SAXSdb — 4v0w

▼

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

MUS MUSCULUS

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 A； UniProt 7–300	片段：RESIDUES 7-300	PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B × 1 （Q5SWA1） MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；3 M NACL, 0.1 M HEPES, PH7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 C； UniProt 7–300	片段：RESIDUES 7-300	PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B × 1 （Q5SWA1） MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；3 M NACL, 0.1 M HEPES, PH7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4V0W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 J 1–323（323 aa）片段：RESIDUES 1-323	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 F 1–323（323 aa）片段：RESIDUES 1-323	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 N 1–323（323 aa）片段：RESIDUES 1-323	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 H 1–323（323 aa）片段：RESIDUES 1-323	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 1–323（323 aa）片段：RESIDUES 1-323	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0V The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-660) 提交 2014-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–300（294 aa）片段：RESIDUES 7-300	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；2.4M SODIUM MALONATE, PH7.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.203
4V0V The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-660) 提交 2014-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 C 7–300（294 aa）片段：RESIDUES 7-300	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；2.4M SODIUM MALONATE, PH7.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.203
4V0X The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-684) 提交 2014-09-18	配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 A 7–300（294 aa）片段：RESIDUES 7-300	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；2.0 M SODIUM MALONATE, PH6.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
9IJJ In situ structure of the central apparatus in mouse sperm axoneme. 提交 2024-06-23	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 464 PDB 声明：464-meric	链 4a 1–323（323 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 7.70 Å

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PP1G_MOUSE
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 2–295； UniProt 7–300 作者链 C； PDB构建体 2–295； UniProt 7–300

PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

HOMO SAPIENS

UniProt Q5SWA1

当前结构中的状态

Assembly	聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与共同组分	实验方法与环境	结构质量
1	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 B； UniProt 631–669	片段：RESIDUES 631-669	SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT × 1 （P63087） MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；3 M NACL, 0.1 M HEPES, PH7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.203
2	蛋白异源复合物异源复合物蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric（2）与蛋白拷贝数一致	链 D； UniProt 631–669	片段：RESIDUES 631-669	SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT × 1 （P63087） MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件：pH 7.5；3 M NACL, 0.1 M HEPES, PH7.5	分辨率 1.55 Å R-free 0.203

数据库中的同蛋白其他状态

以下每一行都是同一 UniProt 蛋白在另一个 PDB 条目中的 biological assembly， “相对当前条目”直接指出证据层面的不同；没有差异标签表示当前已读取字段一致。

其他 PDB	相对当前条目 4V0W	Assembly / 聚集状态	构建体	突变与修饰	配体、离子与非聚合物	实验方法与环境	结构质量
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 K 631–701（71 aa）片段：RESIDUES 631-701	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 G 631–701（71 aa）片段：RESIDUES 631-701	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 3 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 O 631–701（71 aa）片段：RESIDUES 631-701	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 4 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 I 631–701（71 aa）片段：RESIDUES 631-701	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0U The crystal structure of ternary PP1G-PPP1R15B and G-actin complex 提交 2014-09-18	构建体不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 5 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 E 631–701（71 aa）片段：RESIDUES 631-701	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；0.2M CACL2, 0.1 M HEPES, PH7.0, 20% PEG6000	分辨率 7.88 Å R-free 0.400
4V0V The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-660) 提交 2014-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 631–660（30 aa）片段：RESIDUES 631-660	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；2.4M SODIUM MALONATE, PH7.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.203
4V0V The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-660) 提交 2014-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 2 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 D 631–660（30 aa）片段：RESIDUES 631-660	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1 NA SODIUM ION × 2	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 7；2.4M SODIUM MALONATE, PH7.0	分辨率 1.61 Å R-free 0.203
4V0X The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-684) 提交 2014-09-18	构建体不同配体/离子不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 2 PDB 声明：dimeric	链 B 631–684（54 aa）片段：RESIDUES 631-684	未记录	MN MANGANESE (II) ION × 1	X-RAY DIFFRACTION X-ray结晶条件 pH 6；2.0 M SODIUM MALONATE, PH6.0	分辨率 1.85 Å R-free 0.222
9HVF Native human PPP1R15B-P-eIF2-eIF2B complex 提交 2024-12-27	构建体不同聚集状态不同配体/离子不同实验方法不同实验环境不同结构质量不同	Assembly 1 蛋白异源复合物异源复合物；蛋白 × 5 PDB 声明：pentameric	链 A 411–511（101 aa）	未记录	未记录非水小分子	ELECTRON MICROSCOPY cryo-EM缓冲液 pH 7.5 cryo-EM玻璃化条件冷冻剂 ETHANE	分辨率 3.80 Å

