SAXSdb — 4utn

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL

DANIO RERIO

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 2	SUCCINYL-CPS1-PEPTIDE × 1 ZINC ION × 1 water × 1	与蛋白数一致
2	蛋白单体	单体	蛋白 1	ZINC ION × 1 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID × 1 DIMETHYL SULFOXIDE × 1 1,2-ETHANEDIOL × 1 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SIR5_DANRE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 7–275； UniProt 30–298 作者链 B； PDB构建体 7–275； UniProt 30–298

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4utn
沉积日期 deposition_date	2014-07-21
结构标题 title	Crystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with succinylated CPS1-peptide
关键词 keywords	HYDROLASE, REGULATORY ENZYME, ROSSMANN-FOLD, ZINC-BINDING; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4utn__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4utn__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4utn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	20.61 Å
Rg（电子密度）	19.69 Å
总 Rg	20.66 Å
原子数	2098
残基数	268
排除体积	37237 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4utn__assembly_1__model_1`	dimeric （2）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4utn__assembly_2__model_1`	monomeric （1）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL
分子量 formula_weight	30423.8 kDa
EC 编号 ec_number	3.5.1.-
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	4211

GIDPFTTRPSSDLTAFREHFAKAKHIAIITGAGVSAESGVPTFRGPGGFWRKWQAQDLATPEAFSRDPSLVWEFYHYRREVMRSKMPNPAHLAIAECEARLGQQGRSVVIITQNIDELHHRAGSKHVYEIHGSLFKTRCMSCGEVKANHKSPICPALDGKGAPDPNTKEARIPVELLPRCERKSCNGLLRPHVVWFGETLDSDILTAVERELEKCDLCLVVGTSSIVYPAAMFAPQVASRGVPVAEFNMECTPATQRFKYHFEGPCGSTLPPALE

来源 Source

来源生物 organism	DANIO RERIO
通用名 common_name	ZEBRAFISH
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	7955
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SUCCINYL-CPS1-PEPTIDE
分子量 formula_weight	1068.2 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	D

XGVLXEYGV

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
分子量 formula_weight	238.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	DIMETHYL SULFOXIDE
分子量 formula_weight	78.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 6 Entity 6 non-polymer

描述 description	1,2-ETHANEDIOL
分子量 formula_weight	62.1 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	1

实体 7 Entity 7 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	17

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id	4utnA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	4utnA02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

结构域编号 domain_id	4utnB01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	40 — 3-Layer(aba) Sandwich
拓扑 Topology topology	50 — Rossmann fold
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	1220 — TPP-binding domain

结构域编号 domain_id	4utnB02
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	30 — 2-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	1600 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — SIR2/SIRT2 'Small Domain'

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晶胞边长 a length_a	87.440 Å
晶胞边长 b length_b	87.440 Å
晶胞边长 c length_c	314.920 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	120.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	24

空间群 space_group	P 65 2 2
空间群编号 int_tables_number	179
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.000 Å
最低分辨率 resolution_low	75.730 Å
R 因子 r_factor	0.2178
R_work r_work	0.2152
R_free r_free	0.2667

Crystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with succinylated CPS1-peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4utn__assembly_1__model_1

4utn__assembly_1__model_1 | I(q)

4utn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of zebrafish Sirtuin 5 in complex with succinylated CPS1-peptide

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

NAD-DEPENDENT PROTEIN DEACYLASE SIRTUIN-5, MITOCHONDRIAL

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4utn__assembly_1__model_1

4utn__assembly_1__model_1 | I(q)

4utn__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

实体 6 Entity 6 non-polymer

实体 7 Entity 7 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

7. 引用文献 (1)