4tug

Crystal structure of MjMre11-DNA2 complex

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

Methanocaldococcus jannaschii

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白–DNA	同源多聚体	蛋白 6 DNA 2	;DNA (5'-D(PGPCPAPCPGPTPAPGPGPAPCPAPGPC)-3') ; × 1 ;DNA (5'-D(PCPTPGPTPCPCPTPAPCPGPTPGPCPCP*A)-3') ; × 1 MAGNESIUM ION × 12 water × 6	与全部聚合物一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	MRE11_METJA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 B； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 C； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 D； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 E； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333 作者链 F； PDB构建体 5–337； UniProt 1–333

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4tug
沉积日期 deposition_date	2014-06-24
结构标题 title	Crystal structure of MjMre11-DNA2 complex
关键词 keywords	Nuclease, DNA binding protein-DNA complex; DNA binding protein/DNA
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4tug__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4tug__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4tug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	50.67 Å
Rg（电子密度）	50.49 Å
总 Rg	50.61 Å
原子数	16084
残基数	1891
排除体积	287140 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4tug__assembly_1__model_1`	octameric （8）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA double-strand break repair protein Mre11
分子量 formula_weight	39704.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	6

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,B,D,E,F
原子数 atom_count	16104

RGSHMMFVHIADNHLGYRQYNLDDREKDIYDSFKLCIKKILEIKPDVVLHSGDLFNDLRPPVKALRIAMQAFKKLHENNIKVYIVAGNHEMPRRLGEESPLALLKDYVKILDGKDVINVNGEEIFICGTYYHKKSKREEMLDKLKNFESEAKNYKKKILMLHQGINPYIPLDYELEHFDLPKFSYYALGHIHKRILERFNDGILAYSGSTEIIYRNEYEDYKKEGKGFYLVDFSGNDLDISDIEKIDIECREFVEVNIKDKKSFNEAVNKIERCKNKPVVFGKIKREFKPWFDTLKDKILINKAIIVDDEFIDMPDNVDIESLNIKELLVDYANRQG

来源 Source

来源生物 organism	Methanocaldococcus jannaschii
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	243232
宿主生物 host_organism	Escherichia coli

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PGPCPAPCPGPTPAPGPGPAPCPAPGPC)-3') ;
分子量 formula_weight	4314.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	G

GCACGTAGGACAGC

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	;DNA (5'-D(PCPTPGPTPCPCPTPAPCPGPTPGPCPCP*A)-3') ;
分子量 formula_weight	4520.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polydeoxyribonucleotide
链编号 strand_id	H

CTGTCCTACGTGCCA

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	12

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	20

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

结构域编号 domain_id	4tugA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	4tugB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	4tugC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugC02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	4tugD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugD02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	4tugE01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugE02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

结构域编号 domain_id	4tugF01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4tugF02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	160 — Double Stranded RNA Binding Domain
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	600 —

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晶胞边长 a length_a	91.530 Å
晶胞边长 b length_b	185.624 Å
晶胞边长 c length_c	106.212 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	99.86 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	12

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.550 Å
最低分辨率 resolution_low	42.422 Å
R 因子 r_factor	0.1868
R_work r_work	0.1842
R_free r_free	0.2358

Crystal structure of MjMre11-DNA2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tug__assembly_1__model_1

4tug__assembly_1__model_1 | I(q)

4tug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of MjMre11-DNA2 complex

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA double-strand break repair protein Mre11

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4tug__assembly_1__model_1

4tug__assembly_1__model_1 | I(q)

4tug__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 12 domains

CATH v4.4 (12 domains)

7. 引用文献 (1)