4rnu

G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme

Method: X-RAY DIFFRACTION D_max: 133.1 Å Quality: REASONABLE

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NADPH dehydrogenase 1

Saccharomyces pastorianus

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 303–397 链 A； UniProt 2–302	片段：UNP residues 303-397, 2-302	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
2	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 303–397 链 B； UniProt 2–302	片段：UNP residues 303-397, 2-302	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
3	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 303–397 链 C； UniProt 2–302	片段：UNP residues 303-397, 2-302	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283
4	蛋白单体单体蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 303–397 链 D； UniProt 2–302	片段：UNP residues 303-397, 2-302	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 PO4 PHOSPHATE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.68 Å R-free 0.283

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4RNU	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
1BWK OLD YELLOW ENZYME (OYE1) MUTANT H191N 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：H191N	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.30 Å R-free 0.254
1BWL OLD YELLOW ENZYME (OYE1) DOUBLE MUTANT H191N:N194H 提交 1998-09-24	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：H191N:N194H	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 8.3；pH 8.3	分辨率 2.70 Å R-free 0.273
1K02 Crystal Structure of Old Yellow Enzyme Mutant Gln114Asn 提交 2001-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：Q114N	MG MAGNESIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；PEG-400, HEPES, Magnesium Chloride, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å
1K03 Crystal Structure of Old Yellow Enzyme Mutant Gln114Asn Complexed with Para-hydroxy Benzaldehyde 提交 2001-09-18	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–399（399 aa）	突变：Q114N	MG MAGNESIUM ION × 1 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；PEG-400, HEPES, Magnesium chloride, para-hydroxy benzaldehyde, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 2.70 Å
1OYA OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.241
1OYB OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.236
1OYC OLD YELLOW ENZYME AT 2 ANGSTROMS RESOLUTION: OVERALL STRUCTURE, LIGAND BINDING AND COMPARISON WITH RELATED FLAVOPROTEINS 提交 1994-08-25	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–399（399 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION mmCIF 未提供已读取条件	分辨率 2.00 Å R-free 0.259
3RND W116I-OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone 提交 2011-04-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–400（399 aa）	突变：W116I	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 3RN 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 2 MG MAGNESIUM ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 35% PEG 400, 0.2M Mg2Cl2, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.40 Å R-free 0.168
3TX9 OYE1 complexed with 2-(Hydroxymethyl)-cyclopent-2-enone 提交 2011-09-22	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 3RN 2-(hydroxymethyl)cyclopent-2-en-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 35-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K	分辨率 2.00 Å R-free 0.216
3TXZ OYE1-W116Q complexed with R-carvone 提交 2011-09-23	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116Q	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 1 MG MAGNESIUM ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.70 Å R-free 0.186
4GBU OYE1-W116A in complex with aromatic product of S-carvone dismutation 提交 2012-07-28	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116A	MG MAGNESIUM ION × 4 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 10 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 10 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；35% Peg400, 0.2M MgCl2, 0.1M Na Hepes, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.18 Å R-free 0.121
4GE8 OYE1-W116I complexed with (s)-Carvone 提交 2012-08-01	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116I	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 6 NA SODIUM ION × 8 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 8 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 0WU (5S)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 35%peg400, 0.1M NaHepes, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.50 Å R-free 0.170
4GWE W116L-OYE1 complexed with (R)-carvone 提交 2012-09-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116L	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2 NA SODIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 1 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 0.2M MgCl2, 35%peg400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.45 Å R-free 0.145
4GXM OYE1-W116L in complex with aromatic product of R-carvone dismutation 提交 2012-09-04	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：w116L	MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 5 NA SODIUM ION × 4 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M Hepes, 35%PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.36 Å R-free 0.137
