SAXSdb — 4udf

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP3

物种未注明

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 240	HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY × 60 HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY × 60	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	POLG_HPE1H
Isoform	—
PDB实体	1, 2
链与序列区间	作者链 12； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 16； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 1Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 22； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 26； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 2Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 32； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 36； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 3Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 42； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 46； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 4Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 52； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 56； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 5Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 62； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 66； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 6Y； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7A； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7E； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7I； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7M； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7Q； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 7U； PDB构建体 1–183； UniProt 360–542 作者链 13； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 17； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 1Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 23； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 27； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 2Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 33； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 37； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 3Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 43； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 47； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 4Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 53； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 57； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 5Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 63； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 67； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 6Z； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7B； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7F； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7J； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7N； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7R； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289 作者链 7V； PDB构建体 1–229； UniProt 61–289

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4udf
沉积日期 deposition_date	2014-12-10
结构标题 title	STRUCTURAL BASIS OF HUMAN PARECHOVIRUS NEUTRALIZATION BY HUMAN MONOCLONAL ANTIBODIES
关键词 keywords	HUMAN PARECHOVIRUS 1, VIRUS, HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY, HPEV1-AM28 FAB; VIRUS
实验方法 method	ELECTRON MICROSCOPY

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4udf__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4udf__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4udf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	0.00 Å
Rg（电子密度）	143.00 Å
总 Rg	143.10 Å
原子数	321240
残基数	38580
排除体积	5326900 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4udf__assembly_1__model_1`	240-meric （240）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Capsid protein VP3
分子量 formula_weight	20555.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;1A,1E,1I,1M,1Q,1U,1Y,12,16,2A,2E,2I,2M,2Q,2U,2Y,22,26,3A,3E,3I,3M,3Q,3U,3Y,32,36,4A,4E,4I,4M,4Q,4U,4Y,42,46,5A,5E,5I,5M,5Q,5U,5Y,52,56,6A,6E,6I,6M,6Q,6U,6Y,62,66,7A,7E,7I,7M,7Q,7U ;
原子数 atom_count	326520

DLVKIAQLFSVMADSTTPSENHGVDAKGYFKWSATTAPQSIVHRNIVYLRLFPNLNVFVNSYSYFRGSLVLRLSVYASTFNRGRLRMGFFPNATTDSTSTLDNAIYTICDIGSDNSFEITIPYSFSTWMRKTNGHPIGLFQIEVLNRLTYNSSSPSEVYCIVQGKMGQDARFFCPTGSVVTFQ

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Capsid protein VP0
分子量 formula_weight	25594.4 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;1B,1F,1J,1N,1R,1V,1Z,13,17,2B,2F,2J,2N,2R,2V,2Z,23,27,3B,3F,3J,3N,3R,3V,3Z,33,37,4B,4F,4J,4N,4R,4V,4Z,43,47,5B,5F,5J,5N,5R,5V,5Z,53,57,6B,6F,6J,6N,6R,6V,6Z,63,67,7B,7F,7J,7N,7R,7V ;

AEPENKNVVQATTTVNTTNLTQHPSAPTMPFSPDFSNVDNFHSMAYDITTGDKNPSKLVRLETHEWTPSWARGYQITHVELPKVFWDHQDKPAYGQSRYFAAVRCGFHFQVQVNVNQGTAGSALVVYEPKPVVTYDSKLEFGAFTNLPHVLMNLAETTQADLCIPYVADTNYVKTDSSDLGQLKVYVWTPLSIPTGSANQVDVTILGSLLQLDFQNPRVFAQDVNIYDN

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	12168.5 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;1C,1G,1K,1O,1S,1W,10,14,18,2C,2G,2K,2O,2S,2W,20,24,28,3C,3G,3K,3O,3S,3W,30,34,38,4C,4G,4K,4O,4S,4W,40,44,48,5C,5G,5K,5O,5S,5W,50,54,58,6C,6G,6K,6O,6S,6W,60,64,68,7C,7G,7K,7O,7S,7W ;

EIVMTQSPATLSVSPGERATLSCRASQYVHSTLAWYQQKPGQAPRLLIYYASTRATGIPDRFSGSGSGTEFTLTISSLQSEDFAVYYCQQYNNWPYTFGQGTKLEIERT

实体 4 Entity 4 polymer

描述 description	HUMAN MONOCLONAL ANTIBODY
分子量 formula_weight	13032.2 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	60

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	;1D,1H,1L,1P,1T,1X,11,15,19,2D,2H,2L,2P,2T,2X,21,25,29,3D,3H,3L,3P,3T,3X,31,35,39,4D,4H,4L,4P,4T,4X,41,45,49,5D,5H,5L,5P,5T,5X,51,55,59,6D,6H,6L,6P,6T,6X,61,65,69,7D,7H,7L,7P,7T,7X ;

EVQLLDSGGGLVQPGGSLRLSCAASGFPFSDYAMSWIRQAPGKGLEWVSPISGSGGRAYYADSVKGRFTISRDNSEGTVYLQMNSLSPDDTALYYCAKDGSGSHYNNNYFDSWGQGTLVTVS

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晶胞边长 a length_a	1.000 Å
晶胞边长 b length_b	1.000 Å
晶胞边长 c length_c	1.000 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	1

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	20.000 Å
最低分辨率 resolution_low	— Å
R 因子 r_factor	—
R_work r_work	—
R_free r_free	—

分辨率 resolution	20.00 Å
分辨率测定方法 resolution_method	POLAR FOURIER TRANSFORM
颗粒数 num_particles	270

STRUCTURAL BASIS OF HUMAN PARECHOVIRUS NEUTRALIZATION BY HUMAN MONOCLONAL ANTIBODIES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4udf__assembly_1__model_1

4udf__assembly_1__model_1 | I(q)

4udf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)

STRUCTURAL BASIS OF HUMAN PARECHOVIRUS NEUTRALIZATION BY HUMAN MONOCLONAL ANTIBODIES

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Capsid protein VP3

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4udf__assembly_1__model_1

4udf__assembly_1__model_1 | I(q)

4udf__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

冷冻电镜 EM 3D

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

实体 4 Entity 4 polymer

聚合物 Polymer

7. 引用文献 (1)