SAXSdb — 4uco

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA LIGASE

HAEMOPHILUS INFLUENZAE

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白同源多聚体	同源多聚体	蛋白 2	7-amino-2-tert-butyl-4-(1H-pyrrol-2-yl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide × 2 1-(2,4-dimethylbenzyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide × 2 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	DNLJ_HAEIN
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–324； UniProt 1–324

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4uco
沉积日期 deposition_date	2014-12-04
结构标题 title	Fragment bound to H.influenza NAD dependent DNA ligase
关键词 keywords	LIGASE; LIGASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4uco__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4uco__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4uco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	31.78 Å
Rg（电子密度）	31.36 Å
总 Rg	31.85 Å
原子数	5104
残基数	634
排除体积	90605 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4uco__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	DNA LIGASE
分子量 formula_weight	36513.3 kDa
EC 编号 ec_number	6.5.1.2
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A
原子数 atom_count	2600

MTNIQTQLDNLRKTLRQYEYEYHVLDNPSVPDSEYDRLFHQLKALELEHPEFLTSDSPTQRVGAKPLSGFSQIRHEIPMLSLDNAFSDAEFNAFVKRIEDRLILLPKPLTFCCEPKLDGLAVSILYVNGELTQAATRGDGTTGEDITANIRTIRNVPLQLLTDNPPARLEVRGEVFMPHAGFERLNKYALEHNEKTFANPRNAAAGSLRQLDPNITSKRPLVLNAYGIGIAEGVDLPTTHYARLQWLKSIGIPVNPEIRLCNGADEVLGFYRDIQNKRSSLGYDIDGTVLKINDIALQNELGFISKAPRWAIAYKFPAQEELTL

来源 Source

来源生物 organism	HAEMOPHILUS INFLUENZAE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	727
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 non-polymer

描述 description	7-amino-2-tert-butyl-4-(1H-pyrrol-2-yl)pyrido[2,3-d]pyrimidine-6-carboxamide
分子量 formula_weight	310.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	1-(2,4-dimethylbenzyl)-6-oxo-1,6-dihydropyridine-3-carboxamide
分子量 formula_weight	256.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	38

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

结构域编号 domain_id	d4ucoa_
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.142 — ATP-grasp
超家族 Superfamily superfamily	d.142.2 — DNA ligase/mRNA capping enzyme, catalytic domain
家族 Family family	d.142.2.0 — automated matches

CATH v4.4 (3 domains)

结构域编号 domain_id	4ucoA01
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	287 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	610 — Helix hairpin bin

结构域编号 domain_id	4ucoA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1490 — Dna Ligase; domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	70 —

结构域编号 domain_id	4ucoA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	470 — D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	30 — DNA ligase/mRNA capping enzyme

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晶胞边长 a length_a	137.008 Å
晶胞边长 b length_b	137.008 Å
晶胞边长 c length_c	55.974 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 43 21 2
空间群编号 int_tables_number	96
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.500 Å
最低分辨率 resolution_low	43.330 Å
R 因子 r_factor	0.2220
R_work r_work	0.2204
R_free r_free	0.2535

Fragment bound to H.influenza NAD dependent DNA ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uco__assembly_1__model_1

4uco__assembly_1__model_1 | I(q)

4uco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)

Fragment bound to H.influenza NAD dependent DNA ligase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

DNA LIGASE

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uco__assembly_1__model_1

4uco__assembly_1__model_1 | I(q)

4uco__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 non-polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

SCOP 2.08 (1 domains)

CATH v4.4 (3 domains)

7. 引用文献 (1)