4uwq

Crystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulfodyrolase SoxB with the carrier-protein SoxYZ from Thermus thermophilus

Method: X-RAY DIFFRACTION

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB

THERMUS THERMOPHILUS HB27

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72IT0_THET2
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 12–562； UniProt 23–573 作者链 D； PDB构建体 12–562； UniProt 23–573 作者链 G； PDB构建体 12–562； UniProt 23–573 作者链 J； PDB构建体 12–562； UniProt 23–573

SOXY PROTEIN

THERMUS THERMOPHILUS HB27

UniProt Q72IS6

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXZ × 1 （Q72IS7） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72IS6_THET2
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 13–136； UniProt 29–152 作者链 E； PDB构建体 13–136； UniProt 29–152 作者链 H； PDB构建体 13–136； UniProt 29–152 作者链 K； PDB构建体 13–136； UniProt 29–152

SOXZ

THERMUS THERMOPHILUS HB27

UniProt Q72IS7

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） MANGANESE (II) ION × 2 water × 2	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） MANGANESE (II) ION × 2	与蛋白数一致
3	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致
4	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB × 1 （Q72IT0） SOXY PROTEIN × 1 （Q72IS6） MANGANESE (II) ION × 2 water × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	Q72IS7_THET2
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 C； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 F； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 I； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108 作者链 L； PDB构建体 1–108； UniProt 1–108

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4uwq
沉积日期 deposition_date	2014-08-14
结构标题 title	Crystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulfodyrolase SoxB with the carrier-protein SoxYZ from Thermus thermophilus
关键词 keywords	HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4uwq__assembly_2__model_1

Assembly 2 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4uwq__assembly_2__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4uwq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	28.13 Å
Rg（电子密度）	27.18 Å
总 Rg	28.10 Å
原子数	5814
残基数	745
排除体积	103830 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4uwq__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4uwq__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
3	1	`4uwq__assembly_3__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
4	1	`4uwq__assembly_4__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB
分子量 formula_weight	62664.4 kDa
突变 mutation	YES
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,D,G,J
原子数 atom_count	23081

MASWSHPQFEKGALEDPRSLYDLPPYGDATLLYFSDLHGQAFPHYFMEPPNLIAPKPLMGRPGYLTGEAILRYYGVERGTPLAYLLSYVDFVELARTFGPIGGMGALTALIRDQKARVEAEGGKALVLDGGDTWTNSGLSLLTRGEAVVRWQNLVGVDHMVSHCEWTLGRERVEELLGLFRGEFLSYNIVDDLFGDPLFPAYRIHRVGPYALAVVGASYPYVKVSHPESFTEGLSFALDERRLQEAVDKARAEGANAVVLLSHNGMQLDAALAERIRGIDLILSGHTHDLTPRPWRVGKTWIVAGSAAGKALMRVDLKLWKGGIANLRVRVLPVLAEHLPKAEDVEAFLKAQLAPHQDHLFTPLAVSETLLYKRDTLYSTWDQLVGEAVKAIYPEVEVVFSPAVRWGTTILPGQAITWDHLYAYTGFTYPELYLFYLRGAQIKAVLEDIASNVFTSDPFYQQGGDVSRVFGLRYVLDPDAPTGERVREVEVGGRPLDPNRRYLAAAYGGRLQRVGEAKPGYEPRPIYEVLAEYLRSVGRVRVRPEPNVKVIGRNYRLPEVTG

来源 Source

来源生物 organism	THERMUS THERMOPHILUS HB27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	SOXY PROTEIN
分子量 formula_weight	14718.8 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,E,H,K

MRGSHHHHHHGSQGLEGEDLEHLEQALKEVFGKGFKDLTPSDAVKLNMPAIAESGANVPAEVEVALPKEQVRAIHLFADKNPTPHILAFMPMKAEPYYATRVRLAETTAIRAVVETQDGKLLLASASTRVTVGGCG

来源 Source

来源生物 organism	THERMUS THERMOPHILUS HB27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	SOXZ
分子量 formula_weight	11864.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	4

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	C,F,I,L

MPFRTIARLNPAKPKAGEEFRLQVVAQHPNEPGTRRDAEGKLIPAKYINLVEVYFEGEKVAEARPGPSTSANPLYAFKFKAEKAGTFTIKLKDTDGDTGEASVKLELA

来源 Source

来源生物 organism	THERMUS THERMOPHILUS HB27
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	262724
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	8

实体 5 Entity 5 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	11

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

结构域编号 domain_id	4uwqA01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4uwqA02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 —

结构域编号 domain_id	4uwqA03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	780 — 5'-nucleotidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 5'-Nucleotidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4uwqB00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	4uwqD01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4uwqD02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 —

结构域编号 domain_id	4uwqD03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	780 — 5'-nucleotidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 5'-Nucleotidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4uwqE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	4uwqG01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4uwqG02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 —

结构域编号 domain_id	4uwqG03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	780 — 5'-nucleotidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 5'-Nucleotidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4uwqH00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	4uwqJ01
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4uwqJ02
类 Class class	6 — Special
架构 Architecture architecture	10 — Helix non-globular
拓扑 Topology topology	140 — Helix Hairpins
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	570 —

结构域编号 domain_id	4uwqJ03
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	90 — Alpha-Beta Complex
拓扑 Topology topology	780 — 5'-nucleotidase; domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — 5'-Nucleotidase, C-terminal domain

结构域编号 domain_id	4uwqK00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	2470 — SoxY domain

结构域编号 domain_id	4uwqL00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	60 — Sandwich
拓扑 Topology topology	40 — Immunoglobulin-like
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Immunoglobulins

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晶胞边长 a length_a	70.220 Å
晶胞边长 b length_b	115.950 Å
晶胞边长 c length_c	120.940 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	86.51 °
晶胞夹角 β angle_beta	83.21 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	89.77 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1
空间群编号 int_tables_number	1
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	3.280 Å
最低分辨率 resolution_low	59.810 Å
R 因子 r_factor	0.2696
R_work r_work	0.2693
R_free r_free	0.2747

Crystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulfodyrolase SoxB with the carrier-protein SoxYZ from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SOXY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SOXZ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uwq__assembly_2__model_1

4uwq__assembly_2__model_1 | I(q)

4uwq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)

Crystal structure of the disulfide-linked complex of the thiosulfodyrolase SoxB with the carrier-protein SoxYZ from Thermus thermophilus

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SULFUR OXIDATION PROTEIN SOXB

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SOXY PROTEIN

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

SOXZ

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4uwq__assembly_2__model_1

4uwq__assembly_2__model_1 | I(q)

4uwq__assembly_2__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 water

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 17 domains

CATH v4.4 (17 domains)

7. 引用文献 (1)