4uzq

STRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH O-PALMITOLEOYL SERINE - CRYSTAL FORM IX - 1.5A

Method: X-RAY DIFFRACTION Dmax: 66.1 Å Quality: GOOD

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

PROTEIN NOTUM HOMOLOG

HOMO SAPIENS

UniProt Q6P988

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 A; UniProt 81–451 片段:RESIDUES 81-451 突变:YES PROTEIN WNT-7A × 2 (O00755) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 6 PAM PALMITOLEIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;3.0M NACL, 0.1 M CITRATE PH 5.0 分辨率 1.50 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 140 个其他 PDB 条目、149 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 NOTUM_HUMAN
Isoform
PDB实体 1
链与序列区间 作者链 A; PDB构建体 4–374; UniProt 81–451

PROTEIN WNT-7A

物种未注明

UniProt O00755

当前结构中的状态

Assembly 聚集状态 构建体 突变与修饰 配体、离子与共同组分 实验方法与环境 结构质量
1 蛋白异源复合物 异源复合物 蛋白 × 4 PDB 声明:tetrameric(4) 与蛋白拷贝数一致 链 B; UniProt 202–209 片段:RESIDUES 202-209 PROTEIN NOTUM HOMOLOG × 2 (Q6P988) NAG 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose × 2 NA SODIUM ION × 4 CL CHLORIDE ION × 6 PAM PALMITOLEIC ACID × 2 X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件:pH 5;3.0M NACL, 0.1 M CITRATE PH 5.0 分辨率 1.50 Å R-free 0.178

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly, “相对当前条目”直接指出证据层面的不同;没有差异标签表示当前已读取字段一致。

共 2 个其他 PDB 条目、2 个 assembly。 打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据
UniProt名称 WNT7A_HUMAN
Isoform
PDB实体 2
链与序列区间 作者链 B; PDB构建体 1–8; UniProt 202–209

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。 链映射与序列区间收在“数据证据”中;数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护,因此不在读者页面展示。

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

SAXS profile for 4uzq

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

P(r) distribution for 4uzq
下载 Download

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id4uzq
沉积日期 deposition_date2014-09-07
结构标题 titleSTRUCTURE OF THE WNT DEACYLASE NOTUM IN COMPLEX WITH O-PALMITOLEOYL SERINE - CRYSTAL FORM IX - 1.5A
关键词 keywordsHYDROLASE, ESTERASE, EXTRACELLULAR, ALPHA/BETA HYDROLASE; HYDROLASE
实验方法 methodX-RAY DIFFRACTION

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier21.14
回转半径 Rg (电子) rg_electron19.75
零角强度 I(0) i029260500.00
分子量 molecular_weight41056.0 kDa
排除体积 excluded_volume51070 ų
包络体积 envelope_volume58051 ų
水化壳体积 shell_volume23675 ų
包络直径 envelope_diameter69.9
壳层 Rg shell_rg27.07
包络 Rg envelope_rg20.11
形状 Rg shape_rg19.72
总 Rg total_rg20.74
总原子数 total_atoms2885
残基数 n_residues356
球谐函数阶数 n_harmonics20
q 范围 q_range— – 0.5000 −1
数据点数 n_points101
壳层类型 shell_typedirectional
溶剂电子密度 solvent_density0.3340 e/ų
壳层衬度 contrast_shell0.0300 e/ų
CRYSOL 版本 crysol_version4.1.3

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax66.1
Rg (实空间) rg_real20.97
Rg 误差 (实空间) rg_real_error0.27
I(0) (实空间) i0_real2.9260e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error3.2760e+05
Rg (倒空间) rg_reciprocal21.01
I(0) (倒空间) i0_reciprocal29260000.0000
解质量估计 total_estimate0.8965
解质量评级 solution_quality GOOD a GOOD solution
P(r) 峰数 n_peaks1
主峰位置 r_peak_primary65.1
偏度 Skewness skewness0.087
峰度 Kurtosis kurtosis-0.482
角度范围 angular_range— – 0.3750 −1
当前正则化参数 α current_alpha0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha5712000.0000
实空间数据点数 n_real_points69
GNOM 版本 gnom_version4.1.3
质量判据 quality_criteria AN1: 0.000; Oscil: 0.891; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.987; Smooth: 0.991

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (7)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)