SAXSdb — 4w2r

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1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit

Anolis carolinensis

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Polycomb protein EED × 1 （O75530） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	G1KPH4_ANOCA
Isoform	—
PDB实体	1
链与序列区间	作者链 A； PDB构建体 1–329； UniProt 4–332 作者链 A； PDB构建体 330–388； UniProt 420–478 作者链 A； PDB构建体 408–643； UniProt 502–737 作者链 B； PDB构建体 1–329； UniProt 4–332 作者链 B； PDB构建体 330–388； UniProt 420–478 作者链 B； PDB构建体 408–643； UniProt 502–737

Polycomb protein EED

Homo sapiens

UniProt O75530

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit × 1 （G1KPH4） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit × 1 （G1KPH4） Polycomb protein SUZ12 × 1 （Q15022） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	EED_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	2
链与序列区间	作者链 E； PDB构建体 2–362； UniProt 81–441 作者链 F； PDB构建体 2–362； UniProt 81–441

Polycomb protein SUZ12

Homo sapiens

UniProt Q15022

当前结构中的状态

Assembly	物理组成	蛋白状态	分子拷贝数	共同组分	数据核对
1	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit × 1 （G1KPH4） Polycomb protein EED × 1 （O75530） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致
2	蛋白异源复合物	异源复合物	蛋白 3	Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit × 1 （G1KPH4） Polycomb protein EED × 1 （O75530） ZINC ION × 7 ;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ; × 1	与蛋白数一致

数据库中的同蛋白其他状态

查看构建体与数据证据

UniProt名称	SUZ12_HUMAN
Isoform	—
PDB实体	3
链与序列区间	作者链 S； PDB构建体 11–191； UniProt 545–725 作者链 T； PDB构建体 11–191； UniProt 545–725

页面优先展示蛋白身份、当前 assembly、共同组分、聚集状态和跨 PDB 结构链接。链映射与序列区间收在“数据证据”中；数据库内部编号、导入时间和 assembly 操作表达式仅用于维护，因此不在读者页面展示。

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2. 结构基本信息 2. Structure Basics

条目编号 entry_id	4w2r
沉积日期 deposition_date	2017-09-25
结构标题 title	Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one
关键词 keywords	LYSINE METHYLTRANSFERASE, Transferase-Transferase Inhibitor complex; Transferase/Transferase Inhibitor
实验方法 method	X-RAY DIFFRACTION

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3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

页面只读取最新 assembly 计算结果。每一条曲线都对应明确的 PDB、official biological assembly 和 coordinate model。

4w2r__assembly_1__model_1

Assembly 1 · Model 1 · CRYSOL 4.1.3-1-20251215 (887e7ef)

下载该曲线 .dat

4w2r__assembly_1__model_1 | I(q)

100 个绘图点；横轴和纵轴均采用对数尺度。

4w2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

P(r) 将按相同 assembly/model 分别计算和展示。

Rg（Guinier）	34.17 Å
Rg（电子密度）	33.54 Å
总 Rg	34.21 Å
原子数	7783
残基数	950
排除体积	137870 Å³
最大 q	0.500 Å⁻¹

Assembly	Model	结构单元	聚集说明	状态	CRYSOL	操作
1	1	`4w2r__assembly_1__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载
2	1	`4w2r__assembly_2__model_1`	trimeric （3）	成功	4.1.3-1-20251215 (887e7ef)	查看下载

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4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

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5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

描述 description	Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit
分子量 formula_weight	72941.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	A,B
原子数 atom_count	15566

MGQTGKKSEKGPICWRKRVKSEYMRLRQLKRFRRADEVKSMFNSNRQKIQERTEILNQEWKQRRIQPVHIMTSVSSLRGTRECSVTSDLDFPKQVIPLKTLNAVASVPIMYSWSPLQQNFMVEDETVLHNIPYMGDEVLDQDGTFIEELIKNYDGKVHGDRECGFINDEIFVELVNALGQLDRRDEKQKNQESNQIDKESHPPRKFPSDKIFEAISSMFPDKGTAEELKEKYKELTEQQLPGALPPECTPNIDGPNAKSVQREQSLHSFHTLFCRRCFKYDCFLHPFHATPNTYKRKNTEMAIDNKPCGPHCYQHLEGAKEFAAALTAENVEWSGAEASMFRVLIGTYYDNFCAIARLIGTKTCRQVYEFRVKESSIIAPAPAEDVDTLGGGGSGGGGSGGGGSAAADGSSNHVYNYQPCDHPRQPCDNSCPCVIAQNFCEKFCQCSSECQNRFPGCRCKAQCNTKQCPCYLAVRECDPDLCLTCGAADHWDSKNVSCKNCSIQRGSKKHLLLAPSDVAGWGIFIKDPVQKNEFISEYCGEIISQDEADRRGKVYDKYMCSFLFNLNNDFVVDATRKGNKIRFANHSVNPNCYAKVMMVNGDHRIGIFAKRAIQTGEELFFDYRYSQADALKYVGIEREMEIP

