth: 0.964
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (3)

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (3 domains)

结构域编号 domain_idd4rlaa_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamilyc.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family familyc.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases
结构域编号 domain_idd4rlab_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamilyc.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family familyc.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases
结构域编号 domain_idd4rlac_
类 Class classc — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold foldc.42 — Arginase/deacetylase
超家族 Superfamily superfamilyc.42.1 — Arginase/deacetylase
家族 Family familyc.42.1.1 — Arginase-like amidino hydrolases

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id4rlaA00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ureohydrolase domain
结构域编号 domain_id4rlaB00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ureohydrolase domain
结构域编号 domain_id4rlaC00
类 Class class3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology800 — Arginase; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily10 — Ureohydrolase domain
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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)