4usj

N-acetylglutamate kinase from Arabidopsis thaliana in complex with PII from Chlamydomonas reinhardtii

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE, CHLOROPLASTIC

ARABIDOPSIS THALIANA

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	NITROGEN REGULATORY PROTEIN PII × 6 （A8JI83） ARGININE × 6 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 3 MAGNESIUM ION × 9 N-ACETYL-L-GLUTAMYL 5-PHOSPHATE × 3 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 GLUTAMINE × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	NAGK_ARATH
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 22–318； UniProt 51–347 作者链 B； PDB构建体 22–318； UniProt 51–347

NITROGEN REGULATORY PROTEIN PII

CHLAMYDOMONAS REINHARDTII

UniProt A8JI83

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 12	ACETYLGLUTAMATE KINASE, CHLOROPLASTIC × 6 （Q9SCL7） ARGININE × 6 ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE × 3 N-ACETYL-L-GLUTAMATE × 3 MAGNESIUM ION × 9 N-ACETYL-L-GLUTAMYL 5-PHOSPHATE × 3 ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE × 6 GLUTAMINE × 6 water × 12	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	A8JI83_CHLRE
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 2–144； UniProt 63–205 作者链 D； PDB构建体 2–144； UniProt 63–205

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4usj
沉积日期 deposition_date	2014-07-08
结构标题 title	N-acetylglutamate kinase from Arabidopsis thaliana in complex with PII from Chlamydomonas reinhardtii
关键词 keywords	;TRANSFERASE, NAGK, NITROGEN ASSIMILATION, Q-LOOP, C-TERMINAL EXTENSION, PROTEIN-PROTEIN COMPLEX, REGULATION OF ARGININE METABOLISM, SIGNALING PROTEIN ;; TRANSFERASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4usj__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4usj__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4usj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	42.62 Å
Rg（电子密度）	41.56 Å
总 Rg	42.03 Å
原子数	19341
残基数	2538
排除体积	346270 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4usj__assembly_1__model_1`	dodecameric （12）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	ACETYLGLUTAMATE KINASE, CHLOROPLASTIC
分子量 formula_weight	33425.6 kDa
EC 编号 ec_number	2.7.2.8
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	6567

MGSSHHHHHHSSGLVPRGSHMTVSTPPSIATGNAPSPDYRVEILSESLPFIQKFRGKTIVVKYGGAAMTSPELKSSVVSDLVLLACVGLRPILVHGGGPDINRYLKQLNIPAEFRDGLRVTDATTMEIVSMVLVGKVNKNLVSLINAAGATAVGLSGHDGRLLTARPVPNSAQLGFVGEVARVDPSVLRPLVDYGYIPVIASVAADDSGQAYNINADTVAGELAAALGAEKLILLTDVAGILENKEDPSSLIKEIDIKGVKKMIEDGKVAGGMIPKVKCCIRSLAQGVKTASIIDGRRQHSLLHEIMSDEGAGTMITG

来源 Source

来源生物 organism	ARABIDOPSIS THALIANA
通用名 common_name	THALE CRESS
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3702
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	NITROGEN REGULATORY PROTEIN PII
分子量 formula_weight	17071.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,D

MELESIQCDLSAFPGVKFFRIEAIFRPWRLPFVIDTLSKYGIRGLTNTPVKGVGVQGGSRERYAGTEFGPSNLVDKEKLDIVVSRAQVDAVVRLVAASAYTGEIGDGKIFVHPVAEVVRIRTAETGLEAEKMEGGMEDMMKKKKSAWSHPQFEK

来源 Source

来源生物 organism	CHLAMYDOMONAS REINHARDTII
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	3055
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ARGININE
分子量 formula_weight	175.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	427.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	N-ACETYL-L-GLUTAMATE
分子量 formula_weight	189.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	MAGNESIUM ION
分子量 formula_weight	24.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	3

实体 7 Entity 7 non-polymer

描述 description	N-ACETYL-L-GLUTAMYL 5-PHOSPHATE
分子量 formula_weight	269.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 8 Entity 8 non-polymer

描述 description	ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子量 formula_weight	507.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 9 Entity 9 non-polymer

描述 description	GLUTAMINE
分子量 formula_weight	146.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 10 Entity 10 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	104

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

结构域编号 domain_id	d4usja_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

结构域编号 domain_id	d4usjb_
类 Class class	c — Alpha and beta proteins (a/b)
折叠类型 Fold fold	c.73 — Carbamate kinase-like
超家族 Superfamily superfamily	c.73.1 — Carbamate kinase-like
家族 Family family	c.73.1.0 — automated matches

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4usjA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	4usjB00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	1160 — Carbamate kinase
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Acetylglutamate kinase-like

结构域编号 domain_id	4usjC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

结构域编号 domain_id	4usjD00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	70 — Alpha-Beta Plaits
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	120 —

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晶胞边长 a length_a	171.430 Å
晶胞边长 b length_b	171.430 Å
晶胞边长 c length_c	171.430 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 21 3
空间群编号 int_tables_number	198
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.850 Å
最低分辨率 resolution_low	39.360 Å
R 因子 r_factor	0.1903
R_work r_work	0.1887
R_free r_free	0.2200

N-acetylglutamate kinase from Arabidopsis thaliana in complex with PII from Chlamydomonas reinhardtii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE, CHLOROPLASTIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

NITROGEN REGULATORY PROTEIN PII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4usj__assembly_1__model_1

4usj__assembly_1__model_1 | I(q)

4usj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

N-acetylglutamate kinase from Arabidopsis thaliana in complex with PII from Chlamydomonas reinhardtii

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

ACETYLGLUTAMATE KINASE, CHLOROPLASTIC

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

NITROGEN REGULATORY PROTEIN PII

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4usj__assembly_1__model_1

4usj__assembly_1__model_1 | I(q)

4usj__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (10)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 non-polymer

实体 8 Entity 8 non-polymer

实体 9 Entity 9 non-polymer

实体 10 Entity 10 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (2 domains)

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)