4tma

Crystal structure of gyrase bound to its inhibitor YacG

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit A

Escherichia coli

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit B × 2 （U6NGU8） DNA gyrase inhibitor YacG × 2 （P0A8H8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit B × 2 （U6NGU8） DNA gyrase inhibitor YacG × 2 （P0A8H8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U6NB78_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525 作者链 C； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525 作者链 E； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525 作者链 G； PDB构建体 1–525； UniProt 1–525

DNA gyrase subunit B

Escherichia coli

UniProt U6NGU8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit A × 2 （U6NB78） DNA gyrase inhibitor YacG × 2 （P0A8H8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit A × 2 （U6NB78） DNA gyrase inhibitor YacG × 2 （P0A8H8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	U6NGU8_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 4–417； UniProt 388–801 作者链 D； PDB构建体 4–417； UniProt 388–801 作者链 F； PDB构建体 4–417； UniProt 388–801 作者链 H； PDB构建体 4–417； UniProt 388–801

DNA gyrase inhibitor YacG

Escherichia coli

UniProt P0A8H8

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit A × 2 （U6NB78） DNA gyrase subunit B × 2 （U6NGU8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 6	DNA gyrase subunit A × 2 （U6NB78） DNA gyrase subunit B × 2 （U6NGU8） ZINC ION × 3	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	YACG_ECOLI
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 I； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 J； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 K； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65 作者链 L； PDB构建体 1–65； UniProt 1–65

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tma
沉积日期 deposition_date	2014-05-31
结构标题 title	Crystal structure of gyrase bound to its inhibitor YacG
关键词 keywords	Isomerase, DUF329, ISOMERASE-ISOMERASE INHIBITOR complex; ISOMERASE/ISOMERASE INHIBITOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4tma__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4tma__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4tma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	40.69 Å
Rg（电子密度）	39.98 Å
总 Rg	40.41 Å
原子数	13497
残基数	1707
排除体积	240460 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4tma__assembly_1__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4tma__assembly_2__model_1`	hexameric （6）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit A
分子量 formula_weight	58955.4 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C,E,G
原子数 atom_count	26792

MSDLAREITPVNIEEELKSSYLDYAMSVIVGRALPDVRDGLKPVHRRVLYAMNVLGNDWNKAYKKSARVVGDVIGKYHPHGDSAVYDTIVRMAQPFSLRYMLVDGQGNFGSIDGDSAAAMRYTEIRLAKIAHELMADLEKETVDFVDNYDGTEKIPDVMPTKIPNLLVNGSSGIAVGMATNIPPHNLTEVINGCLAYIDDEDISIEGLMEHIPGPDFPTAAIINGRRGIEEAYRTGRGKVYIRARAEVEVDAKTGRETIIVHEIPYQVNKARLIEKIAELVKEKRVEGISALRDESDKDGMRIVIEVKRDAVGEVVLNNLYSQTQLQVSFGINMVALHHGQPKIMNLKDIIAAFVRHRREVVTRRTIFELRKARDRAHILEALAVALANIDPIIELIRHAPTPAEAKTALVANPWQLGNVAAMLERAGDDAARPEWLEPEFGVRDGLYYLTEQQAQAILDLRLQKLTGLEHEKLLDEYKELLDQIAELLRILGSADRLMEVIREELELVREQFGDKRRTEITANS

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1403831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	DNA gyrase subunit B
分子量 formula_weight	47338.6 kDa
EC 编号 ec_number	5.99.1.3
突变 mutation	F74Y
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D,F,H

SNAAREMTRRKGALDLAGLPGKLADCQERDPALSELYLVEGDSAGGSAKQGRNRKNQAILPLKGKILNVEKARYDKMLSSQEVATLITALGCGIGRDEYNPDKLRYHSIIIMTDADVDGSHIRTLLLTFFYRQMPEIVERGHVYIAQPPLYKVKKGKQEQYIKDDEAMDQYQISIALDGATLHTNASAPALAGEALEKLVSEYNATQKMINRMERRYPKAMLKELIYQPTLTEADLSDEQTVTRWVNALVSELNDKEQHGSQWKFDVHTNAEQNLFEPIVRVRTHGVDTDYPLDHEFITGGEYRRICTLGEKLRGLLEEDAFIERGERRQPVASFEQALDWLVKESRRGLSIQRYKGLGEMNPEQLWETTMDPESRRMLRVTVKDAIAADQLFTTLMGDAVEPRRAFIEENALKAAN

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	1403831
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	DNA gyrase inhibitor YacG
分子量 formula_weight	7313.1 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	I,J,K,L

MSETITVNCPTCGKTVVWGEISPFRPFCSKRCQLIDLGEWAAEEKRIPSSGDLSESDDWSEEPKQ

来源 Source

来源生物 organism	Escherichia coli
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	83333
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

结构域编号 domain_id	4tmaA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4tmaA03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4tmaB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4tmaB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4tmaB03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 —

结构域编号 domain_id	4tmaC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4tmaC03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4tmaD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4tmaE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4tmaE03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4tmaF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4tmaF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	300 — GMP Synthetase; Chain A, domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	370 —

结构域编号 domain_id	4tmaF03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	10 — Roll
拓扑 Topology topology	20 — Ubiquitin-like (UB roll)
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	690 —

结构域编号 domain_id	4tmaG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	199 — Topoisomerase II; domain 5
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase II, domain 5

结构域编号 domain_id	4tmaG03
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	268 — Topoisomerase; domain 3
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Topoisomerase, domain 3

结构域编号 domain_id	4tmaH01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	670 —

结构域编号 domain_id	4tmaI00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	4tmaJ00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	4tmaK00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

结构域编号 domain_id	4tmaL00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Erythroid Transcription Factor GATA-1; Chain A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Erythroid Transcription Factor GATA-1, subunit A

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晶胞边长 a length_a	107.210 Å
晶胞边长 b length_b	114.460 Å
晶胞边长 c length_c	462.120 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	16

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.300 Å
最低分辨率 resolution_low	49.323 Å
R 因子 r_factor	0.2447
R_work r_work	0.2428
R_free r_free	0.2827

Crystal structure of gyrase bound to its inhibitor YacG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

DNA gyrase inhibitor YacG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tma__assembly_1__model_1

4tma__assembly_1__model_1 | I(q)

4tma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of gyrase bound to its inhibitor YacG

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA gyrase subunit A

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase subunit B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

DNA gyrase inhibitor YacG

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tma__assembly_1__model_1

4tma__assembly_1__model_1 | I(q)

4tma__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 20 domains

CATH v4.4 (20 domains)

7. 引用文献 (1)