SAXSdb — 4tu3

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoinositide phosphatase SAC1

Saccharomyces cerevisiae

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Vacuolar protein sorting-associated protein 74 × 1 （Q06385）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SAC1_YEAST
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 X； PDB构建体 1–623； UniProt 1–623

Vacuolar protein sorting-associated protein 74

Saccharomyces cerevisiae

UniProt Q06385

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Phosphoinositide phosphatase SAC1 × 1 （P32368）	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	VPS74_YEAST
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–345； UniProt 1–345

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tu3
沉积日期 deposition_date	2014-06-23
结构标题 title	Crystal structure of yeast Sac1/Vps74 complex
关键词 keywords	;Protein Complex, Phosphoric Monoester Hydrolases, Phosphatidylinositol Phosphates, Golgi Apparatus, HYDROLASE-PROTEIN TRANSPORT complex ;; HYDROLASE/PROTEIN TRANSPORT
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4tu3__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4tu3__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4tu3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.44 Å
Rg（电子密度）	34.17 Å
总 Rg	34.65 Å
原子数	5191
残基数	658
排除体积	92251 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4tu3__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Phosphoinositide phosphatase SAC1
分子量 formula_weight	71214.4 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	X
原子数 atom_count	5191

MTGPIVYVQNADGIFFKLAEGKGTNDAVIHLANQDQGVRVLGAEEFPVQGEVVKIASLMGFIKLKLNRYAIIANTVEETGRFNGHVFYRVLQHSIVSTKFNSRIDSEEAEYIKLLELHLKNSTFYFSYTYDLTNSLQRNEKVGPAASWKTADERFFWNHYLTEDLRNFAHQDPRIDSFIQPVIYGYAKTVDAVLNATPIVLGLITRRSIFRAGTRYFRRGVDKDGNVGNFNETEQILLAENPESEKIHVFSFLQTRGSVPIYWAEINNLKYKPNLVLGENSLDATKKHFDQQKELYGDNYLVNLVNQKGHELPVKEGYESVVHALNDPKIHYVYFDFHHECRKMQWHRVKLLIDHLEKLGLSNEDFFHKVIDSNGNTVEIVNEQHSVVRTNCMDCLDRTNVVQSVLAQWVLQKEFESADVVATGSTWEDNAPLLTSYQNLWADNADAVSVAYSGTGALKTDFTRTGKRTRLGAFNDFLNSASRYYQNNWTDGPRQDSYDLFLGGFRPHTASIKSPFPDRRPVYIQLIPMIICAALTVLGATIFFPKDRFTSSKNLLYFAGASIVLALSTKFMFKNGIQFVNWPKLVDVGFLVVHQTHDKEQQFKGLKYAQSPKFSKPDPLKRD

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Vacuolar protein sorting-associated protein 74
分子量 formula_weight	39334.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A

MSTLQRRRVNRADSGDTSSIHSSANNTKGDKIANIAVDGDDDNGTNKKIAYDPEESKLRDNINIPTLTLMEEVLLMGLRDREGYLSFWNDSISYALRGCIIIELALRGKIRILDDSARKRFDLSERLIEVIDSSKTGEVLLDETLQLMKNDEPLSISNWIDLLSGETWNLLKINYQLKQVRERLAKGLVDKGVLRTEMKNFFLFDMATHPIADASCKEAIKRRVLSVLVSRNMELSYNEYFPETTSFKIIRTLALICGSYGANVLENVLTTLEYEKRDKAISRAEEIMAQFSQYPFDLEKETELGVSVNLNKEVKEEIENNPGHDLQLEVIAGVFEVFSRMDMLL

来源 Source

来源生物 organism	Saccharomyces cerevisiae
通用名 common_name	;Baker's yeast ;
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	559292
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

结构域编号 domain_id	4tu3A00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	3630 — yeast vps74-n-term truncation variant fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — yeast vps74-n-term truncation variant domain like

▶

晶胞边长 a length_a	159.338 Å
晶胞边长 b length_b	159.338 Å
晶胞边长 c length_c	143.389 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	9

空间群 space_group	H 3
空间群编号 int_tables_number	146
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.187 Å
最低分辨率 resolution_low	29.542 Å
R 因子 r_factor	0.2289
R_work r_work	0.2260
R_free r_free	0.2549

Crystal structure of yeast Sac1/Vps74 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoinositide phosphatase SAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Vacuolar protein sorting-associated protein 74

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tu3__assembly_1__model_1

4tu3__assembly_1__model_1 | I(q)

4tu3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of yeast Sac1/Vps74 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Phosphoinositide phosphatase SAC1

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Vacuolar protein sorting-associated protein 74

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tu3__assembly_1__model_1

4tu3__assembly_1__model_1 | I(q)

4tu3__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (2)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 1 domains

CATH v4.4 (1 domains)

7. 引用文献 (1)