4ryu

Crystal Structure of C2 form of E112A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'/3'-nucleotidase SurE ;

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 6 MAGNESIUM ION × 2 GLYCEROL × 1 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 3 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	PHOSPHATE ION × 2 MAGNESIUM ION × 2 GLYCEROL × 3 (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SURE_SALTY
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 15–267； UniProt 1–253 作者链 B； PDB构建体 15–267； UniProt 1–253 作者链 C； PDB构建体 15–267； UniProt 1–253 作者链 D； PDB构建体 15–267； UniProt 1–253

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4ryu
沉积日期 deposition_date	2014-12-17
结构标题 title	Crystal Structure of C2 form of E112A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium
关键词 keywords	Stationary phase survival protein, Domain swapping, Rossmann fold like, Phosphatase, HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4ryu__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4ryu__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4ryu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	23.87 Å
Rg（电子密度）	23.01 Å
总 Rg	23.78 Å
原子数	3873
残基数	513
排除体积	68082 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4ryu__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4ryu__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	;5'/3'-nucleotidase SurE ;
分子量 formula_weight	28557.1 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.5, 3.1.3.6
突变 mutation	E112A
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C,D
原子数 atom_count	8749

MRGSHHHHHHGMASMRILLSNDDGVHAPGIQTLAKALREFADVQVVAPDRNRSGASNSLTLESSLRTFTFDNGDIAVQMGTPTDCVYLGVNALMRPRPDIVVSGINAGPNLGDDVIYSGTVAAAMAGRHLGFPALAVSLNGYQHYDTAAAVTCALLRGLSREPLRTGRILNVNVPDLPLAQVKGIRVTRCGSRHPADKVIPQEDPRGNTLYWIGPPGDKYDAGPDTDFAAVDEGYVSVTPLHVDLTAHSAHDVVSDWLDSVGVGTQW

来源 Source

来源生物 organism	Salmonella enterica subsp. enterica serovar Enteritidis
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1412588
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	(4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL
分子量 formula_weight	118.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	933

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4ryua1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.106 — SurE-like
超家族 Superfamily superfamily	c.106.1 — SurE-like
家族 Family family	c.106.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ryua2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ryub1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.106 — SurE-like
超家族 Superfamily superfamily	c.106.1 — SurE-like
家族 Family family	c.106.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ryub2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ryuc1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.106 — SurE-like
超家族 Superfamily superfamily	c.106.1 — SurE-like
家族 Family family	c.106.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ryuc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4ryud1
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.106 — SurE-like
超家族 Superfamily superfamily	c.106.1 — SurE-like
家族 Family family	c.106.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4ryud2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4ryuA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1210 — Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase

结构域编号 domain_id	4ryuB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1210 — Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase

结构域编号 domain_id	4ryuC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1210 — Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase

结构域编号 domain_id	4ryuD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1210 — Stationary-phase Survival Protein Sure Homolog; Chain: A,
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Survival protein SurE-like phosphatase/nucleotidase

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晶胞边长 a length_a	160.390 Å
晶胞边长 b length_b	95.780 Å
晶胞边长 c length_c	94.230 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	100.06 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	C 1 2 1
空间群编号 int_tables_number	5
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.040 Å
最低分辨率 resolution_low	48.000 Å
R 因子 r_factor	0.1799
R_work r_work	0.1781
R_free r_free	0.2142

Crystal Structure of C2 form of E112A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'/3'-nucleotidase SurE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ryu__assembly_1__model_1

4ryu__assembly_1__model_1 | I(q)

4ryu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal Structure of C2 form of E112A Mutant of Stationary Phase Survival Protein (SurE) from Salmonella typhimurium

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

;5'/3'-nucleotidase SurE ;

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4ryu__assembly_1__model_1

4ryu__assembly_1__model_1 | I(q)

4ryu__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)