共 4 个其他 PDB 条目、9 个 assembly。打开独立比较页并筛选聚集状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	PR15B_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 B； PDB构建体 6–44； UniProt 631–669 作者链 D； PDB构建体 6–44； UniProt 631–669

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4v0w
沉积日期 deposition_date	2014-09-18
结构标题 title	The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-669)
关键词 keywords	HYDROLASE-HYDROLASE REGULATOR COMPLEX; HYDROLASE/HYDROLASE REGULATOR
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

回转半径 Rg (Guinier) rg_guinier	27.67 Å
回转半径 Rg (电子) rg_electron	27.08 Å
零角强度 I(0) i0	81928500.00
分子量 molecular_weight	72014.0 kDa
排除体积 excluded_volume	90467 Å³
包络体积 envelope_volume	106680 Å³
水化壳体积 shell_volume	32346 Å³
包络直径 envelope_diameter	90.5 Å
壳层 Rg shell_rg	34.75 Å
包络 Rg envelope_rg	27.18 Å
形状 Rg shape_rg	27.08 Å
总 Rg total_rg	27.89 Å
总原子数 total_atoms	5051
残基数 n_residues	623
球谐函数阶数 n_harmonics	20
q 范围 q_range	— – 0.5000 Å⁻¹
数据点数 n_points	101
壳层类型 shell_type	directional
溶剂电子密度 solvent_density	0.3340 e/Å³
壳层衬度 contrast_shell	0.0300 e/Å³
CRYSOL 版本 crysol_version	4.1.3

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4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

最大尺寸 Dmax dmax	87.1 Å
Rg (实空间) rg_real	27.66 Å
Rg 误差 (实空间) rg_real_error	0.49 Å
I(0) (实空间) i0_real	8.1930e+07
I(0) 误差 (实空间) i0_real_error	1.0410e+06
Rg (倒空间) rg_reciprocal	27.66 Å
I(0) (倒空间) i0_reciprocal	81930000.0000
解质量估计 total_estimate	0.9007
解质量评级 solution_quality	EXCELLENT a EXCELLENT solution
P(r) 峰数 n_peaks	2
主峰位置 r_peak_primary	29.0 Å
偏度 Skewness skewness	0.327
峰度 Kurtosis kurtosis	-0.501
角度范围 angular_range	— – 0.2850 Å⁻¹
当前正则化参数 α current_alpha	0.0000
最高正则化参数 α highest_alpha	30340000.0000
实空间数据点数 n_real_points	58
GNOM 版本 gnom_version	4.1.3
质量判据 quality_criteria	AN1: 0.000; Oscil: 0.921; Stabil: 1.000; Sysdev: 1.000; Positv: 1.000; Valcen: 0.996; Smooth: 0.945

▶

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

▶

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT
分子量 formula_weight	33921.0 kDa
EC 编号 ec_number	3.1.3.16
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,C
原子数 atom_count	5701

