4uus

CRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 88.2 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt P83949

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 A; UniProt 292–367 片段:HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367 突变:YES HOMEOTIC PROTEIN EXTRADENTICLE × 1 (P40427) 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3' × 1 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000 分辨率 2.55 Å R-free 0.239
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 E; UniProt 292–367 片段:HOMEODOMAIN AND UBDA, RESIDUES 292-367 突变:YES HOMEOTIC PROTEIN EXTRADENTICLE × 1 (P40427) 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3' × 1 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000 分辨率 2.55 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 6 个其他 PDB 条目、6 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 UBX_DROME
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 2–77; UniProt 292–367 作者链 E; PDB构建体 2–77; UniProt 292–367

HOMEOTIC PROTEIN EXTRADENTICLE

DROSOPHILA MELANOGASTER

UniProt P40427

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 B; UniProt 238–312 片段:HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312 HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX × 1 (P83949) 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3' × 1 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000 分辨率 2.55 Å R-free 0.239
2 蛋白–DNA 异源复合物 蛋白 × 2 DNA 2 PDB 声明:tetrameric(4) 与全部聚合物数一致 链 F; UniProt 238–312 片段:HOMEODOMAIN RESIDUES 238-312 HOMEOTIC PROTEIN ULTRABITHORAX × 1 (P83949) 5'-D(*GP*TP*CP*GP*CP*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*C)-3' × 1 5'-D(*AP*CP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*GP*GP*CP*G)-3' × 1 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 4.5;0.2M AMONIUM SULFATE, 0.1 M TRI-SODIUM-CITRATE PH 4.5, 4% P4000 分辨率 2.55 Å R-free 0.239

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 9 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 EXD_DROME
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 2–76; UniProt 238–312 作者链 F; PDB构建体 2–76; UniProt 238–312

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4uus

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4uus
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4uus
沉积日期 deposition_date2014-07-31
结构标题 titleCRYSTAL STRUCTURE OF A UBX-EXD-DNA COMPLEX INCLUDING THE UBDA MOTIF
关键词 keywordsTRANSCRIPTION, HOMEODOMAIN, HOX PROTEIN, PBC PROTEIN, DNA PROTEIN COMPLEX, TRANSCRIPTION FACTOR; TRANSCRIPTION
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier26.94
回转半径 Rg (电子) rg_electron26.53
零角强度 I(0) i064944300.00
分子量 molecular_weight50561.0 kDa
排除体积 excluded_volume58040 ų
包络体积 envelope_volume81982 ų
水化壳体积 shell_volume26697 ų
包络直径 envelope_diameter95.0
壳层 Rg shell_rg32.70
包络 Rg envelope_rg26.23
形状 Rg shape_rg26.52
总 Rg total_rg27.16
总原子数 total_atoms3492
残基数 n_residues321
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax88.2
Rg (实空间) rg_real26.96
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.82
I(0) (实空间) i0_real6.4940e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error9.6090e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal26.96
I(0) (倒空间) i0_reciprocal64940000.0000
解质量估计 total_estimate0.8194
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary86.7
偏度 Skewness skewness0.309
峰度 Kurtosis kurtosis-0.480
角度范围 angular_range— – 0.2950 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha7803000.0000
实空间数据点数 n_real_points60
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.904; Stabil: 0.999; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.937; Smooth: 0.000

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 4 domains

CATH v4.4 (4 domains)

结构域编号 domain_id4uusA00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id4uusB00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id4uusE00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like
结构域编号 domain_id4uusF00
类 Class class1 — Mainly Alpha
架构 Architecture architecture10 — Orthogonal Bundle
拓扑 Topology topology10 — Arc Repressor Mutant, subunit A
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily60 — Homeodomain-like

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)