4txo

Crystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-like TlpAs(C110S) and copper chaperone ScoIs(C74S)

Method: X-RAY DIFFRACTION

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein TlpA

Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Blr1131 protein × 1 （Q89VB6） THIOCYANATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Blr1131 protein × 1 （Q89VB6） THIOCYANATE ION × 1 SODIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Blr1131 protein × 1 （Q89VB6） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Blr1131 protein × 1 （Q89VB6） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	TLPA_BRADU
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–184； UniProt 38–221 作者链 C； PDB构建体 1–184； UniProt 38–221 作者链 E； PDB构建体 1–184； UniProt 38–221 作者链 G； PDB构建体 1–184； UniProt 38–221

Blr1131 protein

Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110

UniProt Q89VB6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thiol:disulfide interchange protein TlpA × 1 （P43221） THIOCYANATE ION × 1 DI(HYDROXYETHYL)ETHER × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thiol:disulfide interchange protein TlpA × 1 （P43221） THIOCYANATE ION × 1 SODIUM ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thiol:disulfide interchange protein TlpA × 1 （P43221） water × 2	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	Thiol:disulfide interchange protein TlpA × 1 （P43221） water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q89VB6_BRADU
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 9–175； UniProt 30–196 作者链 D； PDB构建体 9–175； UniProt 30–196 作者链 F； PDB构建体 9–175； UniProt 30–196 作者链 H； PDB构建体 9–175； UniProt 30–196

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

▼

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4txo
沉积日期 deposition_date	2014-07-04
结构标题 title	Crystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-like TlpAs(C110S) and copper chaperone ScoIs(C74S)
关键词 keywords	;mixed disulfide, soluble domain of membrane protein, thioredoxin fold, copper protein, protein binding, OXIDODREDUCTASE/COPPER BINDING PROTEIN, OXIDODREDUCTASE-COPPER BINDING PROTEIN complex ;; OXIDODREDUCTASE/COPPER BINDING PROTEIN
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

▼

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4txo__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4txo__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4txo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	22.05 Å
Rg（电子密度）	21.14 Å
总 Rg	22.05 Å
原子数	2573
残基数	336
排除体积	46109 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4txo__assembly_1__model_1`	Dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4txo__assembly_2__model_1`	Dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4txo__assembly_3__model_1`	Dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4txo__assembly_4__model_1`	Dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

▶

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

▶

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Thiol:disulfide interchange protein TlpA
分子量 formula_weight	19528.6 kDa
突变 mutation	C110S
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,A,E,G
原子数 atom_count	10798

APTGDPACRAAVATAQKIAPLAHGEVAALTMASAPLKLPDLAFEDADGKPKKLSDFRGKTLLVNLWATWCVPSRKEMPALDELQGKLSGPNFEVVAINIDTRDPEKPKTFLKEANLTRLGYFNDQKAKVFQDLKAIGRALGMPTSVLVDPQGCEIATIAGPAEWASEDALKLIRAATGKAAAAL

来源 Source

来源生物 organism	Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Blr1131 protein
分子量 formula_weight	19325.9 kDa
突变 mutation	C74S, WSHPQFEK: StrepII purification tag
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D,B,F,H

WSHPQFEKGGVGKVAQPAAIGGPFQLTDQNGKAVTDKSLKGKPTLIFFGYTHSPDVCPTSLFEISEVLRAMGKDADKVNAIFISVDPERDTPATMKNYLSSFDPHLEGLSGDPAEIAKVITSYRVYAKKVPTKDGDYTMDHTALIYLMDRDGRFVSPFNLKRTPEEAAADLKRYL

来源 Source

来源生物 organism	Bradyrhizobium diazoefficiens USDA 110
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	224911
宿主生物 host_organism	Escherichia coli BL21(DE3)

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	THIOCYANATE ION
分子量 formula_weight	58.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	DI(HYDROXYETHYL)ETHER
分子量 formula_weight	106.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	SODIUM ION
分子量 formula_weight	23.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 6 Entity 6 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	590

▼

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

结构域编号 domain_id	d4txoa_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d4txob_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4txoc_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d4txod_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4txoe_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d4txof_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4txog_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.10 — Glutathione peroxidase-like

结构域编号 domain_id	d4txoh_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.47 — Thioredoxin fold
超家族 Superfamily superfamily	c.47.1 — Thioredoxin-like
家族 Family family	c.47.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (8 domains)

结构域编号 domain_id	4txoA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoE00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoF00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoG00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

结构域编号 domain_id	4txoH00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	30 — Glutaredoxin
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Glutaredoxin

▶

晶胞边长 a length_a	60.030 Å
晶胞边长 b length_b	173.220 Å
晶胞边长 c length_c	66.690 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	89.97 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.200 Å
最低分辨率 resolution_low	49.338 Å
R 因子 r_factor	0.1749
R_work r_work	0.1742
R_free r_free	0.2068

Crystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-like TlpAs(C110S) and copper chaperone ScoIs(C74S)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein TlpA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Blr1131 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4txo__assembly_1__model_1

4txo__assembly_1__model_1 | I(q)

4txo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the mixed disulfide complex of thioredoxin-like TlpAs(C110S) and copper chaperone ScoIs(C74S)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Thiol:disulfide interchange protein TlpA

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Blr1131 protein

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4txo__assembly_1__model_1

4txo__assembly_1__model_1 | I(q)

4txo__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (6)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 16 domains

SCOP 2.08 (8 domains)

CATH v4.4 (8 domains)

7. 引用文献 (1)