4H4I OYE1-W116V complexed with the dismutation product of (S)-carvone 提交 2012-09-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	MG MAGNESIUM ION × 6 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 NA SODIUM ION × 10 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 10 FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 35%PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.25 Å R-free 0.146
4H6K W116I mutant of OYE1 提交 2012-09-19	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 2–400（399 aa）	突变：W116I	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.1M hepes, 0.2M MgCl2, peg400 35%, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.204
4K7V OYE1-W116A complexed with (R)-carvone 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 2 CL CHLORIDE ION × 2 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2 NA SODIUM ION × 4 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.52 Å R-free 0.183
4K7Y Oye1-w116t 提交 2013-04-17	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116T	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 6 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 6 CL CHLORIDE ION × 4 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.20 Å R-free 0.135
4K8E OYE1-W116V complexed with the aromatic product of (R)-carvone dismutation 提交 2013-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 MG MAGNESIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 4 0WV 2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)phenol × 2 PEG DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 2 NA SODIUM ION × 8 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 8	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3 , VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.27 Å R-free 0.127
4K8H OYE1-W116V complexed with (R)-carvone 提交 2013-04-18	构建体不同突变/修饰不同聚集状态不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白同源多聚体同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 1–400（400 aa）	突变：W116V	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 2 CL CHLORIDE ION × 4 07V (5R)-2-methyl-5-(prop-1-en-2-yl)cyclohex-2-en-1-one × 2 NA SODIUM ION × 4 PGE TRIETHYLENE GLYCOL × 2 1PE PENTAETHYLENE GLYCOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M HEPES, 30-40% PEG400, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K	分辨率 1.55 Å R-free 0.162
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 A 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 B 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 C 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 C 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNV G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme with the Inhibitor p-Hydroxybenzaldehyde 提交 2014-10-26	配体/离子不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 D 303–397（95 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302 链 D 2–302（301 aa）片段：UNP residues 303-397, 2-302	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 HBA P-HYDROXYBENZALDEHYDE × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；18% PEG 3350, 0.2 M MgCl2, 0.25% glucoside, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 2.47 Å R-free 0.249
4RNW Truncated version of the G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 307–397（91 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292 链 A 2–292（291 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 9	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 10000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
4RNW Truncated version of the G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 307–397（91 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292 链 B 2–292（291 aa）片段：UNP residues 307-397, 2-292	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 11	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.5；289 K；20% PEG 10000, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.55 Å R-free 0.231
4RNX K154 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 154–397（244 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153 链 A 2–153（152 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 4	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；30% PEG 2KMME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.25 Å R-free 0.162
4RNX K154 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme 提交 2014-10-26	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 B 154–397（244 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153 链 B 2–153（152 aa）片段：UNP residues 154-397, 2-153	未记录	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5；289 K；30% PEG 2KMME, 0.1M Potassium Thiocyanate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K	分辨率 1.25 Å R-free 0.162
4YIL OYE1 W116A COMPLEXED WITH (Z)-METHYL 3-CYANO-3-(4-FLUOROPHENYL)ACRYLATE IN A NON PRODUCTIVE BINDING MODE 提交 2015-03-02	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–398（397 aa）	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 MG MAGNESIUM ION × 1 NA SODIUM ION × 1 4D3 methyl (2Z)-3-cyano-3-(4-fluorophenyl)prop-2-enoate × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M Na HEPES, 35% PEG 400,	分辨率 1.46 Å R-free 0.189
4YNC OYE1 W116A COMPLEXED WITH (Z)-METHYL-3-CYANO-3-PHENYLACRYLATE IN A NON PRODUCTIVE BINDING MODE 提交 2015-03-09	构建体不同突变/修饰不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白单体单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric	链 A 2–398（397 aa）	突变：W116A	FMN FLAVIN MONONUCLEOTIDE × 1 4EG methyl (2Z)-3-cyano-3-phenylprop-2-enoate × 1 CL CHLORIDE ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 8.3；277 K；0.2M MgCl2, 0.1M NaHEPES, 35% PEG 400	分辨率 1.50 Å R-free 0.172

