4upe

Structure of the unready Ni-A state of the S499C mutant of D. fructosovorans NiFe-hydrogenase

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 2 GLYCEROL × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT × 1 （P18188） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNS_DESFR
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–265； UniProt 50–314 作者链 B； PDB构建体 1–265； UniProt 50–314 作者链 C； PDB构建体 1–265； UniProt 50–314

NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS

UniProt P18188

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 2 GLYCEROL × 2 PHOSPHATE ION × 1 water × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT × 1 （P18187） IRON/SULFUR CLUSTER × 2 FE3-S4 CLUSTER × 1 CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON × 1 NICKEL (II) ION × 1 CALCIUM ION × 1 GLYCEROL × 1 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID × 1 water × 2	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PHNL_DESFR
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 Q； PDB构建体 1–548； UniProt 2–549 作者链 R； PDB构建体 1–548； UniProt 2–549 作者链 S； PDB构建体 1–548； UniProt 2–549

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4upe
沉积日期 deposition_date	2014-06-16
结构标题 title	Structure of the unready Ni-A state of the S499C mutant of D. fructosovorans NiFe-hydrogenase
关键词 keywords	OXIDOREDUCTASE, NIFE-SITE, NI-A STATE, SULFENATE; OXIDOREDUCTASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4upe__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4upe__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4upe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	25.60 Å
Rg（电子密度）	24.69 Å
总 Rg	25.51 Å
原子数	6198
残基数	806
排除体积	110690 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4upe__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4upe__assembly_2__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4upe__assembly_3__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT
分子量 formula_weight	28418.4 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B,C
原子数 atom_count	20844

ALTAKHRPSVVWLHNAECTGCTEAAIRTIKPYIDALILDTISLDYQETIMAAAGEAAEAALHQALEGKDGYYLVVEGGLPTIDGGQWGMVAGHPMIETTKKAAAKAKGIICIGTCSAYGGVQKAKPNPSQAKGVSEALGVKTINIPGCPPNPINFVGAVVHVLTKGIPDLDENGRPKLFYGELVHDNCPRLPHFEASEFAPSFDSEEAKKGFCLYELGCKGPVTYNNCPKVLFNQVNWPVQAGHPCLGCSEPDFWDTMTPFYEQG

来源 Source

来源生物 organism	DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	878
宿主生物 host_organism	DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT
分子量 formula_weight	59673.2 kDa
EC 编号 ec_number	1.12.2.1
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	3

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	Q,R,S

AESKPTPQSTFTGPIVVDPITRIEGHLRIMVEVENGKVKDAWSSSQLFRGLEIILKGRDPRDAQHFTQRACGVCTYVHALASSRCVDDAVKVSIPANARMMRNLVMASQYLHDHLVHFYHLHALDWVDVTAALKADPNKAAKLAASIAPARPGNSAKALKAVQDKLKAFVESGQLGIFTNAYFLGGHKAYYLPPEVDLIATAHYLEALHMQVKAASAMAILGGKNPHTQFTVVGGCSNYQGLTKDPLANYLALSKEVCQFVNECYIPDLLAVAGFYKDWGGIGGTSNYLAFGEFATDDSSPEKHLATSQFPSGVITGRDLGKVDNVDLGAIYEDVKYSWYAPGGDGKHPYDGVTDPKYTKLDDKDHYSWMKAPRYKGKAMEVGPLARTFIAYAKGQPDFKKVVDMVLGKLSVPATALHSTLGRTAARGIETAIVCANMEKWIKEMADSGAKDNTLCAKWEMPEESKGVGLADAPRGALSHWIRIKGKKIDNFQLVVPCTWNLGPRGAQGDKSPVEEALIGTPIADPKRPVEILRTVHAFDPCIACGVH

来源 Source

来源生物 organism	DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	878
宿主生物 host_organism	DESULFOVIBRIO FRUCTOSOVORANS

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	IRON/SULFUR CLUSTER
分子量 formula_weight	351.6 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	6

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	FE3-S4 CLUSTER
分子量 formula_weight	295.8 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	CARBONMONOXIDE-(DICYANO) IRON
分子量 formula_weight	135.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	NICKEL (II) ION
分子量 formula_weight	58.7 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	CALCIUM ION
分子量 formula_weight	40.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	GLYCEROL
分子量 formula_weight	92.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	5

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	PHOSPHATE ION
分子量 formula_weight	95.0 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 non-polymer

描述 description	2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	195.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 11 Entity 11 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	2034

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

结构域编号 domain_id	d4upea_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d4upeb_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d4upec_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.19 — HydA/Nqo6-like
超家族 Superfamily superfamily	e.19.1 — HydA/Nqo6-like
家族 Family family	e.19.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, small subunit

结构域编号 domain_id	d4upeq_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d4uper_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

结构域编号 domain_id	d4upes_
类 Class class	e — Multi-domain proteins (alpha and beta)
折叠类型 Fold fold	e.18 — HydB/Nqo4-like
超家族 Superfamily superfamily	e.18.1 — HydB/Nqo4-like
家族 Family family	e.18.1.1 — Nickel-iron hydrogenase, large subunit

CATH v4.4 (9 domains)

结构域编号 domain_id	4upeA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	4upeA02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4upeB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	4upeB02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4upeC01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	700 — NADH:ubiquinone oxidoreductase-like, 20kDa subunit

结构域编号 domain_id	4upeC02
类 Class class	4 — Few Secondary Structures
架构 Architecture architecture	10 — Irregular
拓扑 Topology topology	480 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; Chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 hydrogenase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4upeQ00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	4upeR00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

结构域编号 domain_id	4upeS00
类 Class class	1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture	10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology	645 — Cytochrome-c3 Hydrogenase; chain B
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Cytochrome-c3 Hydrogenase, chain B

▶

晶胞边长 a length_a	65.430 Å
晶胞边长 b length_b	98.960 Å
晶胞边长 c length_c	184.950 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	91.19 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	6

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.800 Å
最低分辨率 resolution_low	29.830 Å
R 因子 r_factor	0.1528
R_work r_work	0.1509
R_free r_free	0.1898

Structure of the unready Ni-A state of the S499C mutant of D. fructosovorans NiFe-hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4upe__assembly_1__model_1

4upe__assembly_1__model_1 | I(q)

4upe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (2)

Structure of the unready Ni-A state of the S499C mutant of D. fructosovorans NiFe-hydrogenase

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NIFE-HYDROGENASE SMALL SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NICKEL-DEPENDENT HYDROGENASE LARGE SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4upe__assembly_1__model_1

4upe__assembly_1__model_1 | I(q)

4upe__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (11)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 non-polymer

实体 11 Entity 11 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 15 domains

SCOP 2.08 (6 domains)

CATH v4.4 (9 domains)

7. 引用文献 (2)