MLNIDSIIQRLLEVRGSKPGKNVQLQENEIRGLCLKSREIFLSQPILLELEAPLKICGDIHGQYYDLLRLFEYGGFPPESNYLFLGDYVDRGKQSLETICLLLAYKIKYPENFFLLRGNHECASINRIYGFYDECKRRYNIKLWKTFTDCFNCLPIAAIVDEKIFCCHGGLSPDLQSMEQIRRIMRPTDVPDQGLLCDLLWSDPDKDVLGWGENDRGVSFTFGAEVVAKFLHKHDLDLICRAHQVVEDGYEFFAKRQLVTLFSAPNYCGEFDNAGAMMSVDETLMCSFQILKPAE

来源 Source

来源生物 organism	MUS MUSCULUS
通用名 common_name	HOUSE MOUSE
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	10090
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI BL21

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B
分子量 formula_weight	5148.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	B,D

GAMDPGRHTHVKRKKVTFLEEVTEYYISGDEDRKGPWEEFARDG

来源 Source

来源生物 organism	HOMO SAPIENS
通用名 common_name	HUMAN
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	ESCHERICHIA COLI

实体 3 Entity 3 non-polymer

描述 description	MANGANESE (II) ION
分子量 formula_weight	54.9 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	4

实体 4 Entity 4 water

描述 description	water
分子量 formula_weight	18.0 kDa
来源方法 src_method	nat
拷贝数 entity_count	609

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7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

结构域编号 domain_id	d4v0wa1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

结构域编号 domain_id	d4v0wa2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

结构域编号 domain_id	d4v0wc1
类 Class class	d — Alpha and beta proteins (a+b)
折叠类型 Fold fold	d.159 — Metallo-dependent phosphatases
超家族 Superfamily superfamily	d.159.1 — Metallo-dependent phosphatases
家族 Family family	d.159.1.3 — Protein serine/threonine phosphatase

结构域编号 domain_id	d4v0wc2
类 Class class	l — Artifacts
折叠类型 Fold fold	l.1 — Tags
超家族 Superfamily superfamily	l.1.1 — Tags
家族 Family family	l.1.1.1 — Tags

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4v0wA00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

结构域编号 domain_id	4v0wC00
类 Class class	3 — Alpha Beta
架构 Architecture architecture	60 — 4-Layer Sandwich
拓扑 Topology topology	21 — Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — Metallo-dependent phosphatases

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8. 引用文献 (1)

▶

晶胞边长 a length_a	67.010 Å
晶胞边长 b length_b	67.860 Å
晶胞边长 c length_c	156.750 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	90.00 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	8

空间群 space_group	P 21 21 21
空间群编号 int_tables_number	19
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	1.550 Å
最低分辨率 resolution_low	33.936 Å
R 因子 r_factor	0.1743
R_work r_work	0.1727
R_free r_free	0.2029

fit	/app/data/saxs_computation/v0/4v0w/4v0w.fit
pddf	/app/data/pr_computation/v0/4v0w/4v0w.pr.out
profile	/app/data/saxs_computation/v0/4v0w/4v0w.dat

The crystal structure of mouse PP1G in complex with truncated human PPP1R15B (631-669)

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

SERINE/THREONINE-PROTEIN PHOSPHATASE PP1-GAMMA CATALYTIC SUBUNIT

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

PROTEIN PHOSPHATASE 1 REGULATORY SUBUNIT 15B

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

SAXS 散射曲线 SAXS Profile

P(r) 距离分布 P(r) Distribution

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. SAXS 参数 (CRYSOL 理论计算) 3. SAXS Parameters (CRYSOL)

4. P(r) 距离分布 (GNOM 反演) 4. P(r) Analysis (GNOM)

5. 晶体学与实验 5. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

6. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (4)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 non-polymer

实体 4 Entity 4 water

7. 折叠分类 (SCOP + CATH) 6 domains

SCOP 2.08 (4 domains)

CATH v4.4 (2 domains)

8. 引用文献 (1)

9. 文件与曲线 (10)

Files (7)

Curves (3)