共 25 个其他 PDB 条目、30 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	OYE1_SACPS
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–96； UniProt 303–397 作者链 A； PDB构建体 100–400； UniProt 2–302 作者链 B； PDB构建体 2–96； UniProt 303–397 作者链 B； PDB构建体 100–400； UniProt 2–302 作者链 C； PDB构建体 2–96； UniProt 303–397 作者链 C； PDB构建体 100–400； UniProt 2–302 作者链 D； PDB构建体 2–96； UniProt 303–397 作者链 D； PDB构建体 100–400； UniProt 2–302

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

下载 Download SAXS (.dat) P(r) (.pr.out) CIF

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4rnu
沉积日期 deposition_date	2014-10-26
结构标题 title	G303 Circular Permutation of Old Yellow Enzyme
关键词 keywords	CIRCULAR PERMUTATION, CATALYSIS, OLD YELLOW ENZYME, FLAVIN COFACTOR, OXIDOREDUCTASE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	40.95 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	40.59 Å
零角强度 I(0) i0	440657000.00
分子量 molecular_weight	170090.0 kDa
排除体积 excluded_volume	211730 Å³
包络体积 envelope_volume	273790 Å³
水化壳体积 shell_volume	56247 Å³
包络直径 envelope_diameter	143.0 Å
壳层 Rg shell_rg	45.80 Å
包络 Rg envelope_rg	40.20 Å
形状 Rg shape_rg	40.59 Å
总 Rg total_rg	40.84 Å
总原子数 total_atoms	12035
残基数 n_residues	1527
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	133.1 Å
Rg (实空间) rg_real	40.89 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	1.12 Å
I(0) (实空间) i0_real	4.4070e+08
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	7.3700e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	40.95 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	440700000.0000
解质量估计 total_estimate	0.6620
解质量评级 solution_quality	REASONABLE a REASONABLE solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	58.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.195
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.1950 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	117400000.0000
实空间数据点数 n_real_points	40
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.898; Stabil: 1.000; Sysdev: 0.025; Positv: 1.000; Valcen: 0.986; Smooth: 0.848

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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NADPH dehydrogenase 1
分子量 formula_weight	44943.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.6.99.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	12147

MGEYEGGSNDFVYSIWKGPVIRAGNFALHPEVVREEVKDKRTLIGYGRFFISNPDLVDRLEKGLPLNKYDRDTFYQMSAHGYIDYPTYEEALKLGWGTSSFVKDFKPQALGDTNLFKPIKIGNNELLHRAVIPPLTRMRALHPGNIPNRDWAVEYYTQRAQRPGTMIITEGAFISPQAGGYDNAPGVWSEEQMVEWTKIFNAIHEKKSFVWVQLWVLGWAAFPDNLARDGLRYDSASDNVFMDAEQEAKAKKANNPQHSLTKDEIKQYIKEYVQAAKNSIAAGADGVEIHSANGYLLNQFLDPHSNTRTDEYGGSIENRARFTLEVVDALVEAIGHEKVGLRLSPYGVFNSMSGGAETGIVAQYAYVAGELEKRAKAGKRLAFVHLVEPRVTNPFLTEGE

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces pastorianus
通用名 common_name	lager yeast
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	27292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	FLAVIN MONONUCLEOTIDE
分子量 formula_weight	456.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	112

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8. 引用文献 (1)

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晶胞边长 a length_a	45.662 Å
晶胞边长 b length_b	87.642 Å
晶胞边长 c length_c	113.572 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	69.32 °
晶胞夹角 β angle_beta	82.56 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.02 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.677 Å
最低分辨率 resolution_low	38.780 Å
R 因子 r_factor	0.2483
R_work r_work	0.2472
R_free r_free	0.2830

fit	/app/data/saxs_computation/rn/4rnu/4rnu.fit
pddf	/app/data/pr_computation/rn/4rnu/4rnu.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/rn/4rnu/4rnu.dat