来源 Source

来源生物 organism	Anolis carolinensis
通用名 common_name	Green anole
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	28377
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 2 Entity 2 polymer

描述 description	Polycomb protein EED
分子量 formula_weight	41776.5 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	E,F

MSFKCVNSLKEDHNQPLFGVQFNWHSKEGDPLVFATVGSNRVTLYECHSQGEIRLLQSYVDADADENFYTCAWTYDSNTSHPLLAVAGSRGIIRIINPITMQCIKHYVGHGNAINELKFHPRDPNLLLSVSKDHALRLWNIQTDTLVAIFGGVEGHRDEVLSADYDLLGEKIMSCGMDHSLKLWRINSKRMMNAIKESYDYNPNKTNRPFISQKIHFPDFSTRDIHRNYVDCVRWLGDLILSKSCENAIVCWKPGKMEDDIDKIKPSESNVTILGRFDYSQCDIWYMRFSMDFWQKMLALGNQVGKLYVWDLEVEDPHKAKCTTLTHHKCGAAIRQTSFSRDSSILIAVCDDASIWRWDRLR

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 3 Entity 3 polymer

描述 description	Polycomb protein SUZ12
分子量 formula_weight	22268.7 kDa
来源方法 src_method	man
拷贝数 entity_count	2

聚合物 Polymer

聚合物类型 type	polypeptide(L)
链编号 strand_id	S,T

MDYKDDDDKGESEDGEVEQQRTYSSGHNRLYFHSDTCLPLRPQEMEVDDEDEKDPEWLREKTITQIEEFSDVNEGEKEVMKLWNLHVMKHGFIADNQMNHACMLFVENYGQKIIKKNLCRNFMLHLVSMHDFNLISIMSIDKAVTKLREMQQKLEKGESASPANEEITEEQNGTANGFSEINSKEKALETD

来源 Source

来源生物 organism	Homo sapiens
通用名 common_name	Human
NCBI 分类编号 ncbi_taxonomy_id	9606
宿主生物 host_organism	Spodoptera frugiperda

实体 4 Entity 4 non-polymer

描述 description	ZINC ION
分子量 formula_weight	65.4 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	14

实体 5 Entity 5 non-polymer

描述 description	;5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one ;
分子量 formula_weight	467.3 kDa
来源方法 src_method	syn
拷贝数 entity_count	2

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6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

结构域编号 domain_id	4w2rE00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

结构域编号 domain_id	4w2rF00
类 Class class	2 — Mainly Beta
架构 Architecture architecture	130 — 7 Propeller
拓扑 Topology topology	10 — Methylamine Dehydrogenase; Chain H
同源超家族 H-superfamily homologous superfamily	10 — YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase

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晶胞边长 a length_a	70.720 Å
晶胞边长 b length_b	115.484 Å
晶胞边长 c length_c	151.538 Å
晶胞夹角 α angle_alpha	90.00 °
晶胞夹角 β angle_beta	102.40 °
晶胞夹角 γ angle_gamma	90.00 °
晶胞分子数 Z z_pdb	4

空间群 space_group	P 1 21 1
空间群编号 int_tables_number	4
晶系 crystal_system	—

分辨率 resolution	2.810 Å
最低分辨率 resolution_low	148.010 Å
R 因子 r_factor	0.2200
R_work r_work	0.2180
R_free r_free	0.2660

Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4w2r__assembly_1__model_1

4w2r__assembly_1__model_1 | I(q)

4w2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)

Structure of Hs/AcPRC2 in complex with 5,8-dichloro-2-[(4-methoxy-6-methyl-2-oxo-1,2-dihydropyridin-3-yl)methyl]-7-[(R)-methoxy(oxetan-3-yl)methyl]-3,4-dihydroisoquinolin-1(2H)-one

1. 蛋白身份与相关结构 Protein Identity & Related Structures

Enhancer of zeste 2 polycomb repressive complex 2 subunit

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein EED

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

Polycomb protein SUZ12

当前结构中的状态

数据库中的同蛋白其他状态

单体

同源二聚体

同源四聚体

其他同源多聚体

异源或核酸复合物

2. 结构基本信息 2. Structure Basics

3. Official assembly/model 理论 SAXS Official SAXS Profiles

4w2r__assembly_1__model_1

4w2r__assembly_1__model_1 | I(q)

4w2r__assembly_1__model_1 | P(r) · Pending

4. 晶体学与实验 4. Crystallography & Experiment

晶胞参数 Unit Cell

对称性 Symmetry

精修参数 Refinement

衍射实验 Diffraction

5. 实体与聚合物信息 Entities & Polymers (5)

实体 1 Entity 1 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 2 Entity 2 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 3 Entity 3 polymer

聚合物 Polymer

来源 Source

实体 4 Entity 4 non-polymer

实体 5 Entity 5 non-polymer

6. 折叠分类 (SCOP + CATH) 2 domains

CATH v4.4 (2 domains)

7. 引用文献 (1)