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4tkx

Structure of Protease

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 74.7 Å Quality: GOOD
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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Lys-gingipain W83

Porphyromonas gingivalis

UniProt Q51817

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白单体 单体 蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric（1） 与蛋白拷贝数一致 链 L； UniProt 229–680 片段：Catalytic domain SO4 SULFATE ION × 4 NA SODIUM ION × 2 K POTASSIUM ION × 1 ACT ACETATE ION × 1 EDO 1,2-ETHANEDIOL × 10 PB LEAD (II) ION × 1 TCK N-[(1S)-5-amino-1-(chloroacetyl)pentyl]-4-methylbenzenesulfonamide × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；294 K；PEG 4000, Sodium Acetate, Ammonium Sulphate 分辨率 1.60 Å R-free 0.145

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB 相对当前条目 4TKX Assembly / 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与非聚合物 实验方法与环境 结构质量
4ITC Crystal Structure Analysis of the K1 Cleaved Adhesin domain of Lys-gingipain (Kgp) from Porphyromonas gingivalis W83 提交 2013-01-18 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 982–1154（173 aa） 片段：K1 Cleaved Adhesin Domain, residues 982-1154
未记录 CA CALCIUM ION × 2 GAI GUANIDINE × 3 GOL GLYCEROL × 2 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 7.6；298 K；40 mM KH2PO4, 20% (v/v) glycerol, 16% (w/v) PEG 8000, 1 M guanidine hydrochloride, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
分辨率 1.55 Å R-free 0.181
4RBM Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) catalytic and immunoglobulin superfamily-like domains 提交 2014-09-12 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–683（455 aa） 片段：UNP residues 229-683
未记录 CA CALCIUM ION × 2 NA SODIUM ION × 3 NI NICKEL (II) ION × 1 HIS HISTIDINE × 1 ACT ACETATE ION × 2 AZI AZIDE ION × 3 GOL GLYCEROL × 4 CKC (3S)-3,7-diaminoheptan-2-one × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 6.5；293 K；The best crystals were obtained at 20C with protein solution (at 5.7mg/mL in 5mM Tris HCl, pH 7.4, 0.02% sodium azide) and 22% polyethylene glycol 8000, 0.1M sodium cacodylate, pH 6.5, 0.2M calcium acetate as reservoir solution from 2:1 uL drops, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K
分辨率 1.75 Å R-free 0.172
5MUN Structural insight into zymogenic latency of gingipain K from Porphyromonas gingivalis. 提交 2017-01-13 构建体不同 突变/修饰不同 聚集状态不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白同源多聚体 同源多聚体；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric
链 A 20–228（209 aa） 片段：UNP residues 20-228
链 B 20–228（209 aa） 片段：UNP residues 20-228
未记录 AZI AZIDE ION × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP；pH 5.5；293.15 K；14 % polyvinylpyrrolidone K15 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5
分辨率 1.80 Å R-free 0.240
6I9A Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) in complex with inhibitor KYT-36 提交 2018-11-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 1 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 A 229–683（455 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 H8E benzyl-N-[(2S)-1-[[(3S)-7-amino-1-(benzylamino)-1,2-dioxoheptan-3-yl]amino]-5-(2-methyl-2-phenylhydrazinyl)-1,5-dioxopentan-2-yl]carbamate × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.148
6I9A Porphyromonas gingivalis gingipain K (Kgp) in complex with inhibitor KYT-36 提交 2018-11-22 构建体不同 配体/离子不同 实验环境不同 结构质量不同 Assembly 2 蛋白单体 单体；蛋白 × 1 PDB 声明：monomeric
链 B 229–683（455 aa）
未记录 UNX UNKNOWN LIGAND × 2 NA SODIUM ION × 2 CA CALCIUM ION × 2 H8E benzyl-N-[(2S)-1-[[(3S)-7-amino-1-(benzylamino)-1,2-dioxoheptan-3-yl]amino]-5-(2-methyl-2-phenylhydrazinyl)-1,5-dioxopentan-2-yl]carbamate × 1 EPE 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 GOL GLYCEROL × 3 DTV (2S,3S)-1,4-DIMERCAPTOBUTANE-2,3-DIOL × 1 X-RAY DIFFRACTION
X-ray结晶条件 VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP；pH 7.5；293 K；20% PEG 8000, 0.1 M HEPES, pH 7.5
分辨率 1.20 Å R-free 0.148

共 4 个其他 PDB 条目、5 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 KGP83_PORGN
Isoform —
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 L； PDB构建体 1–452； UniProt 229–680

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4tkx

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4tkx
下载 Download
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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4tkx
沉积日期 deposition_date2014-05-28
结构标题 titleStructure of Protease
关键词 keywordsCysteine protease, Gingivalis, Kgp, co-valent inhibitor, Hydrolase-Hydrolase Inhibitor complex; Hydrolase/Hydrolase Inhibitor
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION
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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier22.48 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron21.42 Å
零角强度 I(0) i043487400.00
分子量 molecular_weight51503.0 kDa
排除体积 excluded_volume64235 ų
包络体积 envelope_volume71184 ų
水化壳体积 shell_volume26973 ų
包络直径 envelope_diameter75.5 Å
壳层 Rg shell_rg29.07 Å
包络 Rg envelope_rg21.72 Å
形状 Rg shape_rg21.39 Å
总 Rg total_rg22.35 Å
总原子数 total_atoms7070
残基数 n_residues452
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 Å−1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3
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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax74.7 Å
Rg (实空间) rg_real22.37 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.43 Å
I(0) (实空间) i0_real4.3490e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error5.6110e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal22.40 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal43490000.0000
解质量估计 total_estimate0.8771
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks2
主峰位置 r_peak_primary28.3 Å
偏度 Skewness skewness0.235
峰度 Kurtosis kurtosis-0.264
角度范围 angular_range— – 0.3550 Å−1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha9974000.0000
实空间数据点数 n_real_points67
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.801; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.997; Smooth: 0.997
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5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

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6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (9)

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8. 引用文献 (1)

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9. 文件与曲线 (10)